TogoWS, TogoDB の開発

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http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API
http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API
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=== 糖鎖対応 ===
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Informatics: Cross-Database Search (WGGDS) / Protocol に対応
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* KEGG
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使用する KEGG API は search_glycans_by_composition, search_glycans_by_mass, [[http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html#label:122 search_glycans_by_kcam]] の3つ
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(他の関連APIは convert_mol_to_kcf, search_glycans_by_nameなど)。
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* JCGGDB
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鹿肉

2010年10月20日 (水) 05:39時点における版

TogoWS, TogoDB の開発

TogoWS

  • PDBj のキーワード検索

SQL を POST すると ID が返るサービスがある(金城)ということなので、これを利用する。

たとえば、"alcohol dehydrogenase" というキーワードで検索するには以下のSQLを投げます。

SELECT pdbid FROM brief_summary where plainto_tsquery('alcohol dehydrogenase') @@ tsv

REST API (SQL Search) はこちらを参照:

http://www.pdbj.org/doc/help.cgi?PDBj%20Mine%3aREST%20API

糖鎖対応

Informatics: Cross-Database Search (WGGDS) / Protocol に対応

  • KEGG

使用する KEGG API は search_glycans_by_composition, search_glycans_by_mass, [search_glycans_by_kcam] の3つ (他の関連APIは convert_mol_to_kcf, search_glycans_by_nameなど)。


  • JCGGDB

鹿肉

個人用ツール