BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/TopBraidComposer諸々
提供:TogoWiki
- 有償のOntology開発環境であるTopBraid Composer (以下TBC)を用いて、既存のOntologyのマージ作業を行った際の記録。
目的
- ENVOを基礎として、そこにさらにGAZETTEERとNCBI Taxonomyの両オントロジーを組み込み、MEOの基礎構造を構築する
作業ログ
- TBCはここからダウンロードでき、30日間は無償で利用できる。
- ENVO、GAZETTEER、NCBI Taxonomyのowlまたはoboファイルを取得
- TBCはoboファイルを読み込めないので、OBO Release Managerなどを用いてowl形式に変換。上記のGAZETTEERのoboファイルはOBOの書式ミス等が結構あるので、OBOフォーマットの説明書を参照しながら正しいoboファイルに修正する必要がある。変換は16GBのメモリ積んだLinuxマシンなら20-30分ほどで終わるが、メモリが少ないマシンだと数時間かかる。
- TBC Maestro Edition 64 bit版をLinuxマシンにインストール (Maestroである必要性は無いかも)
- 大抵のLinuxだとTBCはJVMエラーが出てそのままではまともに起動しない。
- 理由は、大抵のLinuxにはOpenJDKが標準インストールされているが、TBCはOracleJDKを用いるため。
- OracleJDKをダウンロードしてインストールする必要がある。
- 大抵のLinuxだとTBCはJVMエラーが出てそのままではまともに起動しない。