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メタデータ-オントロジーマッピング作業マニュアル 更新履歴
- Ver. 0.4 Last update 2011-11-25
- 2011-11-25 Ver. 0.4 データ取得からマッピング作業までのフローを記述
- 2011-11-24 Ver. 0.3 ターム生成ワークフローの整理、オントロジーの追加
- 2011-11-22 Ver. 0.2 skos:closeMatchとしていた例題をskos:exactMatchに昇格
- 2011-11-22 Ver. 0.1 リリース. skosの採用、マニュアルに関しては加藤さんに相談した
環境メタゲノム（採取場所、生育場所）メタデータのオントロジーマッピング作業マニュアル
- SRAよりサンプルデータを取得（手動）
- メタゲノムのデータの選抜（手動）
- キーワード検索による選抜（metagenom, environment, rRNA)
- 選抜データのゴミ取り（手動）
- メタデータの抜き出し（自動）
- htmlパーサ（perlスクリプト）
- 4054サンプル, 627カテゴリーのファイル
- 生育場所情報の記述されたカテゴリーの選抜（手動）
- 選抜データのゴミ取り（手動）
- 生育場所を表す語をマニュアルでNERする
- マッピング作業（手動）
- 環境メタゲノム（採取場所、生育場所）メタデータタームをEnvO, FMA, PO, GAZETTER, Tax_IDのタームにマッピングする
- predicateはskosのマッピングプロパティーをつかう
ワークフロー（ポストパッド）
SKOS マッピングプロパティー
SKOSマッピング・プロパティー語彙
| predicate
| 説明
|
| skos:closeMatch
| 一部の情報検索アプリケーションで交換して使用できるほど同じである2つの概念をリンクするために用いられます。2つ以上の概念体系にまたがるマッピングを結合するときには、「複合エラー」の可能性を避けるために、skos:closeMatchは、推移的なプロパティーであると宣言されません。
|
| skos:exactMatch
| 2つの概念をリンクするために用いられ、その概念は幅広い情報検索アプリケーションにまたがって交換して使用できるほどの高い信頼性を示します。skos:exactMatchは、推移的なプロパティーであり、skos:closeMatchのサブプロパティーです。
|
| skos:broadMatch
| 2つの概念間の階層マッピング・リンクを記述るために用いられる
|
| skos:narrowMatch
| 2つの概念間の階層マッピング・リンクを記述るために用いられる
|
| skos:relatedMatch
| 2つの概念間の関連マッピング・リンクを記述するために用いられる
|
skos:exactMatch
- 表記ゆれの範囲は, skos:exactMatchとする
skos:narrowMatch
skos:broadMatch
skos構造
skos:semanticRelation
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+- skos:related
| |
| +- skos:relatedMatch
|
+- skos:broaderTransitive
| |
| +- skos:broader
| |
| +- skos:broadMatch
|
+- skos:narrowerTransitive
| |
| +- skos:narrower
| |
| +- skos:narrowMatch
|
+- skos:mappingRelation
|
+- skos:closeMatch
| |
| +- skos:exactMatch
|
+- skos:relatedMatch
|
+- skos:broadMatch
|
+- skos:narrowMatch
試しの作業結果
| MeO term
| skos
| EnvO term
| EnvO ID
|
soil metagenome skos:broaderMatch soil ENVO:00001998
terrestrial biome skos:exactMatch terrestrial biome ENVO:00000446
anthropogenic habitat skos:exactMatch anthropogenic habitat ENVO:00002031
oil contaminated soil skos:exactMatch oil contaminated soil ENVO:00002875
soil skos:exactMatch soil ENVO:00001998
greenhouse soil skos:exactMatch greenhouse soil ENVO:00005780
marine metagenome
arch/bact biological mat from diffuse flow sample alphanumeric
arch/bact rock sample from active sulfide chimney alphanumeric
arch/bact rock sample from active sulfide flange alphanumeric
arch/bact sample from active sulfide chimney alphanumeric
arch/bact sample from active sulfide flange alphanumeric
vents Alphanumeric skos:closeMatch geyser ENVO:00000050
NW Rota Background Seawater Alphanumeric
Background seawater Alphanumeric
Forecast Background Seawater on ROV ascent Alphanumeric
Top Vent Alphanumeric skos:closeMatch geyser ENVO:00000050
Nikko Background seawater Alphanumeric skos:broaderMatch sea water ENVO:00002149
Axial Background seawater Alphanumeric skos:broaderMatch sea water ENVO:00002150
Peles Pit Background Seawater Alphanumeric skos:broaderMatch sea water ENVO:00002151
Background seawater Alphanumeric skos:broaderMatch sea water ENVO:00002152
bact/arch rock sample of active sulfide chimney-bottom alphanumeric skos:broaderMatch rock
bact/arch rock sample of active sulfide chimney-top alphanumeric skos:broaderMatch rock
Biofilm sample alphanumeric skos:broaderMatch biofilm ENVO:00002034
Coastal lagoon waters alphanumeric skos:broaderMatch lagoon ENVO:00000038
アドバイス
- 加藤さん
- マッピング作業のpredicateの開発は現在も議論がある（論文2009 ）harry halpin
- owl sameAsでは強いのでskos mappingが作られている経緯がある
- scindicaなどでも利用できている
- skos:relatedMatchはrdfs:seeAlso（プロパティー名を決められないとき）を用いる感じに近いかもしれない
