BH12.12/FacetSearchQuery
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目次 |
クエリ
指定なし(全件)
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GO指定
GO
- 単一GO
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- 複数GO
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GO + Tax
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GO + MEO
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GO + MPO
MPOのpredicateリストの取得 クエリ
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GO + Tax + MEO
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GO + Tax + MPO
MPOのpredicateリストの取得 クエリ
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GO + MEO + MPO
MPOのpredicateリストの取得 クエリ
DEFINE sql:select-option "order" PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#> PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/> PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/> SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name WHERE { VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 } GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/> { go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/> { ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id . ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id . ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/> { ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> { ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id . ?gold_id ?gold_meo ?meo_id . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/> { ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/> { ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000 } } LIMIT 25
GO + Tax + MEO + MPO
MPOのpredicateリストの取得 クエリ
DEFINE sql:select-option "order" PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#> PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/> PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/> SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name WHERE { VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 } GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/> { go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/> { ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id . ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id . ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/> { ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> { ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/> { ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2> } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id . ?gold_id ?gold_meo ?meo_id . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/> { ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/> { ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000 } } LIMIT 25
Taxonomy指定
Tax
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Tax + MEO
DEFINE sql:select-option "order" PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#> PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/> PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/> SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name WHERE { VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/> { ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2> } GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> { ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/> { ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id . ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id . ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/> { ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id . ?gold_id ?gold_meo ?meo_id . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/> { ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 . } } LIMIT 25
Tax + MPO
MPOのpredicateリストの取得 クエリ
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Tax + MEO + MPO
MPOのpredicateリストの取得 クエリ
DEFINE sql:select-option "order" PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#> PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/> PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/> SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name WHERE { VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/> { ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2> } GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> { ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/> { ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id . ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id . ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/> { ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id . ?gold_id ?gold_meo ?meo_id . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/> { ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/> { ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000 } } LIMIT 25
MEO指定
MEO
DEFINE sql:select-option "order" PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#> PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/> PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/> SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name WHERE { VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 } GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/> { ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?gold_id ?gold_meo ?meo_id . ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> { ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/> { ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id . ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id . ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/> { ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . } } LIMIT 25
MEO + MPO
MPOのpredicateリストの取得 クエリ
