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| 2 || 脳脊髄液定量プロテオームDB || 500 || 病態及び健常の脳脊髄液における定量プロテオーム解析データ || 荒木 || 定量(MS(iTRAQ?)) ||  ||  
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| 3 || がん血漿プロテオームDB || 400例 || 膵がん、子宮体がん、大腸癌、腎がん、前立腺がん患者400例、健常者400例を用いたがん血漿プロテオームデータ解析 || 尾野 || 要確認 ||  ||  
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| 4 || ヒト大腸癌プロテオーム,膜プロテオームおよびリン酸化プロテオームDB || 44,000 || ヒト大腸癌検体組織および培養細胞を用いたプロテオーム解析データベース || 朝長 || ||  ||  
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| 4 || ヒト大腸癌プロテオーム,膜プロテオームおよびリン酸化プロテオームDB || 44,000 || ヒト大腸癌検体組織および培養細胞を用いたプロテオーム解析データベース || 朝長 || 要確認 ||  ||  
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| 5 || HeLa細胞におけるパスウェイ構成タンパク質絶対量DB || 1,700 || ヒト子宮頸癌由来HeLa細胞におけるシグナル伝達や代謝経路を構成するタンパク質のMRM法による絶対量データ || 松本 || 定量(MS(SRM)) ||  ||  
| 5 || HeLa細胞におけるパスウェイ構成タンパク質絶対量DB || 1,700 || ヒト子宮頸癌由来HeLa細胞におけるシグナル伝達や代謝経路を構成するタンパク質のMRM法による絶対量データ || 松本 || 定量(MS(SRM)) ||  ||  
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| 10 || 植物プロテオームDB || 約9,400 || シロイヌナズナ、イネなどの植物におけるプロテオームの変動解析 || 中神 || 定量、時間変動(MS) ||  ||  
| 10 || 植物プロテオームDB || 約9,400 || シロイヌナズナ、イネなどの植物におけるプロテオームの変動解析 || 中神 || 定量、時間変動(MS) ||  ||  
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| 12 || バクテリアリン酸化プロテオーム DB || 3,789 || 腸菌、枯草菌、緑膿菌など || 石濱 || 同定配列(MS) || Y ||  
| 12 || バクテリアリン酸化プロテオーム DB || 3,789 || 腸菌、枯草菌、緑膿菌など || 石濱 || 同定配列(MS) || Y ||  

2016年7月26日 (火) 05:12時点における版

研究開発課題名 プロテオーム統合データベースの構築
研究代表者 石濱 泰
所属・役職 京都大学 大学院薬学研究科 教授
概   要 国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、多彩な生物種・翻訳後修飾・絶対発現量も含めた世界初の横断的統合プロテオームデータベースjPOST (Japan ProteOme STandard Repository/Database) を開発し、ライフサイエンス統合データベースに欠けている「たんぱく質」という必要不可欠な生命素子情報を広く国内外に公開することを目指す。

参加メンバー

  • 河野信(DBCLS)
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 吉沢明康(京都大学)

