TPP-masuya

提供:TogoWiki

(版間での差分)
移動: 案内, 検索
(検討課題)
(検討課題)
24行: 24行:
[[ファイル:2.jpg]]
[[ファイル:2.jpg]]
**** 黒川Gも同じ方法。[http://books.google.co.jp/books?id=uX00c5FdF38C&pg=PA65&lpg=PA65&dq=単位付き数値+RDF&source=bl&ots=A- 神崎氏の教科書] [http://milicicvuk.com/blog/2011/08/16/literals-blank-nodes-n-ary-relations-and-rdfvalue/ 他の記事」
**** 黒川Gも同じ方法。[http://books.google.co.jp/books?id=uX00c5FdF38C&pg=PA65&lpg=PA65&dq=単位付き数値+RDF&source=bl&ots=A- 神崎氏の教科書] [http://milicicvuk.com/blog/2011/08/16/literals-blank-nodes-n-ary-relations-and-rdfvalue/ 他の記事」
-
**** 利点:100mg/mlを比例尺度として、mg/mlを単位としてそれぞれオントロジーで管理できる。
+
**** 利点:100mg/mlを誰もが勝手に作っても問題無い。100mg/mlを比例尺度として、mg/mlを単位としてそれぞれオントロジーで管理できる。
**** >>mg/mlという単位自体を、比例尺度とする考え方もあるのではないか。
**** >>mg/mlという単位自体を、比例尺度とする考え方もあるのではないか。
**** 不利な点:プロパティが2つ多い。
**** 不利な点:プロパティが2つ多い。

2014年6月19日 (木) 08:20時点における版

研究開発課題名 生命と環境のフェノーム統合データベース
研究代表者 桝屋 啓志
所属・役職 理化学研究所 バイオリソースセンター ユニットリーダー
概   要 遺伝子の多様性の結果として現れる生命の表現型(フェノタイプ)の情報を、モデル動物(マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、メダカ)、ゲノム編集研究など、幅広い研究コミュニティから収集し、研究分野の垣根を超えて標準化・統合化・体系化してオープンに公開する。集約されたフェノタイプ情報は、ゲノム情報や分子情報とともに横断的に利活用することで、新たな生命科学イノベーションの原動力となると期待される。

参加メンバー

  • 桝屋 啓志 (理研)
  • 高月 照江(理研)

検討課題

  • フェノームのRDFスキーマの設計、および相互運用性の確立
    • 全体概要像(2014.6.19版)

3.jpg

    • 基礎部分: EAVモデル

1.jpg

    • 数値のRDF記述についての検討
      • 方法1:ブランクノードを使った記述

2.jpg

      • 方法2:リテラルに属性?を書く


    • 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)
    • データ項目のリスト
    • 外部RDFを利用するデータリスト

SPARQLthon

個人用ツール