SPARQLthon89

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=== TPP グループ全体 ===
=== TPP グループ全体 ===
==== 継続中 ====
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - https://microbedb.jp/
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** 2/17リリースしました+バグ取りしてます+構造化マークアップを試作してます →
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http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/MicrobeDB.jpポータル開発#MicrobeDB.jp.E3.83.9E.E3.83.BC.E3.82.AF.E3.82.A2.E3.83.83.E3.83.97
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** 2020年度研究計画の提出
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** GlycoCoO ontologyの論文執筆
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** Andreaさんの植物糖鎖遺伝子データ(Arabidopsis)
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** MicroGlycoDB symposium 3月9日〜12日 [https://kiyoko.gitlab.io/microglycodb/]
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
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** RDFデータの軽量化・ChIP-Seqピーク情報のRDFスキーマについて相談。turtle生成スクリプト作成
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** IHEC(International Human Epigenome Consortium)日本人データのChIP-Seqピーク情報の収集 (若栗)
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
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** ChIP-Atlas TFBS RDF モデルを一部修正します
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** BioSample, SRA Experiment の RDF と一緒にロードしてクエリを試したいがスパコンが重くてやってられない
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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** 停電で気になったこと:jPOST の stanza で togogenome や togovar を叩いてるので、そっちのエンドポイントが上がってないと stanza が表示されないのでエラー処理を作らなきゃならないかも(守屋)
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*** SPARQList でエンドポイントが立ってるかどうか確認して、だめだったらエラーを json 形式で返してくれたりしないかな
==== 終了 ====
==== 終了 ====
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* [https://sparql-support.dbcls.jp/endpoint-browser_dev.html Endpoint browser (dev)] (守屋)
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**  identifiers.org URI ノードからクリックで他のエンドポイントを検索できるように改良中
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*** どのエンドポイントでどの identifiers.org URI が使われてるかのデータがほしい(uniprotとかrefseqとか)
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* ぺぺペプチドのアミノ酸20文字 ->16文字の畳み込み検証(守屋)
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** 出現頻度の少ないアミノ酸を畳み込むほうがHitが少ない(Hit 数が少ないほうが検索が早い)
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* TogoGenomeでの最新版菌株データ(NBRC/JCM)への対応(岡別府)
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** SPARQLの書き換え(5スタンザ中4スタンザ)
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** MEOの最新バージョンの適用を検討
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* RDFポータルのデータ追加に向けた準備(門間)
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** Virtuosoのメモリ使用量とSPARQLクエリ応答時間の関係調査
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** UniProt, PubChem公開に向けた統計情報取得スクリプト整備
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* [[SPARQLthon89/VirtuosoQueryLog|VirtuosoのSPARQLクエリログ]] (岡別府)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 来年度のSPARQLthon日程を決める(今日は片山さんが居ないけど、4、5月の日程くらいは)
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** 4/23-24(木金)か4/27-28(月火)?(DBCLSの定例会議が第何月曜になるか未定)
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 岡別府陽子(OKBP)
* 岡別府陽子(OKBP)
* 山口敦子 (DBCLS)
* 山口敦子 (DBCLS)
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* 若栗浩幸 (ビッツ)
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* 若栗浩幸 (ビッツ) 20日は午前のみ、21日午後から予定
* 小野浩雅 (DBCLS)
* 小野浩雅 (DBCLS)
* 仲里猛留 (DBCLS)
* 仲里猛留 (DBCLS)
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* 藤原豊史 (DBCLS)
* 藤原豊史 (DBCLS)
* 仁宮洸太 (国立保健医療科学院) 初日のみかも
* 仁宮洸太 (国立保健医療科学院) 初日のみかも
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* 門間則和 (日立)
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* 田中聡 (Trans-IT) 20日午後 ~ 21日 16:00
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* 信定知江(NBDC)~16:30
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* 藤澤貴智(NIG)
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* 鈴木治夫 (慶應) 2月21日

2020年2月25日 (火) 12:33時点における最新版

第89回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/MicrobeDB.jpポータル開発#MicrobeDB.jp.E3.83.9E.E3.83.BC.E3.82.AF.E3.82.A2.E3.83.83.E3.83.97

終了

SPARQLthon グループ

  • Endpoint browser (dev) (守屋)
    • identifiers.org URI ノードからクリックで他のエンドポイントを検索できるように改良中
      • どのエンドポイントでどの identifiers.org URI が使われてるかのデータがほしい(uniprotとかrefseqとか)
  • ぺぺペプチドのアミノ酸20文字 ->16文字の畳み込み検証(守屋)
    • 出現頻度の少ないアミノ酸を畳み込むほうがHitが少ない(Hit 数が少ないほうが検索が早い)
  • TogoGenomeでの最新版菌株データ(NBRC/JCM)への対応(岡別府)
    • SPARQLの書き換え(5スタンザ中4スタンザ)
    • MEOの最新バージョンの適用を検討
  • RDFポータルのデータ追加に向けた準備(門間)
    • Virtuosoのメモリ使用量とSPARQLクエリ応答時間の関係調査
    • UniProt, PubChem公開に向けた統計情報取得スクリプト整備
  • VirtuosoのSPARQLクエリログ (岡別府)

今後の予定

  • 来年度のSPARQLthon日程を決める(今日は片山さんが居ないけど、4、5月の日程くらいは)
    • 4/23-24(木金)か4/27-28(月火)?(DBCLSの定例会議が第何月曜になるか未定)

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS) スミマセン海外出張と重なりました
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 吉沢明康 (京大薬) 体調不良で参加見合わせます
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(OKBP)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 若栗浩幸 (ビッツ) 20日は午前のみ、21日午後から予定
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 大石直哉 (dogrun)
  • 高月照江(DBCLS)21日はお昼まで
  • 木下聖子(創価大)20日夜から21日
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 平原麗夏(PENQE)初日のみ
  • 浅野由衣(PENQE)初日のみ
  • 黒須亮平(PENQE)初日のみ
  • 建石由佳(NBDC)
  • 山田涼太(fuku)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 仁宮洸太 (国立保健医療科学院) 初日のみかも
  • 門間則和 (日立)
  • 田中聡 (Trans-IT) 20日午後 ~ 21日 16:00
  • 信定知江(NBDC)~16:30
  • 藤澤貴智(NIG)
  • 鈴木治夫 (慶應) 2月21日
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