TPP-DB

提供：TogoWiki

統合化推進プログラム (TPP) の各グループが持つデータベースを俯瞰し、RDF による統合データベース化にあたって共通化できる部分を検討する。

各 TPP DB の共通 RDF モデル／オントロジー

TPP 各グループのデータ分野とRDF化対象の表

• https://docs.google.com/spreadsheets/d/1L0q18arcFq7EEO58lk3gOTCgCfKqrlmvINHgIrXTlWM/edit?usp=sharing

７ページ目の図を参考程度に

• http://biosciencedbc.jp/gadget/unei/suishin_senryaku.pdf

各プロジェクトのスキーマに関しては、下記にそれぞれ図をアップする。

• オントロジー図

TODO

• 各分野ごとに共通に使用する RDF モデルとオントロジーを整理する
• 分野間をまたぐ property (predicate) も揃えたい
• できるだけ各分野間で（rdfs:seeAlso などで）リンクしあいましょう (URI はできれば Identifiers.org のもので）リンクトデータの原則

SPARQLthon 23 (2014/8/18)

• RDF化対象の表のうち、"実験結果、データ"　に分類されている項目については、スキーマ作成を先行させるのではなく、TPPグループ関係者で、まずRDFデータを作った後に、お互いにレビューすることで進めていく。
• 現状、気をつけたいことは、主要な語彙（RDF, RDFS, OWL, SKOS, DC, DCterm, FOAF等）にある語彙が利用できる場合は利用すること。
  • データのIDを記述する場合は、dc:identifiers を利用する。
  • 各プロジェクトで使うオントロジーは、RDF化対象の表を参照。
  • 前回おおまかに合意している、biological entity, 化合物、ゲノムに関しては、生物種／分野横断的に使えるので、共通して使っていく。
• "統合化"について、見せる成果としては、具体的にデータ連携するプロジェクト間を繋ぐスタンザを作成する、をとりあえずの目標とする。
• 各プロジェクトが各分野で世界とつながることが重要。TPP内統合が小さくまとまらないように。

SPARQLthon 22 (2014/7/15)

• SPARQLthon22#biological entity biological entity、生物種の記述に関する同意事項の案
  • 参照：http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/ファイル:DDBJTaxonomyオントロジー_グラフ概略図.png
• SPARQLthon22#化合物RDF化合物に関する同意事項の案
• ゲノムに関しては、片山さんが進めているRDFのフォーマットをなるべく使う。
• 各プロジェクトのスキームは、 オントロジー図のページになるべく載せていきましょう。
  • 参照：スキーマの描き方について：https://gist.github.com/inutano/52a69a77ecf2a9d92760