SPARQLthon88
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2020年1月23日 (木) 13:35時点における版
第88回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2020年 1月 23（木）- 24日（金）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
プロジェクト
新春特別企画: SPARQLthon meets Cytoscape
- 日時: 1/24 (金) 14:00 - 16:00
- 開催場所: DBCLS柏ラボ 7階セミナールーム (701)
- 概要
- Bioinformatics の分野では言わずと知れたネットワーク可視化・解析ソフトウェア Cytoscape のコアデベロッパーである大野圭一郎さん (University of California San Diego) をお招きします。Cytoscape Consortium が目指すもの、ロードマップをご紹介頂いたのちに、今回は特別にDB開発者向けの内容もお話していただき、その後ディスカッションの時間を設けます。ぜひご参加ください。詳しくはDBCLSおおたまで。
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- 転写因子結合モチーフのデータベース、TRANSFAC の開発者 (Edgar Wingender) と打ち合わせし、ChIP-Atlas との連携について議論した。
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- 統合セマンティックTools構想
- endpoint 立てて、togo-semantictools入れたら SPARQList, sparql-proxy, togostanza, Endpoint browser, Umaka viewer, LOD surfer etc. etc.全部入れば良いのでは
今後の予定
- 今週のブラタモリ＠浜松 に岡本さんの学園のオケ部の画像が流れるそうです
- Graph Database in Practice 2020 (2/16-18)
- 次回の SPARQLthon 懇親会に Evan Bolton さんが理研ハッカソンのあとで立ち寄られるそうです
- 第24回オープンバイオ研究会 は 3/14 (土) に JAIST で開催予定です
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 千葉啓和 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 小野浩雅 (DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS)
- 池田秀也 (DBCLS)
- 大石直哉 (dogrun)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 山田一作 (野口研究所) 1月 23（木）のみ参加
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 岡別府陽子(OKBP)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 永野朗夫 (PENQE)
- 平原麗夏 (PENQE)
- 浅野由衣 (PENQE)
- 黒須亮平 (PENQE)
- 高月照江 (DBCLS)
- 櫛田達矢（理研BRC）
- 藤澤貴智（NIG）
- 山下理宇（国立がん研究センター）
- 鐘ケ江弘美 (NARO)
- 山本謙太郎 (理研BIT) 1月24日のみ参加
- 古崎晃司 (大阪電通大) 1月24日のみ
- 沖 真弥（九大）
- 若栗浩幸（ビッツ）
- 建石由佳（NBDC）1月 23（木）のみ
- 内山郁夫（基生研）
- 西出浩世（基生研）
- 平木愛子 (DBCLS) 1月23日夕方以降～
- 畠中秀樹 (DBCLS) 23(木)午後〜24(金)16時
- 佐藤大輔 (Lifematics)
- 真後 俊幸（NBDC）1月24日午前のみ
- 太田 紀夫（NBDC）1月24日午前のみ
- 鈴木穣（東大）1月24日午前のみ
- 露崎弘毅 (理研BDR) 1月24日のみ
- 桝屋啓志（理研BRC） 1月24日のみ
- 平川英樹（かずさDNA研） 1月23日のみ
- 田中 聡 (Trans-IT) 1月23日10時～24日16時
