TogoWS, TogoDB の開発

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|| ncbi-nuccore || nuccore || ◯ || GenBank
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  ncbi-omim omim
  ncbi-omim omim
  ncbi-homologene homologene
  ncbi-homologene homologene

2010年10月20日 (水) 06:18時点における版

目次

TogoWS, TogoDB の開発

TogoWS

DDBJ, PDBj のキーワード検索

http//togows.dbcls.jp/search で ddbj, pdbj に対応できていないのは、 オリジナルサイトでキーワード検索用の API がどれかよくわかっていなかったから。

PDBj のキーワード検索

SQL を POST すると ID が返るサービスがある(金城)ということなので、これを利用する。

たとえば、"alcohol dehydrogenase" というキーワードで検索するには以下のSQLを投げます。

 SELECT pdbid FROM brief_summary where plainto_tsquery('alcohol dehydrogenase') @@ tsv

REST API (SQL Search) はこちらを参照:http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API

DDBJ のキーワード検索

該当 API があるかどうか確認する。

糖鎖対応

本家 KEGG GLYCAN, AIST JCGGDB に頼むことは難しいため、TogoWS 経由で GLYCAN と JCGGDB の糖鎖検索に Informatics: Cross-Database Search (WGGDS) / Protocol に基づいて対応したい。

GLYDE-II と KCF の変換

GLYDE-II → KCF は木下コンバータ (Perl スクリプト) を利用。

KCF → GLYDE-II は難しいが、BioMoby には変換サービスがある。 BioMoby を bl02 (togows.dbcls.jp) で動かすにはインストールやメンテのオーバーヘッドが大きくなる。 G-language REST API でできないか?

KEGG

使用する KEGG API は search_glycans_by_composition, search_glycans_by_mass, search_glycans_by_kcam の3つ (他の関連APIは convert_mol_to_kcf, search_glycans_by_nameなど)。

JCGGDB

鹿肉

NCBI, EBI, DDBJ, PDBj のサービス全対応を確認

http://togows.dbcls.jp/entry/

ncbi-protein || protein
エントリ取得 API
DB名 略称 対応 コメント
ncbi-nuccore nuccore GenBank
ncbi-nucleotide nucleotide GenBank
ncbi-nucest nucest
ncbi-nucgss nucgss
ncbi-gene gene
ncbi-omim	omim
ncbi-homologene	homologene
ncbi-snp	snp
ncbi-mesh	mesh
ncbi-pubmed	pubmed
ebi-embl	embl
ebi-uniprot	uniprot

ebi-uniparc uniparc ebi-uniref100 uniref100 ebi-uniref90 uniref90 ebi-uniref50 uniref50 ddbj-ddbj ddbj ddbj-dad dad pdbj-pdb pdb kegg-compound compound kegg-drug drug kegg-enzyme enzyme kegg-genes genes kegg-glycan glycan kegg-orthology orthology kegg-reaction reaction kegg-module module kegg-pathway pathway


NCBI

TogoDB

個人用ツール