BH12.12/SPARQLthon12/INSDC
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目次 |
INSDC/DDBJ
INSDC/DDBJオントロジーのアップデート
- feature-qualifierの対応を取得するSPARQLで全データが返ってこないバグの修正
- DDBJ登録システムバックエンドのルール用にDDBJ独自ルールを記述する
- URI を変更する
-
http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence/or - http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#
- オントロジーを置く URI をフラグメント # で終わるかパス / で終わるかは、単にファイルだけを置く感じにするか、UniProt のように個別の predicate や class についても情報を返せるようにしていくか？→ ファイルを置くことにする
-
- jervenからの指摘箇所
139,140c139 < rdfs:subClassOf [ < a owl:Restriction ; --- > owl:equivalentClass [
- SOを記述する - ft_so の対応表のアップデートが必要かも
- gene, transcript, CDS, mRNA, … などの関係をどう標準化するのがいいのか？Featureのサブクラスとしてそれぞれ定義してある、例えば、gene クラスと CDS クラスの関係表現を考える
- Evolution of the Sequence Ontology terms and relationships. J Biomed Inform. 2011 Feb;44(1):87-93.
- # SPARQLでの遺伝子の問い合わせの際、gene or rRNA or tRNA で問い合わせているところを、オントロジー側できれいに解決できるとよいかもしれない
- gene, transcript, CDS, mRNA, … などの関係をどう標準化するのがいいのか？Featureのサブクラスとしてそれぞれ定義してある、例えば、gene クラスと CDS クラスの関係表現を考える
refseq2ttl.rb と生成RDFのアップデート
v6 -> v7の変更点
- insdc: で指定していた prefix の URI が <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#> に変わったこと
- insdc:feature_* と insdc:source_* の feature_, source_ がなくなったこと
- <http://identifiers.org/DB名/ID名> の rdf:type が idorg:DB名 から <http://identifiers.org/DB名/> になったこと
がメインな変更です。あとは
- ヒトゲノムデータ用に SO や xref (rdfs:seeAlso) を拡充したことなど。
v7 の release candidateで生成されたRDFを確認しつつ、変更カ所があればここに記載する
- BioProjectIDのプレフィックス問題を問題を解決するため、BioProject/BioSample IDのパースの仕様を変更
- BioProject: XXXXX があれば採用する
- Project: XXXXX があればPRJNAプレフィックスをつける
- BioSample IDを新たにパースした
例） http://togows.org/entry/nucleotide/NC_017506
DDBJエントリーRDFの課題のリストアップ
Genome Refineの未公開ゲノムRDFとの差異の確認と対応
- sequence とか databaseとか外部リソースURLを使っているところ
- identifiers.org
- togows
- INSDCが発行するidentifier関連
- bioproject
- sequence accession
- taxonomy id
- locus_tag -- ヒトについては locus_tag は無く hgnc の ID が使われている?
DDBJルールに関するモデル設計
- PLN organelleやHUM/PRI/ROD/MAM/VRT などをどのように扱うか？
<http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#PLN> rdf:type <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#Division> rdfs:label "PLN" rdfs:comment "..." <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#organelle> .. <http://ddbj.nig.ac.jp/resource/extended_division#PLN_organelle> #ToDo: URI設計 rdf:type <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#ExtendedDivision> rdfs:label "PLN organelle" xxx:member
<http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#ExtendedDivision> rdfs:subClassOf <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#Division>
参考情報
BioProject Accessionプレフィックスのルール
- 1〜3桁目 PRJ : BioProject 固定値
- 4桁目 N or E or D : 登録受付機関 NCBI or Embl or DDBJ
- 5桁目 : NCBI はAを使用。DDBJは、NCBIが代わりに受付をしていた頃のデータはA, DDBJが受付をしたデータはB。
Source FeatureのQualifierに関するDDBJ 独自の制約ルール
DDBJ Extended Division毎の制約
| Qualifier key of source feature | BCT | INV | INV organelle | PLN | PLN organelle | HUM/PRI/ROD/MAM/VRT | HUM/PRI/ROD/MAM/VRT organelle | Influenza A virus | VRL/PHG | ENV | SYN | Comment |
| /altitude | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||
| /bio_material | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||||||
| /cell_line | optional | optional | optional | optional | recommended | recommended | ||||||
| /cell_type | optional | optional | optional | optional | recommended | recommended | ||||||
| /chromosome | optional | optional | optional | recommended | optional | |||||||
| /citation | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | /citation(DDBJのsource配下には使用しない) |
| /clone | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | recommended | recommended | |
| /clone_lib | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||
| /collected_by | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | optional | optional | optional | optional | optional | ||
| /collection_date | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | ||
| /country | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | ||
| /cultivar | recommended | recommended | /cultivar(栽培品種の場合必須) | |||||||||
| /culture_collection | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | |||||
| /db_xref | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | /db_xref(taxon:以外のもの) |
| /dev_stage | optional | optional | optional | optional | recommended | recommended | ||||||
| /ecotype | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||||||
| /environmental_sample | mandatory | |||||||||||
| /focus | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | /focus(multi sourceを使用しないなら不要) | |
| /germline | optional | optional | optional | |||||||||
| /haplogroup | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||||||
| /haplotype | optional | recommended | optional | recommended | optional | recommended | ||||||
| /host | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | recommended | recommended | optional | ||
| /identified_by | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | |||
| /isolate | optional | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | optional | optional | optional | ||
| /isolation_source | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | optional | optional | recommended | optional | recommended | ||
| /lab_host | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||
| /lat_lon | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | optional | optional | optional | optional | recommended | ||
| /macronuclear | optional | optional | ||||||||||
| /map | optional | optional | optional | optional | optional | recommended | optional | optional | optional | optional | ||
| /mating_type | optional | optional | optional | optional | optional | |||||||
| /mol_type | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | |
| /note | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | |
| /organelle | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||||||
| /organism | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | mandatory | |
| /PCR_primers | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | recommended | optional | optional | recommended | optional | |
| /plasmid | optional | optional | optional | |||||||||
| /proviral | optional | optional | ||||||||||
| /rearranged | optional | optional | optional | |||||||||
| /segment | recommended | optional | ||||||||||
| /serotype | optional | optional | optional | optional | optional | recommended | optional | |||||
| /serovar | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | |||||
| /sex | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||||||
| /specimen_voucher | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||||||
| /strain | recommended | optional | optional | recommended | recommended | optional | optional | recommended | recommended | |||
| /sub_clone | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | |||
| /sub_species | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | /sub_species(subspeciesの場合必須) | ||||
| /sub_strain | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | |||||
| /tissue_lib | optional | optional | optional | optional | optional | optional | ||||||
| /tissue_type | optional | optional | optional | optional | recommended | recommended | ||||||
| /transgenic | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | |||||
| /variety | optional | optional | optional | optional | optional | /variety(varietasの場合必須) | ||||||
| circular | optional | optional | optional | optional | optional | optional | optional | TOPOLOGY circular |
