BH12.12/SPARQLthon11/MBGD

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[/mw/index.php/BH12.12/SPARQLthon11 SPARQLthon11] == Stanza == * done ** スタンザ公開 at Heroku ** MicrobeDB.jp, TogoGenemeへのStanza提供 === Heroku === * http://tranquil-eyrie-3871.herokuapp.com/taxon_ortholog_profile?tax_id=562 * http://tranquil-eyrie-3871.herokuapp.com/protein_ortholog?gene_id=slr1311&tax_id=1111708 * http://tranquil-eyrie-3871.herokuapp.com/ortholog_taxon_profile?gene_id=slr1311&tax_id=1111708 === Source === * https://github.com/piroyon/mbgdStanza === Data === {| border = "1" cellspacing="0" cellpadding="1" ! graph name !! contents |- | http''':'''//mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/default.ttl || ortholog groups (MBGD default cluster) |- | http''':'''//mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/gene.ttl || genes |- | http''':'''//mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/organism.ttl || organisms |- | http''':'''//mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/genome.ttl || chromosomes, plasmids, contigs, etc. |- | http''':'''//mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/uniprot.ttl || cross-reference to UniProt ID |} === Ontologies === {| border = "1" cellspacing="0" cellpadding="1" ! graph name !! contents |- | http''':'''//mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl || Ortholog Ontology |- | http''':'''//mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl || MBGD Ontology |- | http''':'''//purl.uniprot.org/core/ || UniProt properties and classes |- | http''':'''//purl.uniprot.org/taxonomy/ || NCBI taxonomy (RDF from UniProt) |} == Memo == ==== Virtuoso ==== * virtuoso.trx ** roll forward しなければ、再起動中のアクセスも問題ないのでは? ** logging をオフにしているのに、なぜ ttlp_mt 中に virtuoso.trx がふくれる? *** そもそもttlp_mtでは、loggingはオフのはず ** roll forward が失敗するときは、transaction logを編集する [http://wikis.openlinksw.com/dataspace/owiki/wiki/VirtuosoWikiWeb/InvalidLogEntry] ** roll forward の時間は、transaction log で1GB あたり 1時間くらい? *** 3.1 GB *** 70,754,475 transactions ? * blank node ** Virtuso の返す blank node ID は _:vb24185961 みたいになっているが、これを <nodeID://b24185961> に直さないと検索できない。 ** blank node の含まれるファイルを2回ロードしたら、blank nodeが異なる内部IDでだぶって入っているみたい * Inference Rules & Reasoning [http://docs.openlinksw.com/virtuoso/rdfsparqlrule.html] ** rule set の リストを得る [http://www.mail-archive.com/virtuoso-users@lists.sourceforge.net/msg05029.html] *** SELECT * FROM sys_rdf_schema ; * 他 ** Turtleで、pubmed ID など数字だけのIDをPREFIXを使って記述して (pubmed:98044033 等)、ロードしようとするとエラーになる ** connection数に制限あり？ * http://myhost/sparql-auth [http://virtuoso.openlinksw.com/dataspace/doc/dav/wiki/Main/VirtTipsAndTricksGuideSPARQLEndpoints] <pre> INSERT DATA { GRAPH <http://example.com> { <http://example.com/1> rdfs:label "example" . } } </pre> <pre> DELETE DATA { GRAPH <http://example.com> { <http://example.com/1> rdfs:label "example" . } } </pre> ==== Protege ==== * Individuals by type って? ** up:Chloroplast a up:Organelle, owl:NamedIndividual . * restriction とか disjoint って使える? * property ** annotation property にはなぜ equivalent がない ** ow:FunctionalProperty とは? ** seeAlso は なぜ、AnnotationPropertyにしか出てこないの ** rdfs:label が、owl:ObjectProperty と owl:AnnotationProperty に出てくるのはなぜ? ** どうして新しい term をこれらと rdf:type で結ぶのか、rdfs:subClassOf ではないのか * up:name の domain は up:Book_Citation か up:Journal_Citation となっているが ** そのサブプロパティである up:scientificName の domain が up:Taxon になっている ** いいの? ==== 他 ==== * Stardog ** 2500万トリプルまでフリー * D2R ** Snorql ==== 考察 ==== LODでデータはつながるか * LODでは、データオブジェクトに対してIDとしてURIを付ける ** すると、異なるデータオブジェクトならば異なるIDを持ち、IDを取り間違えることがなくなる * よくある例では、"Hoge Fuga" さんのIDは http://myhost/hoge_fuga とか ** しかし単純な発想として、"Hoge Fuga" さんのIDとして他に http://otherhost/hoge.fuga もあったらどうなるか ** これらのIDバリエーションが、同じであるということを知らないと、データがつながらない 同じものに複数のIDがあると困る * つながるべきデータがつながらない ** 例えば Taxonomy ID や RefSeq ID などで問題が露呈している * みんなでがんばって対処する ** IDバリエーションをまとめる？ *** IDバリエーションを勝手に作られるかぎり対処しきれない * 対処療法でなく予防を：IDのバリエーションを作らないように努める ** オブジェクトの作成者がはっきりしている場合 *** 作成者が責任をもってURIを付ける ** オブジェクトの作成者がはっきりしない場合 (太平洋とか月とか。人とか国とかもはっきりしているようでしていない) *** 先行して付けられたURIを使う 野方図にIDを作るのをやめるべき？ * 他の人の作ったRDF化されていないデータを使いたいとき、勝手にURIを付けてたら、つながらなくなる ** 他の人の作ったRDF化されていないデータは、そうやすやすと扱えないということになる * Webサービスがない人は、自分の作ったデータであってもURIを付けられない？ ** Webサービスがない人は、RDF化ができない？とりあえずデータをまとめてみようという人にとっては、敷居が高い感じがする * 先行して付けられたURIが複数見つかったら？自分が最初にURIを付けると思う人が複数いたら？ ** つながらなくなる。結局クリティカルなところはここ。 ** みんながひとつになって、つながろうと努力し続けないと、つながるべきものがつながらない *** 足並みを揃えるのが大事な世界だということ *** 仲のよいグループ内ではうまくいくかもしれない *** みんなの心がけに依存せずに、自動的にうまくつながる仕組みがないと、グローバルにつながる保証はない 逆にデータがつながりすぎるということはないか * たとえば、みんなが、seeAlsoを使って、いろんなリソースを結びつけたRDFを作っている ** そういったRDFがグローバルなWebの空間でまとまっていったとき、膨大なものが seeAlso によってリンクされることになる ** あまりにたくさんのものがひとつの大きなかたまりとなったとき、もはやそれは解釈ができなくなってしまうのでは

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