TPP-masuya

提供:TogoWiki

2014年10月27日 (月) 02:37時点におけるMasuya (トーク | 投稿記録)による版
移動: 案内, 検索
研究開発課題名 生命と環境のフェノーム統合データベース
研究代表者 桝屋 啓志
所属・役職 理化学研究所 バイオリソースセンター ユニットリーダー
概   要 遺伝子の多様性の結果として現れる生命の表現型(フェノタイプ)の情報を、モデル動物(マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、メダカ)、ゲノム編集研究など、幅広い研究コミュニティから収集し、研究分野の垣根を超えて標準化・統合化・体系化してオープンに公開する。集約されたフェノタイプ情報は、ゲノム情報や分子情報とともに横断的に利活用することで、新たな生命科学イノベーションの原動力となると期待される。

目次

参加メンバー

  • 桝屋 啓志 (理研)
  • 高月 照江(理研)
  • 熊谷 禎洋(日立ソリューション)

検討課題

フェノームのRDFスキーマの設計、および相互運用性の確立

  • 数値のRDF記述についての検討
  • 生物種、系統のRDF(with 植物グループ)

SPARQLthon21#Taxonomy Ontology について

  • その他植物グループとのスキーマ検討
  • 複数生物のフェノームを繋ぐデータ
  • データ項目のリスト
  • 外部RDFを利用するデータリスト

TPP_Masuya RDFスキーマのツクリカタ(テスト作成)

  • 表現型データ

 計測データオブジェクト毎に

  • バイオリソース関連
  • 文献へのリンク
  • 種間表現型のリンク
  • turtleでのサンプル

これまでの成果

  • フェノームのRDFスキーマの設計:全体概要像(2014.6.19更新)

3.jpg

  • フェノームのRDFスキーマの設計:基礎部分: EAVモデル(2014.6.19更新)

1.jpg

  •  数値のRDF記述についての検討(2014.8.18更新)
    • 方法1:ブランクノードを使った記述

2.jpg

[
a:濃度量; 
:value “100”^^xsd:demical; 
:unit <mg/ml>
]  
こんな感じ?
    • 方法2:^^を使ってリテラルに属性を書く
:has_quantity “100”^^xsd:demical; ^^mg/ml;

(has_quantityはリテラルプロパティ) こうすることで、リテラルでありながら、mg/mlである、という意味をもつことができる。

      • 利点:プロパティが少なくて済む

疑問点:xsd:demicalはリテラルの下位概念で良いと思うが、mg/mlはリテラルとは全く違う概念定義されるはずなので、それは良いのかどうか



  • 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)(2014.8.18更新)


  • データ項目のリスト

植物グループに習って作成する。


●登録を予定している項目のリスト(2014.7.16更新:高月)   https://docs.google.com/spreadsheets/d/161D5D1Vp00QJs9AaaHXJULAiqapL3xkibKmltmroObQ/edit#gid=sharing


  • 外部RDFを利用するデータリスト(2014.7.16更新:高月)

 外部からのRDFを利用する場合、直接のリンクは、動作に不具合が生じることがあるとの事。  Bioportalでは、エンドポイントを持っているが、基本的にはデモ用のメンテナンスとの事で、  大量のバッチを投げたりすることは推奨しておらず。  また、Bio2RDFのサイトでは、エンドポイントも設置してあるが、保持しているデータが古く  更新されていない。

●現在までの調査結果(2014.7.16更新:高月)   https://docs.google.com/spreadsheets/d/1pl6szC4lK9qJzXxMbFwg1DrvPPRJ85NoygzcOyudmwo/edit?usp=sharing

SPARQLthon

Mediawiki ヘルプへのリンク

フォーマット リンク

個人用ツール