TPP-DB

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統合化推進プログラム (TPP) の各グループが持つデータベースを俯瞰し、RDF による統合データベース化にあたって共通化できる部分を検討する。

各 TPP DB の共通 RDF モデル/オントロジー

TPP 各グループのデータ分野とRDF化対象の表

7ページ目の図を参考程度に

TODO

  • 各分野ごとに共通に使用する RDF モデルとオントロジーを整理する
  • 分野間をまたぐ property (predicate) も揃えたい
  • できるだけ各分野間で(rdfs:seeAlso などで)リンクしあいましょう (URI はできれば Identifiers.org のもので)リンクトデータの原則

SPARQLthon 23 (2014/8/18)

  • RDF化対象の表のうち、"実験結果、データ" に分類されている項目については、スキーマ作成を先行させるのではなく、TPPグループ関係者で、まずRDFデータを作った後に、お互いにレビューすることで進めていく。
  • 現状、気をつけたいことは、主要な語彙(RDF, RDFS, OWL, SKOS, DC, DCterm, FOAF等)にある語彙が利用できる場合は利用すること。
    • データのIDを記述する場合は、dc:identifiers を利用する。
  • 前回おおまかに合意している、biological entity, 化合物、ゲノムに関しては、生物種/分野横断的に使えるので、共通して使っていく。
  • "統合化"について、見せる成果としては、具体的にデータ連携するプロジェクト間を繋ぐスタンザを作成する、をとりあえずの目標とする。

SPARQLthon 22 (2014/7/15)

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