DEFINE sql:select-option "order" PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#> PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/> PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/> SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name WHERE { VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 } GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/> { ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?gold_id ?gold_meo ?meo_id . ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/> { ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000 } GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> { ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/> { ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id . ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id . ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/> { ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . } } LIMIT 25
MPO指定
Predicateリスト
検索で指定するMPOのpredicate一覧を取得するためのクエリ。
SELECT DISTINCT ?p FROM <http://togogenome.org/graph/gold/> WHERE { ?s ?p ?o FILTER (STRSTARTS(STR(?p),"http://purl.jp/bio/01/mpo#")) }
MPO
DEFINE sql:select-option "order" PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#> PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/> PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/> SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name WHERE { GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/> { ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000 } GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> { ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> { ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/> { ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id . ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id . ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up . } GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/> { ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . } } LIMIT 25
検索ヒット件数
各SPARQLのSELECT句を書き替える。
SELECT (COUNT(DISTINCT ?uniprot_id) AS ?hit_count)
Facet検索用トリプル生成
GO2Uniprot
GOの一覧取得
Uniprotで使用されているGOの一覧を取得する。
SELECT DISTINCT ?go FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/> WHERE { ?go a <http://purl.uniprot.org/core/Concept> FILTER (STRSTARTS(STR(?go),"http://purl.uniprot.org/go")) }
GO毎のUniprotIDヒット件数取得
UniprotID取得時にOFFSET/LIMITを使用するケースがあるため、あらかじめ件数を取得しておく。
いくつかのGOは件数が多すぎてエンドポイント経由では取得できないため、isql経由で取得する。
go0044464_up_cnt.rq
SPARQL DEFINE sql:select-option "order" PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> CONSTRUCT { <http://purl.uniprot.org/go/0044464> <has_uniprot> ?cnt } { { SELECT COUNT(DISTINCT ?uniprot_uri) FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/> FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/> WHERE { ?uniprot_go rdfs:subClassOf* <http://purl.uniprot.org/go/0044464> . ?uniprot_bp up:classifiedWith ?uniprot_go . ?uniprot_bp up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . ?uniprot_uri rdfs:seeAlso ?uniprot_bp . } } } ;
CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。
※ポート番号(1111) とユーザパスワード(dba dba)は実行環境に合わせて変更する
isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < go0044464_up_cnt.rq >> goup_cnt.txt
GO毎のUniprotIDの取得
GO:0044464(cell part)に紐づくUniprotIDのリストを生成するCONSTRUCT文
CONSTRUCT文はVirtuoso.iniファイルのResultSetMaxRowsのトリプルしか出力されないので注意する。
ResultSetMaxRowsを1,000,000→1,500,000 にあげるか、OFFSET LIMITを使用する
ここでNT形式出力の指定(DEFINE output:format "NT")をしないのは、出力されたTTLが33行毎に1文字欠けるというVirtuosoの謎のバグがあるため
SPARQL DEFINE sql:select-option "order" PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> CONSTRUCT { <http://purl.uniprot.org/go/0044464> up:classifiedWith ?uniprot_uri } FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/> FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/> WHERE { { SELECT DISTINCT ?uniprot_uri WHERE { ?uniprot_go rdfs:subClassOf* <http://purl.uniprot.org/go/0044464> . ?uniprot_bp up:classifiedWith ?uniprot_go . ?uniprot_bp up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . ?uniprot_uri rdfs:seeAlso ?uniprot_bp . } } } ;
ResultSetMaxRowsの上限を超える場合にはOFFSETで出力する。//あらかじめ紐づくUniprotの件数を調べておく必要がある
SPARQL DEFINE sql:select-option "order" PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> CONSTRUCT { <http://purl.uniprot.org/go/0009987> up:classifiedWith ?uniprot_uri } FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/> FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/> WHERE { { SELECT DISTINCT ?uniprot_uri WHERE { ?uniprot_go rdfs:subClassOf* <http://purl.uniprot.org/go/0009987> . ?uniprot_bp up:classifiedWith ?uniprot_go . ?uniprot_bp up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . ?uniprot_uri rdfs:seeAlso ?uniprot_bp . } OFFSET 1000000 LIMIT 1000000 } } ;
CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。
※ポート番号(1111) とユーザパスワード(dba dba)は実行環境に合わせて変更する
isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_go0044464_uniprot.rq > go0044464_uniprot.txt
TTLに変換&ロード
上記のCONSTRUCT文であれば(DEFINE output:format "NT"をつけていないため)、空白区切りで出力されるため、整形してttlに変換する。
perl -pe 's/(\S+)/<$1>/g; s/$/ ./' go0044464_uniprot.txt > go0044464_uniprot.ttl
データのロード
SQL> ld_dir_all('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/goup/'), '*.ttl', 'http://togogenome.org/graph/goup/');
MEO hierarchy
MEOのsubClassOf*の関係をリーズニングするCONSTRUCT文を生成。出力フォーマットはNTを指定
create_ttl_meo_descendants.rq
SPARQL DEFINE output:format "NT" CONSTRUCT { ?meo_id rdfs:subClassOf ?parent_meo_id } FROM <http://togogenome.org/graph/meo/> WHERE { ?meo_id a owl:Class . ?meo_id rdfs:subClassOf* ?parent_meo_id } ;
CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。
isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_meo_descendants.rq > meo_descendants.ttl
データのロード
SQL > DB.DBA.TTLP_MT (file_to_string_output('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/meo_descendants.ttl'), '', 'http://togogenome.org/graph/meo_descendants/');
MPO hierarchy
MPOのsubClassOf*の関係をリーズニングするCONSTRUCT文を生成。出力フォーマットはNTを指定
create_ttl_mpo_descendants.rq
SPARQL DEFINE output:format "NT" CONSTRUCT { ?mpo_id rdfs:subClassOf ?parent_mpo_id } FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/> WHERE { ?mpo_id a owl:Class . ?mpo_id rdfs:subClassOf* ?parent_mpo_id } ;
CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。
$isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_mpo_descendants.rq > mpo_descendants.ttl
データのロード
SQL> DB.DBA.TTLP_MT (file_to_string_output('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/mpo_descendants.ttl'), '', 'http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/');