BH12.12/SPARQLthon13/TogoAnnotator

提供：TogoWiki

2013年10月24日 (木) 07:03時点におけるSynobu (トーク | 投稿記録)による版
(差分) ←前の版 | 最新版 (差分) | 次の版→ (差分)
移動： 案内, 検索

目次

プロジェクト履歴

プロジェクト概要

  1. 配列相同性での自動遺伝子アノテーションパイプライン（MiGAP, NITE自動アノテーションパイプライン）の結果を入力にして、NITEゲノムアノテーションルールを適用した遺伝子名を出力する
  2. オルソログクラスターに含まれる遺伝子名を入力にして、適切な遺伝子名を生成する

進捗

性能検証プランの設計

  1. 自動アノテーションパイプライン（NITE）を通ったデータ(A)を用意する
  2. Aに対してプログラムの出力した結果(P)と、キュレーターの作業した結果(C)を独立に用意する
  3. Aは同一キュレーターにしょりキュレーションされた別生物種のデータを複数セット用意する
  4. データの各エントリ(デフィニション)について、PとCを比較する（自動処理）
    • PとCが全く同じ：True Positive
    • Pがno hitではなく、かつCと異なる場合：False Positive
    • Pがno hitの場合：False Negative
    • Pがno hitで、Cも無い場合(ってあり得ますか?)：True Negativeになります。

メンバー

  • 市川さん（ickw）
  • 山本さん (yy)
  • 岡本 (so)
「/mw/BH12.12/SPARQLthon13/TogoAnnotator」より作成