BH12.12/SPARQLthon16/GenomeRefine
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目次 |
遺伝子アノテーションのデータフロー
遺伝子アノテーションのRDFデータモデル（案）
MiGAP
- 遺伝子単位
<urn:uuid:...1...> a oa:Annotation;
oa:hasTarget <http://genome.microbedb.jp/236/GR16/genes/GR16_10020>;
oa:hasBody <urn:uuid:...2...>;
oa:annotatedAt "2014-01-17T15:02:14Z" ;
oa:annotatedBy <http://www.migap.org>.
<urn:uuid:...2...> a cnt:ContentAsText;
a gref:Annotated_feature_porduct;
cnt:chars "DevB family ABC transporter membrane fusion protein” ;
cnt:characterEncoding "utf-8” .
<http://www.migap.org> a foaf:Agent, prov:SoftwareAgent ;
foaf:name “MiGAP" .
- ゲノム単位
{
<urn:uuid:...> a oa:Annotation;
oa:hasTarget <http://genome.microbedb.jp/236/GR16>;
oa:hasBody <http://genome.microbedb.jp/236/GR16/genes/graph>;
oa:annotatedAt "2014-01-17T15:02:14Z" ;
oa:annotatedBy <http://www.migap.org>.
<http://genome.microbedb.jp/236/GR16/genes/graph> a trg:Graph.
}
<http://genome.microbedb.jp/236/GR16/genes/graph>
{
<http://genome.microbedb.jp/236/GR16/genes/GR16_10010> insdc:product "ribosomal RNA-16S”.
<http://genome.microbedb.jp/236/GR16/genes/GR16_10020> insdc:product "DevB family ABC transporter membrane fusion protein”.
.
.
.
}
<http://www.migap.org> a foaf:Agent, prov:SoftwareAgent ;
foaf:name “MiGAP" .
- ゲノム単位のハンドリングがよさそうではあるがまずはTogoAnnotationと同様に遺伝子単位でのRDFデータモデルを優先して試行する。
TogoAnnotator
<urn:uuid:...> a oa:Annotation;
oa:hasTarget <http://genome.microbedb.jp/236/GR16/genes/GR16_10020>;
oa:hasBody <urn:uuid:...> ;
oa:annotatedAt "2014-01-17T15:02:14Z" ;
oa:annotatedBy <http://dbcls.jp/togoannotator>.
<urn:uuid:...> a cnt:ContentAsText ;
a gref:Annotated_gene_porduct;
cnt:chars "DevB family ABC transporter” ;
cnt:characterEncoding "utf-8” .
<http://dbcls.jp/togoannotator> a foaf:Agent, prov:SoftwareAgent ;
foaf:name “TogoAnnotator” .
TogoAnnotation
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@PREFIX oa: <http://www.w3.org/ns/oa#> .
@prefix foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/> .
@prefix cnt: <http://www.w3.org/2011/content#> .
@prefix prov: <http://www.w3.org/ns/prov#> .
<http://togo.annotation.jp/bookmarks/1427582> a oa:Annotation;
oa:motivatedBy oa:bookmarking ;
oa:hasTarget <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/slr0906>;
oa:hasBody <http://togo.annotation.jp/tags/pname> ;
oa:hasBody <http://togo.annotation.jp/tags/pmid> ;
oa:hasBody <http://togo.annotation.jp/tags/so> ;
oa:hasBody <http://togo.annotation.jp/tags/fig1> ;
oa:hasBody <http://togo.annotation.jp/tags/GI2> ;
oa:annotatedAt "2012-02-12T15:02:14Z" ;
oa:annotatedBy <http://togo.annotation.jp/yoshimura_h>;
oa:serializedBy <http://togo.annotation.jp> ;
oa:serializedAt "2012-02-12T15:02:14Z" .
<http://togo.annotation.jp/tags/pname> a oa:SemanticTag ;
foaf:page <http://togo.annotation.jp/tags/pname:CP43> .
<http://togo.annotation.jp/tags/pname:CP43> rdfs:label "pname:CP43" ;
a cnt:ContentAsText ;
cnt:chars "CP43" ;
cnt:characterEncoding "utf-8" .
<http://togo.annotation.jp/tags/pmid> a oa:SemanticTag ;
foaf:page <http://togo.annotation.jp/tags/pmid:22197103> .
<http://togo.annotation.jp/tags/pmid:22197103> rdfs:label "pmid:22197103" ;
a cnt:ContentAsText;
cnt:chars "22197103" ;
cnt:characterEncoding "utf-8" .
