BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/TopBraidComposer諸々

提供：TogoWiki

• 有償のOntology開発環境であるTopBraid Composer (以下TBC)を用いて、既存のOntologyのマージ作業を行おうとした際の記録。結局TBCではファイルサイズが大き過ぎて無理だった…。

目的

• ENVOを基礎として、そこにさらにGAZETTEERとNCBI Taxonomyの両オントロジーを組み込み、MEOの基礎構造を構築する

作業ログ

• TBCはここからダウンロードでき、30日間は無償で利用できる。
• ENVO、GAZETTEER、NCBI Taxonomyのowlまたはoboファイルを取得
  • ENVOのowlファイル
  • GAZETTEERのoboファイル
  • NCBI Taxonomyのowlファイル
• TBCはoboファイルを読み込めないので、OBO Release Managerなどを用いてowl形式に変換。上記のGAZETTEERのoboファイルはOBOの書式ミス等が結構あるので、OBOフォーマットの説明書を参照しながら正しいoboファイルに修正する必要がある。変換は16GBのメモリ積んだLinuxマシンなら20-30分ほどで終わるが、メモリが少ないマシンだと数時間かかる。
• TBC Maestro Edition 64 bit版をLinuxマシンにインストール (Maestroである必要性は無いかも)
  • 大抵のLinuxだとTBCはJVMエラーが出てそのままではまともに起動しない。
    • 理由は、大抵のLinuxにはOpenJDKが標準インストールされているが、TBCはOracleJDKを用いるため。
    • OracleJDKをダウンロードしてインストールする必要がある。
    • alternativeの設定 ここを参考に以下の設定を行った。

alternatives --install /usr/bin/java java /OracleJDKの場所/bin/java 優先度