TPP-DB
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統合化推進プログラム (TPP) の各グループが持つデータベースを俯瞰し、RDF による統合データベース化にあたって共通化できる部分を検討する。
各 TPP DB の共通 RDF モデル/オントロジー
TPP 各グループのデータ分野とRDF化対象の表
- https://docs.google.com/spreadsheets/d/1L0q18arcFq7EEO58lk3gOTCgCfKqrlmvINHgIrXTlWM/edit?usp=sharing
7ページ目の図を参考程度に
各プロジェクトのスキーマに関しては、下記にそれぞれ図をアップする。
TODO
- 各分野ごとに共通に使用する RDF モデルとオントロジーを整理する
- 分野間をまたぐ property (predicate) も揃えたい
- できるだけ各分野間で(rdfs:seeAlso などで)リンクしあいましょう (URI はできれば Identifiers.org のもので)リンクトデータの原則
SPARQLthon 23 (2014/8/18)
- RDF化対象の表のうち、"実験結果、データ" に分類されている項目については、スキーマ作成を先行させるのではなく、TPPグループ関係者で、まずRDFデータを作った後に、お互いにレビューすることで進めていく。
- 現状、気をつけたいことは、主要な語彙(RDF, RDFS, OWL, SKOS, DC, DCterm, FOAF等)にある語彙が利用できる場合は利用すること。
- データのIDを記述する場合は、dc:identifiers を利用する。
- 各プロジェクトで使うオントロジーは、RDF化対象の表を参照。
- 前回おおまかに合意している、biological entity, 化合物、ゲノムに関しては、生物種/分野横断的に使えるので、共通して使っていく。
- "統合化"について、見せる成果としては、具体的にデータ連携するプロジェクト間を繋ぐスタンザを作成する、をとりあえずの目標とする。
- 各プロジェクトが各分野で世界とつながることが重要。TPP内統合が小さくまとまらないように。
SPARQLthon 22 (2014/7/15)
- SPARQLthon22#biological entity biological entity、生物種の記述に関する同意事項の案
- SPARQLthon22#化合物RDF化合物に関する同意事項の案
- ゲノムに関しては、片山さんが進めているRDFのフォーマットをなるべく使う。
- 各プロジェクトのスキームは、 オントロジー図のページになるべく載せていきましょう。
- 参照:スキーマの描き方について:https://gist.github.com/inutano/52a69a77ecf2a9d92760