BH12.12/SPARQLthon13/TogoAnnotator
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* [[BH11.11/オルソログクラスターへの自動命名手法の開発２|BH11.11]] | * [[BH11.11/オルソログクラスターへの自動命名手法の開発２|BH11.11]] | ||
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2013年10月24日 (木) 07:03時点における最新版
目次 |
プロジェクト履歴
プロジェクト概要
- 配列相同性での自動遺伝子アノテーションパイプライン（MiGAP, NITE自動アノテーションパイプライン）の結果を入力にして、NITEゲノムアノテーションルールを適用した遺伝子名を出力する
- オルソログクラスターに含まれる遺伝子名を入力にして、適切な遺伝子名を生成する
進捗
性能検証プランの設計
- 自動アノテーションパイプライン（NITE）を通ったデータ(A)を用意する
- Aに対してプログラムの出力した結果(P)と、キュレーターの作業した結果(C)を独立に用意する
- Aは同一キュレーターにしょりキュレーションされた別生物種のデータを複数セット用意する
- データの各エントリ(デフィニション)について、PとCを比較する（自動処理）
- PとCが全く同じ：True Positive
- Pがno hitではなく、かつCと異なる場合：False Positive
- Pがno hitの場合：False Negative
- Pがno hitで、Cも無い場合(ってあり得ますか?)：True Negativeになります。
メンバー
- 市川さん（ickw）
- 山本さん (yy)
- 岡本 (so)
