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DDBJエントリーRDF利用
DDBJ/RDFを利用してBCT divisionの全エントリーからproduct をSPARQLで取得する
モデル微生物毎のproduct
モデル微生物 | taxルート | taxサブクラス数 | BCT/product数
|
Escherichia coli | 562 | 2004 | 118968
|
Bacillus subtilis | 1423 | 53 | 57625
|
Cyanobacteria | 1117 | 10179 | 120242
|
Actinobacteria (high G+C Gram-positive bacteria) | 1760 | 41866 | 406314
|
参考
モデル微生物 | taxルート | taxサブクラス数
|
Bacillus subtilis group | 653685 | 164
|
Actinobacteria | 201174 | 41865
|
tax idルート以下の全productを取得するSPARQL
PREFIX taxon: <http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_>
prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
prefix faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
prefix idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
prefix insdc: <http://insdc.org/owl/>
SELECT
#count(*)
?seq ?feature ?feature_type ?product ?tax_root ?taxon ?tax_label ?step
#?feature_type count(?feature_type)
WHERE
{
?seq rdfs:seeAlso ?idorg.
?seq insdc:source_mol_type "genomic DNA".
?idorg rdf:type idorg:Taxonomy.
?feature obo:so_part_of ?seq.
?feature rdf:type ?feature_type.
?feature insdc:feature_product ?product.
{
SELECT
#?tax_root ?step str(?label) as ?label str(?tax_label) as ?tax_label ?tax ?rank
?tax_root IRI(replace(str(?tax),'http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_','http://identifiers.org/taxonomy/')) as ?taxon str(?tax_label) as ?tax_label ?step
#?tax_root ?step str(?label) as ?label str(?tax_label) as ?tax_label
#FROM
# <http://insdc.org/ncbitaxon/>
WHERE
{
?tax_root rdfs:label ?label FILTER (?tax_root = <http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_562> ) .
?tax rdfs:subClassOf ?tax_root OPTION (transitive, t_direction 1, t_min(0), t_step("step_no") as ?step).
?tax rdfs:label ?tax_label .
}
#order by desc(?step)
}
FILTER($idorg = ?taxon).
#FILTER(?seq = <urn:uuid:944306d3-5e50-4fc8-845f-537612008e1a>)
#FILTER(?idorg = <http://identifiers.org/taxonomy/511145>).
}
#group by ?feature_type
#limit 10000