SPARQLthon88

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(SPARQLthon グループ)
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* RDF config 仕様アップデート中(片山・西澤)
* RDF config 仕様アップデート中(片山・西澤)
* 酵母株の特性データのRDFスキーマ検討(川島、岡本、高月、櫛田)
* 酵母株の特性データのRDFスキーマ検討(川島、岡本、高月、櫛田)
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** Japan Collection of Microorganisms(JCM)に登録されている酵母株の発酵の基質、生育条件、高分子分解能のデータ(https://www.jcm.riken.jp/JCM/yeast_search)のRDF化を準備中
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** JCMが標準的な手法で実験を行いデータ生成、データベース化を進めている。
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** 有用物質生産などで活用されることを期待。
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===

2020年1月24日 (金) 08:45時点における版

第88回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

新春特別企画: SPARQLthon meets Cytoscape

  • 日時: 1/24 (金) 14:00 - 16:00
  • 開催場所: DBCLS柏ラボ 7階セミナールーム (701)
  • 概要
    • Bioinformatics の分野では言わずと知れたネットワーク可視化・解析ソフトウェア Cytoscape のコアデベロッパーである大野圭一郎さん (University of California San Diego) をお招きします。Cytoscape Consortium が目指すもの、ロードマップをご紹介頂いたのちに、今回は特別にDB開発者向けの内容もお話していただき、その後ディスカッションの時間を設けます。ぜひご参加ください。詳しくはDBCLSおおたまで。

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • 酒米オントロジーとRDF化検討 (川島、鐘ヶ江、畠中、岡別府)
  • Cytoscapeで植物家系図をレンダリング(岡別府)
  • GraphQL to SPARQL (grasp) 開発中(片山・川島・守屋・えにしテック)
  • RDF config 仕様アップデート中(片山・西澤)
  • 酵母株の特性データのRDFスキーマ検討(川島、岡本、高月、櫛田)
    • Japan Collection of Microorganisms(JCM)に登録されている酵母株の発酵の基質、生育条件、高分子分解能のデータ(https://www.jcm.riken.jp/JCM/yeast_search)のRDF化を準備中
    • JCMが標準的な手法で実験を行いデータ生成、データベース化を進めている。
    • 有用物質生産などで活用されることを期待。

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 大石直哉 (dogrun)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 山田一作 (野口研究所) 1月 23(木)のみ参加
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(OKBP)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 平原麗夏 (PENQE)
  • 浅野由衣 (PENQE)
  • 黒須亮平 (PENQE)
  • 高月照江 (DBCLS)
  • 櫛田達矢(理研BRC)
  • 藤澤貴智(NIG)
  • 山下理宇(国立がん研究センター)
  • 鐘ケ江弘美 (NARO)
  • 山本謙太郎 (理研BIT) 1月24日のみ参加
  • 古崎晃司 (大阪電通大) 1月24日のみ
  • 沖 真弥(九大)
  • 若栗浩幸(ビッツ)
  • 建石由佳(NBDC)1月 23(木)のみ
  • 内山郁夫(基生研)
  • 西出浩世(基生研)
  • 平木愛子 (DBCLS) 1月23日夕方以降~
  • 畠中秀樹 (DBCLS) 23(木)午後〜24(金)16時
  • 佐藤大輔 (Lifematics)
  • 真後 俊幸(NBDC)1月24日午前のみ
  • 太田 紀夫(NBDC)1月24日午前のみ
  • 鈴木穣(東大)1月24日午前のみ
  • 露崎弘毅 (理研BDR) 1月24日のみ
  • 桝屋啓志(理研BRC) 1月24日のみ
  • 平川英樹(かずさDNA研) 1月23日のみ
  • 田中 聡 (Trans-IT) 1月23日10時~24日16時
  • 鈴木治夫(慶応大学)1月24日
  • 大野圭一郎 (University of California San Diego)
  • 豊岡理人 (NBDC) 1月24日のみ
  • 三橋信孝 (NBDC) 1月24日のみ
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