TogoWS, TogoDB の開発

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たとえば、"alcohol dehydrogenase" というキーワードで検索するには以下のSQLを投げます。
たとえば、"alcohol dehydrogenase" というキーワードで検索するには以下のSQLを投げます。
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  SELECT pdbid FROM brief_summary where plainto_tsquery('alcohol dehydrogenase') @@ tsv
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SELECT pdbid FROM brief_summary where plainto_tsquery('alcohol dehydrogenase') @@ tsv
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REST API (SQL Search) はこちらを参照:
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REST API (SQL Search) はこちらを参照:http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API
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http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API
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=== 糖鎖対応 ===
=== 糖鎖対応 ===
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本家 KEGG GLYCAN, AIST JCGGDB に頼むことは難しいため、TogoWS 経由で GLYCAN と JCGGDB の糖鎖検索に [http://glycomics.ccrc.uga.edu/GlycomicsWiki/Informatics:Cross-Database_Search/Protocol_(WGGDS) Informatics: Cross-Database Search (WGGDS) / Protocol] に基づいて対応したい。
本家 KEGG GLYCAN, AIST JCGGDB に頼むことは難しいため、TogoWS 経由で GLYCAN と JCGGDB の糖鎖検索に [http://glycomics.ccrc.uga.edu/GlycomicsWiki/Informatics:Cross-Database_Search/Protocol_(WGGDS) Informatics: Cross-Database Search (WGGDS) / Protocol] に基づいて対応したい。
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* GLYDE-II と KCF の変換
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==== GLYDE-II と KCF の変換 ====
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GLYDE-II → KCF は木下コンバータ (Perl スクリプト) を利用。
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GLYDE-II → KCF は木下コンバータ (Perl スクリプト) を利用。KCF → GLYDE-II は難しいが、BioMoby には変換サービスがある。
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KCF → GLYDE-II は難しいが、BioMoby には変換サービスがある。
BioMoby を bl02 (togows.dbcls.jp) で動かすにはインストールやメンテのオーバーヘッドが大きくなる。
BioMoby を bl02 (togows.dbcls.jp) で動かすにはインストールやメンテのオーバーヘッドが大きくなる。
[http://www.g-language.org/wiki/rest G-language REST API] でできないか?
[http://www.g-language.org/wiki/rest G-language REST API] でできないか?
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==== KEGG ====
使用する KEGG API は search_glycans_by_composition, search_glycans_by_mass, [http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html#label:122 search_glycans_by_kcam] の3つ
使用する KEGG API は search_glycans_by_composition, search_glycans_by_mass, [http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html#label:122 search_glycans_by_kcam] の3つ
(他の関連APIは convert_mol_to_kcf, search_glycans_by_nameなど)。
(他の関連APIは convert_mol_to_kcf, search_glycans_by_nameなど)。
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鹿肉
鹿肉

2010年10月20日 (水) 06:06時点における版

目次

TogoWS, TogoDB の開発

TogoWS

  • PDBj のキーワード検索

SQL を POST すると ID が返るサービスがある(金城)ということなので、これを利用する。

たとえば、"alcohol dehydrogenase" というキーワードで検索するには以下のSQLを投げます。

 SELECT pdbid FROM brief_summary where plainto_tsquery('alcohol dehydrogenase') @@ tsv

REST API (SQL Search) はこちらを参照:http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API

糖鎖対応

本家 KEGG GLYCAN, AIST JCGGDB に頼むことは難しいため、TogoWS 経由で GLYCAN と JCGGDB の糖鎖検索に Informatics: Cross-Database Search (WGGDS) / Protocol に基づいて対応したい。

GLYDE-II と KCF の変換

GLYDE-II → KCF は木下コンバータ (Perl スクリプト) を利用。

KCF → GLYDE-II は難しいが、BioMoby には変換サービスがある。 BioMoby を bl02 (togows.dbcls.jp) で動かすにはインストールやメンテのオーバーヘッドが大きくなる。 G-language REST API でできないか?

KEGG

使用する KEGG API は search_glycans_by_composition, search_glycans_by_mass, search_glycans_by_kcam の3つ (他の関連APIは convert_mol_to_kcf, search_glycans_by_nameなど)。

JCGGDB

鹿肉

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