BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/TopBraidComposer諸々
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| - | * 有償のOntology開発環境であるTopBraid Composer (以下TBC) | + | * 有償のOntology開発環境であるTopBraid Composer (以下TBC)を用いて、既存のOntologyのマージ作業を行おうとした際の記録。結局TBCではファイルサイズが大き過ぎて無理だった…。 |
== 目的 == | == 目的 == | ||
* ENVOを基礎として、そこにさらにGAZETTEERとNCBI Taxonomyの両オントロジーを組み込み、MEOの基礎構造を構築する | * ENVOを基礎として、そこにさらにGAZETTEERとNCBI Taxonomyの両オントロジーを組み込み、MEOの基礎構造を構築する | ||
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*** 理由は、大抵のLinuxにはOpenJDKが標準インストールされているが、[http://groups.google.com/group/topbraid-users/browse_thread/thread/c033d49c84a62f29/0138c0342bbc0200 TBCはOracleJDKを用いるため。] | *** 理由は、大抵のLinuxにはOpenJDKが標準インストールされているが、[http://groups.google.com/group/topbraid-users/browse_thread/thread/c033d49c84a62f29/0138c0342bbc0200 TBCはOracleJDKを用いるため。] | ||
*** [http://java.sun.com/javase/ja/6/download.html OracleJDKをダウンロード]してインストールする必要がある。 | *** [http://java.sun.com/javase/ja/6/download.html OracleJDKをダウンロード]してインストールする必要がある。 | ||
| + | *** alternativeの設定 [http://ameblo.jp/kurabeat/entry-10607064798.html ここ]を参考に以下の設定を行った。 | ||
| + | alternatives --install /usr/bin/java java /OracleJDKの場所/bin/java 優先度 | ||
2012年1月30日 (月) 03:06時点における最新版
- 有償のOntology開発環境であるTopBraid Composer (以下TBC)を用いて、既存のOntologyのマージ作業を行おうとした際の記録。結局TBCではファイルサイズが大き過ぎて無理だった…。
目的
- ENVOを基礎として、そこにさらにGAZETTEERとNCBI Taxonomyの両オントロジーを組み込み、MEOの基礎構造を構築する
作業ログ
- TBCはここからダウンロードでき、30日間は無償で利用できる。
- ENVO、GAZETTEER、NCBI Taxonomyのowlまたはoboファイルを取得
- TBCはoboファイルを読み込めないので、OBO Release Managerなどを用いてowl形式に変換。上記のGAZETTEERのoboファイルはOBOの書式ミス等が結構あるので、OBOフォーマットの説明書を参照しながら正しいoboファイルに修正する必要がある。変換は16GBのメモリ積んだLinuxマシンなら20-30分ほどで終わるが、メモリが少ないマシンだと数時間かかる。
- TBC Maestro Edition 64 bit版をLinuxマシンにインストール (Maestroである必要性は無いかも)
- 大抵のLinuxだとTBCはJVMエラーが出てそのままではまともに起動しない。
- 理由は、大抵のLinuxにはOpenJDKが標準インストールされているが、TBCはOracleJDKを用いるため。
- OracleJDKをダウンロードしてインストールする必要がある。
- alternativeの設定 ここを参考に以下の設定を行った。
- 大抵のLinuxだとTBCはJVMエラーが出てそのままではまともに起動しない。
alternatives --install /usr/bin/java java /OracleJDKの場所/bin/java 優先度
