BH12.12/MCCV

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2012年12月21日 (金) 07:17時点におけるShuichi (トーク | 投稿記録)による版
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目次

目標

現状

Day 1

MCCV Beta 5 開発

  • 前回との違いは、organism category を記述するプロパティとクラスを作成したこと、
  • isolatedFrom のバグをとったこと、
  • isApproved プロパティを追加したこと、など。


菌株WG

MSS（竹下さん）NBRC, JCM菌株情報のRDF化の最新版のレビューと問題点

  • MCCVにプレディケートが設計されていない
    • 4. Organism_type
    • 15. Literature
      • 新たに作ります
  • MCCV_000024, 25, 26がよくわからない
    • 上記は空白ノードで表現するためのプレディケート
  • History項目は現在順序付きコンテナで持っている
    • 表現が複雑になる、StrainInfoが注力している
    • リテラルでいい
  • NBRC, JCMのEx-isotypeなどの扱いについて
    • 市川さんが市原さんに電話で問い合わせてくれた
    • Ex-type 標本から抽出してとったもの
    • Ex-isotype 割れた標本の片方からとったもの
    • これらは、Type-strainのフラグからは除外すべき
  • 菌株登録の承認／未承認の表示は菌株名に「" "」にで表示されている
    • 全て「" "」を取って、未承認のプレディケートを設計して表示する
    • isApproved

Day2

菌株名名寄せの厳密さとアプリケーションの関係について＠4F 教室　-ickw, so, kwsm

  • 16S配列、リテラルでの名寄せには、種レベル、株レベルで対応可能なものが混ざっている -ichr
  • 上記の対応の厳密さによってアプリケーションをどよのように分けるか -ichr
  • MCCVには対応関係をとった「手法の種類」によって異なるpredicateが用意されている
    • MCCV_000020: is related to taxonomy
    • MCCV_000021: is related to taxonomy by DB link
    • MCCV_000022: is related to taxonomy by sequence
    • MCCV_000023: is related to taxonomy by strain name
  • 「厳密さの種類」によって違ったpredicateを用意してもいいかもしれない -kwsm, so
    • PDBの実験立体モデルと理論立体モデルのような対応
  • RDF化した菌株名寄せデータでは、種レベルまでしか対応のとれないものと株レベルまで対応がとれるものは、Taxonomy Rankingの構造を使って均一にそろえたり、詳細情報を取得することも可能
  • 現状では厳密性にこだわっても意味がない -kwsm
    • そもそもつながっているデータが少ないので、絞り込んだときに結果がないよ
  • とりあえず、関係性から取得可能なデータを眺めてみてから、対応関係のpredicateに凝るかを考えたほうがいい

Day3

菌株／MCCV - 4F 14:30-15:00 -sgwr, kwsm, ickw, mori, so

  • MCCVの文献情報引用に必要な語彙の拡張
    • 語彙の候補: sequenceForSpeciesIdentification, sequenceForStrainIdentification, strainIdentificationFrom
  • データ構造は15項目の現状
  • Strain IDに文献がリンクしている粒度
  • JCMのリッチな文献情報は後で考える
    • JCMエントリのリッチな文献由来の情報例 
JCM Catalogue
Micromonospora chalcea (Foulerton 1905) Ørskov 1923 
3031T <-- KCC A-0031 <-- G. E. Bunschoten <-- ATCC 12452 <-- Chas. Pfizer & Co. 1464-217L.
Accessioned in 1983. 
=ATCC 12452 =BCRC 11623 =CBS 269.62 =CECT 3195 =CGMCC 4.1050 =CGMCC 4.2101 =DSM 43026 =HUT 6588 =IAM 14285 =IFM 1108 =IFO 12135 =IFO 13503 =IMET 8209 =IMSNU 20083 =KCTC 9070 =MTCC 329 =NBRC 12135 =NBRC 13503 =NCIMB 12879 =NRRL B-2344 =VKM Ac-822.
Type strain [596].
Medium 61;  Temperature 28°C; Rehydration fluid 656.
http://www.jcm.riken.go.jp/cgi-bin/jcm/jcm_keyword?AN=Micromonospora&BN=chalcea&CN=&DN=

↓この部分 

[Morphology]: [1231].
[Biochemistry/Physiology]: [711].
[Numerical taxonomy]: [2867].
[Cell wall]: meso-A2pm, a trace of LL-A2pm, Gly; Xyl, Ara [993]; N-glycolyl Mur [993,4176].
[Fatty acid]: [2383,2867].
[Quinone]: MK-10(H4), MK-10(H6) [916,2867].
[Polar lipid]: Type PII [1295].
[G+C (mol%)]: 72.8 (Chemical) [752], 71.9 (HPLC) [5900].
[DNA-DNA relatedness]: [752,4682].
[Phylogeny]: 16S rRNA gene (D85489, U58531, X92594) [4119,4183,4211], gyrB (AB014148) [4682].
[Other taxonomic data]: Ribosomal protein [3544,3947].

メンバー

  • 川島
  • 岡本
  • 森
  • 竹下
  • 市川
  • 追加してください
「/mw/BH12.12/MCCV」より作成