BH11.11/オルソログクラスターへの自動命名手法の開発２

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目次

目標

オルソログクラスター内に付与されている遺伝子名のセットから適切な名前を自動生成するアルゴリズムの開発

Agenda

  • Google refine
  • kasabi
  • UMLS lvg
  • GO / UniProt / Entrez Gene

やったこと

  • Google refine の機能とUMLS lvgの合わせ技ツールを作った。 --yy
  • GO / UniProt /Entrez Gene とのマッチも Google refine を活用して行うか？ --yy

データの精緻化による方言辞書の作成

  • cyanobacterial gene definition
    • product:curated_by_tfのゴール設定と件数の問題で停滞 -tf
    • Synechocystis sp. PCC 6803に絞ってゴールドスタンダードを作る予定

Protein Clusters を眺める。

前回までの成果

メンバー

  • 山本
  • 藤澤
  • 岡本
「/mw/BH11.11/%E3%82%AA%E3%83%AB%E3%82%BD%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%81%B8%E3%81%AE%E8%87%AA%E5%8B%95%E5%91%BD%E5%90%8D%E6%89%8B%E6%B3%95%E3%81%AE%E9%96%8B%E7%99%BA%EF%BC%92」より作成