<http://togo.annotation.jp/tags/so> a oa:SemanticTag ;
foaf:page <http://togo.annotation.jp/tags/so:polypeptide> .
<http://togo.annotation.jp/tags/so:polypeptide> rdfs:label "so:polypeptide" ;
a cnt:ContentAsText;
cnt:chars "polypeptide" ;
cnt:characterEncoding "utf-8" .
<http://togo.annotation.jp/tags/fig1> a oa:Tag ;
rdfs:label "fig1" ;
a cnt:ContentAsText ;
cnt:chars "fig1" ;
cnt:characterEncoding "utf-8" .
<http://togo.annotation.jp/tags/GI2> a oa:Tag ;
rdfs:label "GI2" ;
a cnt:ContentAsText ;
cnt:chars "GI2" ;
cnt:characterEncoding "utf-8" .
<http://togo.annotation.jp> a foaf:Agent, prov:SoftwareAgent ;
foaf:name "TogoAnnotation" .
<http://togo.annotation.jp/yoshimura_h> a foaf:Person ;
foaf:openid <http://...> ;
foaf:name "yoshimura_h" .
- 親タグのないGI2, fig1タグは、oa:SemanticTagではなくてoa:Tagにすべきか？ →した。
- IDベースのリソースURIはどうする？
- SOとかPMIDとかの外部リソースURI対応は個別にやる
- GIなどのプロジェクトの説明的なところの対応は？-so アノテーションのアサーション（コンセプト）記述については相談
- nanopublicationとの関係 → nanoPubはまぜるのでなくて、このTogoAnnotation RDF + Genome RDF → constructなSPARQL → nanopub RDF というデータフロー
入出力ファイル形式
- 入力ファイルの読み込みの高速化や再利用性を考慮して、JSON-LDで扱っておくとよいかもしれない
TogoAnnotator
GenomeRefineによるMiGAP結果対応のための前処理
- クエリー""は"hypothetical protein"
NITEで利用しているMiGAPワークフローの条件や検索対象DBを確認する
辞書拡張
- モデル微生物辞書
Todo
TogoAnnotator出力RDFの拡張
遺伝子アノテーション結果以外の情報も必要に応じて表現していく。
<urn:uuid:7CB882D8-826C-11E3-B8B6-F17229C1CBE3> a oa:Annotation;
oa:hasTarget <http://genome.microbedb.jp/236/GR16/genes/GR16_10100>;
oa:hasBody <urn:uuid:7CB88300-826C-11E3-B8B6-F17229C1CBE3> ;
oa:annotatedAt "2014-01-17T15:02:14Z" ;
oa:annotatedBy <http://dbcls.jp/togoannotator>.
<urn:uuid:7CB88300-826C-11E3-B8B6-F17229C1CBE3> a cnt:ContentAsText ;
a gref:Annotated_gene_porduct ;
cnt:chars "nitrate transporter" ;
skos:prefLabel "nitrate transporter" ;
skos:hiddenLabel "nitrate transport permease" ;
rdfs:comment "cs" ;
rdfs:comment "nitrate transporter [-1:nitrate] @@ nitrate/nitrite transporter [-1:nitrate] @@ nitrite/nitrate transporter [-1:nitrate] @@ nitrate ABC transporter permease protein [-1:nitrate] @@ citrate transporter [10012:citrate]" ;
cnt:characterEncoding "utf-8" .
<http://dbcls.jp/togoannotator> a foaf:Agent, prov:SoftwareAgent ;
foaf:name "TogoAnnotator".
- $matchをどう表現するか？ → skos:mappingRelation で表現するのがよさそうだけど、owl:ObjectPropertyのインスタンスなので辞書側のリソースURIが必要。タイプ記述できるような適当なオントロジークラスがあるか？
| TogoAnnotator | skos |
|---|---|
| Exact match | skos:exactMatch |
| Approximate match, cs | skos:closeMatch |
| Approximate match, bcs | skos:mappingRelation |
| no_hit | skos:exactMatch |
- $infoをどう表現するか？ → 属性情報表現のため候補は複数のhasBodyで扱い、階層をもったプロパティで表現。結果はすでにcnt:charsで扱っているが、別途、結果／候補／クエリについてはskos:prefLabel, skos:altLabel, skos:hiddenLabelで分類しておくという案
- 検索パラメーター $cos_threshold, $e_threashold, $cs_max, $n_gram を扱うか？
