TPP-masuya

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(検討課題)
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* 数値のRDF記述についての検討
* 数値のRDF記述についての検討
* 生物種、系統のRDF(with 植物グループ)
* 生物種、系統のRDF(with 植物グループ)
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[#Taxonomy Ontology について|参照]
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[[SPARQLthon21#Taxonomy Ontology について]]
* 複数生物のフェノームを繋ぐデータ
* 複数生物のフェノームを繋ぐデータ
* データ項目のリスト
* データ項目のリスト

2014年7月13日 (日) 22:25時点における版

研究開発課題名 生命と環境のフェノーム統合データベース
研究代表者 桝屋 啓志
所属・役職 理化学研究所 バイオリソースセンター ユニットリーダー
概   要 遺伝子の多様性の結果として現れる生命の表現型(フェノタイプ)の情報を、モデル動物(マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、メダカ)、ゲノム編集研究など、幅広い研究コミュニティから収集し、研究分野の垣根を超えて標準化・統合化・体系化してオープンに公開する。集約されたフェノタイプ情報は、ゲノム情報や分子情報とともに横断的に利活用することで、新たな生命科学イノベーションの原動力となると期待される。

目次

参加メンバー

  • 桝屋 啓志 (理研)
  • 高月 照江(理研)
  • 熊谷 禎洋(日立ソリューション)

検討課題

フェノームのRDFスキーマの設計、および相互運用性の確立

  • 数値のRDF記述についての検討
  • 生物種、系統のRDF(with 植物グループ)

SPARQLthon21#Taxonomy Ontology について

  • 複数生物のフェノームを繋ぐデータ
  • データ項目のリスト
  • 外部RDFを利用するデータリスト

前回の報告

6月19日 * SPARQLthon21


フェノームのRDFスキーマの設計、および相互運用性の確立

  • 全体概要像(2014.6.19版)

3.jpg

  • 基礎部分: EAVモデル

1.jpg

  • 数値のRDF記述についての検討
    • 方法1:ブランクノードを使った記述

2.jpg

    • 方法2:リテラルに属性?を書く
      • W3CのSPARQLの記事 に紹介されている(2.3 Matching RDF Literalsのところ)
      • "100"^^xsd:mg/ml みたいな感じ?


  • 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)
    • 現時点での同意
      • 生物種の情報は、基本的にNCBI taxonomyを使用し、両グループで作る、系統、品種、株等の情報を"下位"としてリンクする。
      • Taxonomy OWLの仕様を調べる。上記の「下位」のリンクの語彙は、同型のスキームになるようにしたい。<<ドキュメントおよび図を作成していただけるので、それを参照して、最終決定する。>>


  • データ項目のリスト

植物グループに習って作成する。


  • 外部RDFを利用するデータリスト

作成中

SPARQLthon

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