TogoWS, TogoDB の開発

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TogoWS, TogoDB の開発

TogoWS

  • PDBj のキーワード検索

SQL を POST すると ID が返るサービスがある(金城)ということなので、これを利用する。

たとえば、"alcohol dehydrogenase" というキーワードで検索するには以下のSQLを投げます。

SELECT pdbid FROM brief_summary where plainto_tsquery('alcohol dehydrogenase') @@ tsv

REST API (SQL Search) はこちらを参照:

http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API

糖鎖対応

本家 KEGG GLYCAN, AIST JCGGDB に頼むことは難しいため、TogoWS 経由で GLYCAN と JCGGDB の糖鎖検索に Informatics: Cross-Database Search (WGGDS) / Protocol に基づいて対応したい。

  • GLYDE-II と KCF の変換

GLYDE-II → KCF は木下コンバータ (Perl スクリプト) を利用。KCF → GLYDE-II は難しいが、BioMoby には変換サービスがある。 BioMoby を bl02 (togows.dbcls.jp) で動かすにはインストールやメンテのオーバーヘッドが大きくなる。 G-language REST API でできないか?

  • KEGG

使用する KEGG API は search_glycans_by_composition, search_glycans_by_mass, search_glycans_by_kcam の3つ (他の関連APIは convert_mol_to_kcf, search_glycans_by_nameなど)。

  • JCGGDB

鹿肉

個人用ツール