検討課題

SPARQLthon46

コアデータ

# DB名称 件数 概要 PI データ形式 再解析 サンプルデータ
1 ヒト腎臓・尿プロテオームDB 7,300 質量分析計と抗体によるヒト腎臓のネフロン各部および尿の統合プロテオームのデータベース 山本 抗体とMS
2 脳脊髄液定量プロテオームDB 500 病態及び健常の脳脊髄液における定量プロテオーム解析データ 荒木 定量(MS(iTRAQ?))
3 がん血漿プロテオームDB 400例 膵がん、子宮体がん、大腸癌、腎がん、前立腺がん患者400例、健常者400例を用いたがん血漿プロテオームデータ解析 尾野 要確認
4 ヒト大腸癌プロテオーム,膜プロテオームおよびリン酸化プロテオームDB 44,000 ヒト大腸癌検体組織および培養細胞を用いたプロテオーム解析データベース 朝長 要確認
5 HeLa細胞におけるパスウェイ構成タンパク質絶対量DB 1,700 ヒト子宮頸癌由来HeLa細胞におけるシグナル伝達や代謝経路を構成するタンパク質のMRM法による絶対量データ 松本 定量(MS(SRM))
6 ヒト各種ヒト細胞におけるコア代謝酵素の絶対量DB 1,080 ヒト由来の正常細胞および癌細胞中(10種類)の中心代謝酵素(108種類)のMRMによる絶対量データ 松本 定量(MS(SRM))
7 ヒト全タンパク質MS/MSスペクトルライブラリ 155,875 組換タンパク質リソースを用いて作製した標識ペプチドのMS/MSスペクトル(16,000以上) 松本 スペクトルの生データのみ。既知配列のスペクトル
8 各種刺激依存的リン酸化定量プロテオームDB 24,866 ヒトおよびマウス細胞における各種刺激依存的リン酸化定量プロファイル(iTRAQ法) 松本 定量(MS(SRM)) JPST000144
9 植物リン酸化プロテオームDB 約38,000 シロイヌナズナ、イネ、ゼニゴケなどの植物におけるリン酸化プロテオームの変動解析。世界最大 中神 定量、時間変動(MS)
10 植物プロテオームDB 約9,400 シロイヌナズナ、イネなどの植物におけるプロテオームの変動解析 中神 定量、時間変動(MS)
11 ヒトリン酸化プロテオームDB 118,592サイト ヒト由来培養細胞、臨床組織(ガン、正常)、薬剤処理試料など 石濱 おそらく同定配列(MS)? Y
12 バクテリアリン酸化プロテオーム DB 3,789 腸菌、枯草菌、緑膿菌など 石濱 同定配列(MS) Y
13 ヒトiPS細胞プロテオーム DB 9,500 ヒトiPS細胞および線維芽細胞のプロテオームプロファイルデータベース 石濱 同定配列(MS) Y JPST000052, 81, 82, 83, 85, 86
14 ヒトキナーゼ‐基質 DB 約150,000対 ヒトキナーゼ354種とそのin vitro基質の関係についてのデータベース 石濱 IDの対応リスト N
15 ヒトGlioma抗がん剤感受性/非感受性組織 融合プロテオームDB 27,415 iPEACH解析(DNAアレイデータとプロテオーム全解析データの融合)によるヒトGlioma 抗がん剤感受性/非感受性組織定量的発現プロテオーム解析 荒木 定量(MS(iTRAQ?), array)
16 ラット肝臓毒性融合プロテオームDB 23,162 iPEACH解析を用いた肝臓毒性による変動プロテオーム融合解析データ 荒木 定量、時間変動(MS, 2D-DIGE, Array)
17 イモリ精巣分化特異的プロテオーム 70 イモリ精巣分化において変動する分子の発現プロテオームデータ解析 荒木 定量(MS(iTRAQ?))、時間変動(MS)
18 ヒト肝臓ミクロソームプロテオーム解析SWATH/MRM 6,000 ヒト肝臓、腎臓、小腸(薬物動態肝連臓器)ミクロソームプロテオーム解析 SWATH/MRM 荒木 同定配列(MS)
19 ラット神経系幹細胞PC12の分化特異的融合プロテオーム解析DB 10,914 ラット神経系幹細胞PC12の正常分化とNF1遺伝子欠損モデルの分化異常に伴う変動タンパク質のiPEACH解析による融合データ 荒木 定量、時間変動(MS, 2D-DIGE, Array) JPST000067
20 ヒト正常二倍体線維芽細胞の二次元電気泳動解析データ 500 細胞老化に伴う蛋白質発現レベルの変化を定量解析した二次元電気泳動データベース 戸田 同定配列(2D-DIGE)

HPP(neXProt)のミッシングプロテインリスト

 PREFIX : <http://rdf.jpostdb.org/>
 PREFIX jpo: <http://rdf.jpostdb.org/ontology/jpost.owl#>
 PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
 PREFIX ipi: <http://identifiers.org/ipi/>
 PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
 PREFIX nex: <http://nextprot.org/rdf#> 
 PREFIX nexprot: <http://nextprot.org/rdf/entry/>
 PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/>
 
 SELECT DISTINCT ?project ?title ?ipi ?nex ?chromosome ?evidence
 WHERE {
   ?project jpo:hasRawData ?raw ;
            dct:title ?title .
   ?raw jpo:hasSpectrum/jpo:hasPeptide/^jpo:identifiedFrom ?protein .
   ?protein a obo:MS_1001591 ;
            jpo:hasDBSequence ?ipi .
   ?nex rdfs:seeAlso ?ipi ;
          a nex:Entry ;
          nex:existence ?evidence .
   FILTER(?evidence != nex:Evidence_at_protein_level)
   ?nex nex:gene ?gene .
   ?gene a nex:Gene ;
         nex:chromosome ?chromosome . 
 }
 ORDER BY ?project ?chromosome
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