SPARQLthon83

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** [http://ep.dbcls.jp/sparqlist/gms_by_tids gms_by_tids] KEGG の生物種を複数与えたときに、関連する培地一覧、および、その成分を返す。
** [http://ep.dbcls.jp/sparqlist/gms_by_tids gms_by_tids] KEGG の生物種を複数与えたときに、関連する培地一覧、および、その成分を返す。
** このAPIを使ったスタンザを構築中(守屋)
** このAPIを使ったスタンザを構築中(守屋)
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* 新着論文レビューリンク対象(タンパク質・遺伝子)検証用コーパス(平木、仲里、建石)
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** タンパク質(遺伝子)としてマークされているがIDのついていない箇所の洗い出しスクリプト(大筋完了、出力方法等調整中)
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** サーバー上のBratのアップグレードとNormalization DBのインストール
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** 言及されている生物でのUniprotエントリーがない場合にどうするかの議論(未完。続きはBiohackathon中に)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===

2019年8月23日 (金) 08:12時点における版

第83回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

スペシャルゲスト

今回は GA4GH/AMED で来日されている Ewan Birney さんに来て頂けることになったので、8月22日の夜は会場を神田に移して懇親会を開催します。有料スペースを借りたためいつもより参加費が高くなりますが、参加希望の方は事前登録をよろしくお願いします。SPARQLthonメンバーは無料チケットを選択の上、現地で精算していただければOKです。

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • SPARQL support の RDF config を使った補完機能 開発版(守屋)
  • SPARQList support でSPARQLetソート機能追加
  • Growth medium 関係のSAPRQList 開発(川島・守屋・五斗)
    • 最終目標は、難培養性微生物のゲノムが与えられたときに、そのための培地を予測する。
    • とりあえずの目標は、生物種->培地ではなく、培地|培地成分ー>生物種 という逆引き情報を整備する。
    • gms_by_tid KEGG の生物種を一つ与えたときに、関連する培地一覧を返す。
    • gms_by_tids KEGG の生物種を複数与えたときに、関連する培地一覧、および、その成分を返す。
    • このAPIを使ったスタンザを構築中(守屋)
  • 新着論文レビューリンク対象(タンパク質・遺伝子)検証用コーパス(平木、仲里、建石)
    • タンパク質(遺伝子)としてマークされているがIDのついていない箇所の洗い出しスクリプト(大筋完了、出力方法等調整中)
    • サーバー上のBratのアップグレードとNormalization DBのインストール
    • 言及されている生物でのUniprotエントリーがない場合にどうするかの議論(未完。続きはBiohackathon中に)

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS) 22日のみ
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (OKBP) 22日は14時まで
  • 平原麗夏 (PENQE) 23日のみ
  • 桝屋啓志(理研BRC) 23日午後のみ<=不参加になってしまいました。すみません。
  • 桂樹哲雄(NARO)
  • 田中聡 (Trans-IT) 23日は午前のみ
  • 高月照江 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 横井翔 (NARO) 23日のみ
  • 森宙史 (遺伝研) 22日のみ
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 五斗進 (DBCLS) 22日のみ
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 山田一作(野口研究所)
  • 正村優果(The Hotchkiss School)
  • 山本泰智(DBCLS)22日のみ
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 鐘ケ江弘美 (NARO) 22日午後のみ
  • 小林紀郎 (RIKEN) 22日午後のみ
  • 浅野由衣 (PENQE)
  • 佐藤大輔 (Lifematics)
  • 稲冨素子 (NARO) 22日午後のみ
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 田中剛 (NARO) 22日午後のみ
  • 建石由佳(NBDC)23日(22日は未定)
  • 藤澤貴智(遺伝研)22日午後から
  • 福島敦史 (RIKEN) 22日午後のみ
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 平木愛子 (DBCLS)
  • 畠中秀樹 (DBCLS)
  • 西澤達也 (情報数理バイオ) 22日午後のみ
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