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目次 1 LOAD (Linked Open Alzheimer's disease Data) 1.1 コンセプト 1.2 TODO 1.3 BioHackathon 2011の修正 1.4 RDF形式のデータの生成 1.4.1 データソース 1.4.2 オントロジーの構築 1.5 RDF形式のデータのストア 1.6 外部のLinked Open Dataと連携 1.7 ユースケースの検討 1.8 ユーザインターフェイスの検討 1.9 BH11.11の成果 1.10 スケジュール 1.11 メンバー

LOAD (Linked Open Alzheimer's disease Data)

晩期発症型アルツハイマー病(Late Onset Alzheimer's Disease)のLinked Open Dataを構築する。

コンセプト

http://www.slideshare.net/ogishima/linked-open-alzheimers-disease-data-load-10298597

TODO

1. RDF形式のデータの生成
   • データソース
     • 遺伝子変異データ: AlzGene (http://www.alzgene.org/)
     • 遺伝子発現データ: NCBI GEO/EBI ArrayExpress - 臨床情報・検査値
     • シグナル伝達系: AlzPathway (http://alzpathway.org/)
     • 薬剤データ: DrugBank
     • 文献情報: 共起情報
   • 既存のオントロジーからのプレディケートの選択
2. RDF形式のデータのストア
   • Virtuosoへのインポート
   • （SPARQLエンドポイントのセットアップ）
3. 外部のLinked Open Dataと連携
   • PDB/RDF (http://pdbj.org/rdf/)
4. ユースケースの検討
   • SPARQLのテンプレートの作成
   • 外部のLODとの連携のクローラプログラムの作成
   • ユーザインターフェイスの検討

BioHackathon 2011の修正

BioHackathon 2011の修正

RDF形式のデータの生成

データソース

• 遺伝子変異データ: AlzGene (http://www.alzgene.org/)
• 遺伝子発現データ: NCBI GEO/EBI ArrayExpress - 臨床情報・検査値
  • 遺伝子発現データ

MGED Ontology (http://bioportal.bioontology.org/ontologies/38801?p=terms) ?

• • 臨床情報・検査値
• シグナル伝達系: AlzPathway (http://alzpathway.org/)

BioPAXに準拠

• 薬剤データ: DrugBank
• 文献情報: 共起情報

これらのデータソースをRDF化するためにAlzheimer's disease Ontologyを構築

オントロジーの構築

• 既存のオントロジーの調査

BioPortal Resources (http://bioportal.bioontology.org/resources)
SNOMED CT (http://bioportal.bioontology.org/ontologies/46116/?p=terms)
SNOMED CTの拡張でもよい?

• Alzheimer's disease Ontologyの構築
  • PURLのドメインの取得(/ontology/alzheimer/)

PURL Domain Administration (http://purl.oclc.org/docs/domain.html)
PURL Help (http://purl.oclc.org/docs/purl.html)

• • オントロジータームのリストアップ
  • オントロジーの構造のデザイン

"Semantic Web for the Working Ontologist: Effective Modeling in RDFS and OWL" [1] 2nd Ed.があるらしい
邦訳も"実践セマンティックWeb―RDF/RDFS/OWLによるオントロジー設計ガイド" [2]]が出版されている

• • Protegeによるオントロジーの構築 [3]

http://open-biomed.org/disease/alzheimer

RDF形式のデータのストア

• Virtuosoへのインポート
• （SPARQLエンドポイントのセットアップ）

外部のLinked Open Dataと連携

• PDB/RDF (http://pdbj.org/rdf/)

ユースケースの検討

• SPARQLのテンプレートの作成
• 外部のLODとの連携のクローラプログラムの作成

ユーザインターフェイスの検討

• Exhibit (http://www.simile-widgets.org/exhibit/) : Facet View
• ProtoViz (http://mbostock.github.com/protovis/)

BH11.11の成果

• 本プロジェクトの全体計画を議論した
• Alzheimer's disease Ontology Coreの構築

既存のオントロジーを調査し、SNOMED CTをもとに、ProtegeによりAlzheimer's disease Ontology Coreを構築した。

スケジュール

• RDF形式のデータの生成
• RDF形式のデータのストア
• 外部のLinked Open Dataと連携
• ユースケースの検討
• ユーザインターフェイスの開発

メンバー

• 荻島 創一（東京医科歯科大学）
• 片山 俊明（東京大学医科学研究所）
• 山本 泰智（ライフサイエンス統合データベースセンター）
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