SPARQLthon89

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** IHEC(International Human Epigenome Consortium)日本人データのChIP-Seqピーク情報の収集 (若栗)
** IHEC(International Human Epigenome Consortium)日本人データのChIP-Seqピーク情報の収集 (若栗)
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
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** ChIP-Atlas TFBS RDF モデルを一部修正します
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** BioSample, SRA Experiment の RDF と一緒にロードしてクエリを試したいがスパコンが重くてやってられない
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/

2020年2月21日 (金) 08:26時点における版

第89回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • Endpoint browser (dev) (守屋)
    • identifiers.org URI ノードからクリックで他のエンドポイントを検索できるように改良中
      • どのエンドポイントでどの identifiers.org URI が使われてるかのデータがほしい(uniprotとかrefseqとか)
  • ぺぺペプチドのアミノ酸20文字 ->16文字の畳み込み検証(守屋)
    • 出現頻度の少ないアミノ酸を畳み込むほうがHitが少ない(Hit 数が少ないほうが検索が早い)

今後の予定

  • 来年度のSPARQLthon日程を決める(今日は片山さんが居ないけど、4、5月の日程くらいは)
    • 4/23-24(金土)か4/27-28(月火)?(DBCLSの定例会議が第何月曜になるか未定)

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS) スミマセン海外出張と重なりました
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 吉沢明康 (京大薬) 体調不良で参加見合わせます
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(OKBP)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 若栗浩幸 (ビッツ) 20日は午前のみ、21日午後から予定
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 大石直哉 (dogrun)
  • 高月照江(DBCLS)21日はお昼まで
  • 木下聖子(創価大)20日夜から21日
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 平原麗夏(PENQE)初日のみ
  • 浅野由衣(PENQE)初日のみ
  • 黒須亮平(PENQE)初日のみ
  • 建石由佳(NBDC)
  • 山田涼太(fuku)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 仁宮洸太 (国立保健医療科学院) 初日のみかも
  • 門間則和 (日立)
  • 田中聡 (Trans-IT) 20日午後 ~ 21日 16:00
  • 信定知江(NBDC)~16:30
  • 藤澤貴智(NIG)
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