TPP-masuya

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(検討課題)
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** 数値のRDF記述についての検討
** 数値のRDF記述についての検討
** 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)
** 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)
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* 各生物種ごとにフォーマットや表現方法がバラバラな表現型を RDF で統一化する
 
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* 表現型のデータ(疾患・検査結果・遺伝子発現など)
 
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** 数+単位の RDF 化
 
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* 生物(サンプル・バイオリソースなど)
 
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** 文献情報などリンク先の調査
 
== SPARQLthon ==
== SPARQLthon ==

2014年6月19日 (木) 07:18時点における版

研究開発課題名 生命と環境のフェノーム統合データベース
研究代表者 桝屋 啓志
所属・役職 理化学研究所 バイオリソースセンター ユニットリーダー
概   要 遺伝子の多様性の結果として現れる生命の表現型(フェノタイプ)の情報を、モデル動物(マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、メダカ)、ゲノム編集研究など、幅広い研究コミュニティから収集し、研究分野の垣根を超えて標準化・統合化・体系化してオープンに公開する。集約されたフェノタイプ情報は、ゲノム情報や分子情報とともに横断的に利活用することで、新たな生命科学イノベーションの原動力となると期待される。

参加メンバー

  • 桝屋 啓志 (理研)
  • 高月 照江(理研)

検討課題

  • フェノームのRDFスキーマの設計、および相互運用性の確立
    • フェノームの基礎スキーマ: EAVモデル
    • 数値のRDF記述についての検討
    • 生物種、系統の記述についての検討(with 植物グループ)

SPARQLthon

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