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(検討課題)
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== 検討課題 ==
== 検討課題 ==
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* フェノームのRDFスキーマの設計、および相互運用性の確立
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フェノームのRDFスキーマの設計、および相互運用性の確立
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** 全体概要像(2014.6.19版)
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* 全体概要像(2014.6.19版)
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** 基礎部分: EAVモデル
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* 基礎部分: EAVモデル
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** 数値のRDF記述についての検討
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* 数値のRDF記述についての検討
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***方法1:ブランクノードを使った記述
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**方法1:ブランクノードを使った記述
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**** 黒川Gも同じ方法。[http://books.google.co.jp/books?id=uX00c5FdF38C&pg=PA65&lpg=PA65&dq=単位付き数値+RDF&source=bl&ots=A- 神崎氏の教科書] [http://milicicvuk.com/blog/2011/08/16/literals-blank-nodes-n-ary-relations-and-rdfvalue/ 他の記事」
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*** 黒川Gも同じ方法。[http://books.google.co.jp/books?id=uX00c5FdF38C&pg=PA65&lpg=PA65&dq=単位付き数値+RDF&source=bl&ots=A- 神崎氏の教科書] [http://milicicvuk.com/blog/2011/08/16/literals-blank-nodes-n-ary-relations-and-rdfvalue/ 他の記事」
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**** 利点:100mg/mlを誰もが勝手に作っても問題無い。100mg/mlを比例尺度として、mg/mlを単位としてそれぞれオントロジーで管理できる。
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*** 利点:100mg/mlを誰もが勝手に作っても問題無い。100mg/mlを比例尺度として、mg/mlを単位としてそれぞれオントロジーで管理できる。
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**** >>mg/mlという単位自体を、比例尺度とする考え方もあるのではないか。
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*** >>mg/mlという単位自体を、比例尺度とする考え方もあるのではないか。
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**** 不利な点:プロパティが2つ多い。
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*** 不利な点:プロパティが2つ多い。
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***方法2:リテラルに属性?を書く
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**方法2:リテラルに属性?を書く
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**** [http://www.w3.org/TR/rdf-sparql-query/ W3CのSPARQLの記事] に紹介されている(2.3 Matching RDF Literalsのところ)
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*** [http://www.w3.org/TR/rdf-sparql-query/ W3CのSPARQLの記事] に紹介されている(2.3 Matching RDF Literalsのところ)
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**** "100"^^xsd:mg/ml  みたいな感じ?
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*** "100"^^xsd:mg/ml  みたいな感じ?
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** 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)
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* 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)
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** データ項目のリスト
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**現時点での同意
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** 外部RDFを利用するデータリスト
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*** 生物種の情報は、基本的にNCBI taxonomyを使用し、両グループで作る、系統、品種、株等の情報を"下位"としてリンクする。
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*** Taxonomy OWLの仕様を調べる。上記の「下位」のリンクの語彙は、調べてから作成する。
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* データ項目のリスト
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* 外部RDFを利用するデータリスト
== SPARQLthon ==
== SPARQLthon ==

2014年6月19日 (木) 08:34時点における版

研究開発課題名 生命と環境のフェノーム統合データベース
研究代表者 桝屋 啓志
所属・役職 理化学研究所 バイオリソースセンター ユニットリーダー
概   要 遺伝子の多様性の結果として現れる生命の表現型(フェノタイプ)の情報を、モデル動物(マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、メダカ)、ゲノム編集研究など、幅広い研究コミュニティから収集し、研究分野の垣根を超えて標準化・統合化・体系化してオープンに公開する。集約されたフェノタイプ情報は、ゲノム情報や分子情報とともに横断的に利活用することで、新たな生命科学イノベーションの原動力となると期待される。

参加メンバー

  • 桝屋 啓志 (理研)
  • 高月 照江(理研)

検討課題

フェノームのRDFスキーマの設計、および相互運用性の確立

  • 全体概要像(2014.6.19版)

3.jpg

  • 基礎部分: EAVモデル

1.jpg

  • 数値のRDF記述についての検討
    • 方法1:ブランクノードを使った記述

2.jpg

    • 方法2:リテラルに属性?を書く
      • W3CのSPARQLの記事 に紹介されている(2.3 Matching RDF Literalsのところ)
      • "100"^^xsd:mg/ml みたいな感じ?


  • 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)
    • 現時点での同意
      • 生物種の情報は、基本的にNCBI taxonomyを使用し、両グループで作る、系統、品種、株等の情報を"下位"としてリンクする。
      • Taxonomy OWLの仕様を調べる。上記の「下位」のリンクの語彙は、調べてから作成する。
  • データ項目のリスト
  • 外部RDFを利用するデータリスト

SPARQLthon

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