TogoWS, TogoDB の開発

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== TogoWS, TogoDB の開発 ==
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SQL を POST すると ID が返るサービスがある(金城)ということなので、これを利用する。
SQL を POST すると ID が返るサービスがある(金城)ということなので、これを利用する。
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REST API (SQL Search) はこちらを参照:http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API
REST API (SQL Search) はこちらを参照:http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API
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該当 API があるかどうか確認する。
=== 糖鎖対応 ===
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鹿肉
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== TogoDB ==

2010年10月20日 (水) 06:10時点における版

目次

TogoWS, TogoDB の開発

TogoWS

DDBJ, PDBj のキーワード検索

http//togows.dbcls.jp/search で ddbj, pdbj に対応できていないのは、 オリジナルサイトでキーワード検索用の API がどれかよくわかっていなかったから。

PDBj のキーワード検索

SQL を POST すると ID が返るサービスがある(金城)ということなので、これを利用する。

たとえば、"alcohol dehydrogenase" というキーワードで検索するには以下のSQLを投げます。

 SELECT pdbid FROM brief_summary where plainto_tsquery('alcohol dehydrogenase') @@ tsv

REST API (SQL Search) はこちらを参照:http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API

DDBJ のキーワード検索

該当 API があるかどうか確認する。

糖鎖対応

本家 KEGG GLYCAN, AIST JCGGDB に頼むことは難しいため、TogoWS 経由で GLYCAN と JCGGDB の糖鎖検索に Informatics: Cross-Database Search (WGGDS) / Protocol に基づいて対応したい。

GLYDE-II と KCF の変換

GLYDE-II → KCF は木下コンバータ (Perl スクリプト) を利用。

KCF → GLYDE-II は難しいが、BioMoby には変換サービスがある。 BioMoby を bl02 (togows.dbcls.jp) で動かすにはインストールやメンテのオーバーヘッドが大きくなる。 G-language REST API でできないか?

KEGG

使用する KEGG API は search_glycans_by_composition, search_glycans_by_mass, search_glycans_by_kcam の3つ (他の関連APIは convert_mol_to_kcf, search_glycans_by_nameなど)。

JCGGDB

鹿肉

NCBI, EBI, DDBJ, PDBj のサービス全対応を確認

http://togows.dbcls.jp/entry/

ncbi-nuccore nuccore ncbi-nucest nucest ncbi-nucgss nucgss ncbi-nucleotide nucleotide ncbi-protein protein ncbi-gene gene ncbi-omim omim ncbi-homologene homologene ncbi-snp snp ncbi-mesh mesh ncbi-pubmed pubmed ebi-embl embl ebi-uniprot uniprot ebi-uniparc uniparc ebi-uniref100 uniref100 ebi-uniref90 uniref90 ebi-uniref50 uniref50 ddbj-ddbj ddbj ddbj-dad dad pdbj-pdb pdb kegg-compound compound kegg-drug drug kegg-enzyme enzyme kegg-genes genes kegg-glycan glycan kegg-orthology orthology kegg-reaction reaction kegg-module module kegg-pathway pathway

NCBI

TogoDB

個人用ツール