BH12.12/SPARQLthon11/GenomeRefine
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GenomeRefineでのユーザ入力等のゲノムプロジェクト単位のメタデータファイルmetadata.ttlの設計、リソース整備
目次 |
metadata.ttl
http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/organism <tconf入力値> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/assembly_method <tconf入力値> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/assembly_name <tconf入力値> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/genome_ceverage <tconf入力値> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/sequence_technology <tconf入力値> or Vocabulary http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/locus_tag_prefix <tconf入力値> || <gr id> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/keywords . http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/sequence_version <tconf:genome project revision> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/topology linear http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/molecule_type DNA http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/division BCT http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/date_created <tconf:date_created> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/date_modified <tconf:date_modified> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/entry_version <tconf:revision> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/mol_type "Genomic DNA" http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/sequence_prefix "sequence" http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/classification <taxonomy idから生成> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/strain <taxonomy idから生成> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/taxonomy_id <migap csvから取得> http://genome.microbedb.jp/<dataset>/<gr id> http://insdc.org/owl/bioproject/isolation_source <tconf入力値> or Vocabulary
メタデータ値
Assembly method
NCBI登録システム参照
Newbler Celera Assembler SOAPdenovo Velvet ALLPaths GS De Novo Assembler MIRA phredPhrap ABySS CLC NGS Cell Arachne JAZZ Other
- 関連情報
* http://seqanswers.com/wiki/Assembly
Sequence Technology
NCBI登録システム参照
ABI3730 Sanger 454 Illumina Illumina GAII Illumina GAIIx Illumina HiSeq SOLiD PacBio IonTorrent Helicos Complete Genomics Other
- 関連情報
* DRAメタデータ Platform の Instrument Model http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/metadata.html#experiment
lineage
taxonomy idからlineage情報を取得する
- SPARQL
SELECT
#group_concat(?tax_label; separator = ";") AS ?lineage
?tax_label, ?step
WHERE
{
SELECT
?search_tax str(?label) as ?label ?step str(?tax_label) as ?tax_label ?tax ?rank
WHERE
{
?search_tax rdfs:label ?label FILTER (?search_tax = <http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_1148> ) .
?search_tax rdfs:subClassOf ?tax OPTION (transitive, t_direction 1, t_min(0), t_step("step_no") as ?step).
?tax rdfs:label ?tax_label .
OPTIONAL { ?tax rdfs:subClassOf ?parent . }
OPTIONAL { ?tax <http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon#has_rank> ?rank . }
FILTER(?tax != <http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_1>)
FILTER(?step > 0)
}
order by desc(?step)
}
# order by desc(?step)
#group by ?search_tax
意図したオーダーでgroup_concatされてくれない
isolation_source
isolation_sourceの値の候補として、meo_v06_130819.owlのhierRank=2のタームリストを取得する
- virtuosoにインポート
SQL> DB.DBA.TTLP_MT(file_to_string_output('sw/ontologies/meo_v06_130819.ttl'),,'http://genome.microbedb.jp/meo/');
Done. -- 12204 msec.
SQL> checkpoint;
Done. -- 9900 msec.
SQL> exit
- SPARQL
select
?class str(?label) as ?isolation_source str(?parent_label) as ?parent_class
where
{
?class <http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000442> ?rank.
?class rdfs:subClassOf ?parent_class.
?parent_class rdfs:label ?parent_label.
?class rdfs:label ?label.
FILTER(?rank = "2")
}
limit 100
class isolation_source parent_class http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000405 aerobic environment atmosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000404 anaerobic environment atmosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000632 aerosol atmosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000406 geographic feature and biome geosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000066 sediment geosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000407 rock, sand and soil geosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000411 waste treatment human activity association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000423 small artifact human activity association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000409 large-scale artifact human activity association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000424 liquid artifact human activity association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000427 food human activity association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000410 artificial natural environment human activity association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000635 fuel human activity association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000414 ice hydrosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000425 aquatic feature and biome hydrosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000036 water hydrosphere http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000419 plant associated organism association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000421 animal associated organism association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000417 organic feature and biome organism association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000116 biofilm organism association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000420 symbiotic microbe organism association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000422 excrement and secretion organism association http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000418 fungi associated organism association
課題
- metadata.ttl と genome.ttl の関係を紐づけるトリプル
- metadata.ttlへ配列長とラベルをトリプルを追加
- migapからgenbankに変換する際にmetadata.ttl生成、genome.ttlのuuidは不明のため
- metadate.ttl のpredicateのFixする
