BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/ユースケース
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== メタゲノムのメタデータを整理したDBのユースケース == | == メタゲノムのメタデータを整理したDBのユースケース == | ||
| - | * ヒト腸内細菌群集の平均的な系統組成、遺伝子組成は？ その後絞り込み検索: 性別、年齢、国籍、病気の有無などのメタデータが異なるサンプルにおける、 系統組成、遺伝子組成の違いは？ | + | * 環境の大分類でまず検索し、その後絞り込み検索で階層をどんどん深く見ていく使用例 |
| - | * 海水の細菌群集の平均的な系統組成、遺伝子組成は？ 絞り込み検索 緯度経度、深さなどの違いは系統組成、遺伝子組成に影響を与えるか？ | + | ** ヒト腸内細菌群集の平均的な系統組成、遺伝子組成は？ その後絞り込み検索: 性別、年齢、国籍、病気の有無などのメタデータが異なるサンプルにおける、 系統組成、遺伝子組成の違いは？ |
| - | * 海水と土壌の細菌群集の系統組成、遺伝子組成の違いは？ | + | ** 海水の細菌群集の平均的な系統組成、遺伝子組成は？ 絞り込み検索 緯度経度、深さなどの違いは系統組成、遺伝子組成に影響を与えるか？ |
| - | * ヒトと牛、ほ乳類と昆虫の腸内細菌群集の系統組成、遺伝子組成の違いは？ | + | * 環境の大分類が異なるメタゲノムデータ間の比較 |
| - | * 自分の興味がある遺伝子がどの環境中から見つかるか？ 環境の大まかな分類ごとに数を表示 | + | ** 海水と土壌の細菌群集の系統組成、遺伝子組成の違いは？ |
| - | * 自分の興味がある系統がどの環境中から見つかるか？ 環境の大まかな分類ごとに数を表示 | + | ** ヒトと牛、ほ乳類と昆虫の腸内細菌群集の系統組成、遺伝子組成の違いは？ |
| - | * | + | ** 自分の興味がある遺伝子がどの環境中から見つかるか？ 環境の大まかな分類ごとに数を表示 |
| + | ** 自分の興味がある系統がどの環境中から見つかるか？ 環境の大まかな分類ごとに数を表示 | ||
| + | * メタデータの賢い検索 | ||
| + | ** 入力: Seaで検索した場合、Ocean, [http://en.wikipedia.org/wiki/Coral_reef coral reef], [http://en.wikipedia.org/wiki/Abyssal_zone abyss]などもマッチして欲しい | ||
| + | ** 入力: Soilで検索した場合、clay, sandなどもマッチして欲しい | ||
2011年11月22日 (火) 22:50時点における最新版
メタゲノムのメタデータを整理したDBのユースケース
- 環境の大分類でまず検索し、その後絞り込み検索で階層をどんどん深く見ていく使用例
- ヒト腸内細菌群集の平均的な系統組成、遺伝子組成は？ その後絞り込み検索: 性別、年齢、国籍、病気の有無などのメタデータが異なるサンプルにおける、 系統組成、遺伝子組成の違いは？
- 海水の細菌群集の平均的な系統組成、遺伝子組成は？ 絞り込み検索 緯度経度、深さなどの違いは系統組成、遺伝子組成に影響を与えるか？
- 環境の大分類が異なるメタゲノムデータ間の比較
- 海水と土壌の細菌群集の系統組成、遺伝子組成の違いは？
- ヒトと牛、ほ乳類と昆虫の腸内細菌群集の系統組成、遺伝子組成の違いは？
- 自分の興味がある遺伝子がどの環境中から見つかるか？ 環境の大まかな分類ごとに数を表示
- 自分の興味がある系統がどの環境中から見つかるか？ 環境の大まかな分類ごとに数を表示
- メタデータの賢い検索
- 入力: Seaで検索した場合、Ocean, coral reef, abyssなどもマッチして欲しい
- 入力: Soilで検索した場合、clay, sandなどもマッチして欲しい
