BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/GAZETTEERのOBOtoOWL変換に関して

提供：TogoWiki

以下に示された理由により、このページの編集を行うことができません：

このページのソースを閲覧し、コピーすることができます：

オントロジーをmergeするためにGAZETTEERの拡張子を.oboから.owlに変換する必要がある。 [http://code.google.com/p/owltools/downloads/list OBO ReleaseManager]を使って [http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/download/46106?apikey=4ea81d74-8960-4525-810b-fa1baab576ff&userapikey= GAZETTEER $Revision: 1.504 $ ]を.owlに変換しようとしたが、 元のoboファイルにタイポ等の様々なミスが入っていたためエラーが出て変換できなかった。 以下の処理を行うことで.oboから.owlに変換できた。 * 以下の行を削除 : xdef: ISO3166-2:GB-DOW : : tributary_of GAZ:00373187 : : tributary_of GAZ:00397971 : : tributary_of GAZ:00398623 : : located_in GAZ:00014244 : : located_in GAZ:00014244 : : located_in GAZ:00013739 : : located_in GAZ:00013739 : : located_in GAZ:00014268 : : located_in GAZ:00014276 : : located_in GAZ:00014270 : : located_in GAZ:00014278 : : tributary_of GAZ:00405388 : : tributary_of GAZ:00397175 * 以下を修正 :・ comment"をcomment:に修正 :・ 未定義だったinverse_of、transitive_overを[Typedef]にて定義 :・ inverse_of:をrelationship: inverse_ofに置換 :・ transitive_over:をrelationship: transitive_overに置換 :・ elationship: located_in GAZ:00394667の行頭にrを足す :・ : michaelashburnerを　created_by: michaelashburnerに修正 :・ vrelationship: tributary_of GAZ:00417311の行頭のvを取り除く :・ vsynonym: "Eluetako Erreka" EXACT SPELLING_VARIANT []の行頭のvを取り除く :・ vvvrelationship: tributary_of GAZ:00394568の行頭のvvvを取り除く :・ elationship: located_in GAZ:00001794の行頭にrを足す :・ crelationship: located_in GAZ:00029662の行頭のcを取り除く :・ rdef: "A bay on the E coast of Luing." [ISBN:0862415799]の行頭のrを取り除く

BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/GAZETTEERのOBOtoOWL変換に関してに戻る。