BH12.12/SPARQLthon10/TogoGenome

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* ライフサイエンスの白地図としてのゲノム情報を中心としたデータ統合
* ライフサイエンスの白地図としてのゲノム情報を中心としたデータ統合
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* スタンザによるモジュール化と分散化
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* スタンザによるモジュール化と分散サービス・再利用性の向上
* UniProt/RefSeq データの INSDC/FALDO オントロジーを利用した統合 + Nanopub による独自アノテーションの融合
* UniProt/RefSeq データの INSDC/FALDO オントロジーを利用した統合 + Nanopub による独自アノテーションの融合
* これまで見えにくかった大量データの全体像が把握できる統計処理
* これまで見えにくかった大量データの全体像が把握できる統計処理
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** 解析すべき遺伝子ランキング、ユーザのデータに対するヒト以外に対する 23andMe のようなレポート
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** 解析すべき遺伝子ランキング、ユーザのデータに対するヒト以外に対する 23andMe のようなレポートなど
== デザインのレビュー ==
== デザインのレビュー ==

2013年7月31日 (水) 17:07時点における最新版

目次

全体のコンセプト

  • ライフサイエンスの白地図としてのゲノム情報を中心としたデータ統合
  • スタンザによるモジュール化と分散サービス・再利用性の向上
  • UniProt/RefSeq データの INSDC/FALDO オントロジーを利用した統合 + Nanopub による独自アノテーションの融合
  • これまで見えにくかった大量データの全体像が把握できる統計処理
    • 解析すべき遺伝子ランキング、ユーザのデータに対するヒト以外に対する 23andMe のようなレポートなど

デザインのレビュー

  • 永野さんの新デザインを検討、コメント
  • ８月上旬デザイン完成、中旬デザインの適用、下旬完成

ゲノムブラウザ

  • JBrowse をもらうかどうか
    • 永野さんにデザインを当ててもらう？
    • メタゲノムのマッピングをして表示したいニーズがある
  • GenoDive?
    • SPARQL endpoint / FALDO を利用した DAS サーバを立てれば利用できそう
  • Chromozoom ?

ID リゾルバ

全文検索

  • Google のようにキーワードで TogoGenome を検索

データ追加

  • Nanopub 形式で、env/org/gene レポートごとに追記可能な仕組みを作る
    • FALDO をつかって配列座標を元にしたアノテーションができるもの
    • レポートページの URI に対するアノテーションを追加できるもの

対応生物種

  • ヒト：対応どうするか
  • 原核：シアノ以外の対応状況 → 生物種増によるパフォーマンス問題
「/mw/BH12.12/SPARQLthon10/TogoGenome」より作成