TPP-narimatsu

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2014年6月18日 (水) 08:46時点におけるIssaku (トーク | 投稿記録)による版
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研究開発課題名 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発
研究代表者 成松 久
所属・役職 産業技術総合研究所 糖鎖創薬技術研究センター 招聘研究員
概   要 ライフサイエンスデータベース全般の共通基盤であるセマンティックウェブ技術を用い、糖鎖科学と周辺のライフサイエンス研究分野の融合を目指す。研究開発の技術課題としては、国際協働体制を拡大し、国際糖鎖構造データリポジトリシステムを開発するとともに、全糖鎖構造データの標準化作業を進める。並行して糖鎖関連データベースの開発と標準化対応開発を進めることによって、他分野データベースとのより高度な統合を目指す。

参加メンバー

  • 川嵜敏祐 (立命館大)
  • 木下聖子 (創価大)
  • 鹿内俊秀 (産総研)
  • 奥田修二郎 (新潟大)
  • 山田一作 (野口研)
  •  :

検討課題

  • 国際糖鎖構造リポジトリ
    • GlyTouCan - glycoSpace
  • WURCS (Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures) 糖鎖のユニークな線形文字列(http://www.wurcs-wg.org)
  • RDF化: GlycoRDFおよび新規にオントロジーを開発してRDF化する。
    • 糖鎖レジストリから糖鎖構造のファセット検索を実現したい(http://www.glytoucan.org/)
    • GlycoRDFの情報をまとめるサイトを取得(http://www.glycoinfo.org/)
    • GlycoProtDB: タンパクの糖鎖修飾位置のデータがあるので利用できるグループと相談
    • LfDB: レクチン(糖鎖とタンパクの相互作用のデータ)の RDF 化
    • PACDB: 動植物の糖鎖を認識する病原体についてのデータの RDF 化(オントロジーは完成)
    • GlycoEpitope(糖を認識するエピトープ)のデータの RDF 化(奥田)
    • GlycoRDFの情報をまとめるサイト http://www.glycoinfo.org/ に集約 (https://github.com/ReneRanzinger/GlycoRDF/wiki)

SPARQLthon

個人用ツール