SPARQLthon81

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*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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** jPOSTdb 新インターフェース開発(田中、守屋、五斗)
==== 終了 ====
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* TODO: DDBJ RDFの更新と、そのDDBJスパコン→NBDC RDFポータルへの反映について相談(川島→藤沢)
* TODO: DDBJ RDFの更新と、そのDDBJスパコン→NBDC RDFポータルへの反映について相談(川島→藤沢)
* TODO: GlyTouCan, Total Glycome の NBDC RDF ポータルへの更新と新規収載について相談(川島→新町)
* TODO: GlyTouCan, Total Glycome の NBDC RDF ポータルへの更新と新規収載について相談(川島→新町)
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* TODO: DBCLS ep1 サーバ → ep6 サーバへの移行(片山→岡別府・佐藤・西澤 etc.)
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** ep2サーバのディスクをep1に換装する手順も検討(片山→渡辺)
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** ep6に外向けのIPを設定(渡辺)
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** ep1のIPアドレスをep6に振ってしまえば一気に移行できるが不具合がある場合にサービス毎にep1に戻すとかが時間がかかりそう
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** ep1のnginxで内部的にサービス毎にep6を指せるタイプのものについては現状でもテスト可能
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*** ソケットファイルを使っているサービス、内部で localhost のポートを直指ししているアプリなどが検証できない
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** 逆にep6の外向けIPに対して各サービスドメインのDNSを振り変え、ep6のnginxで検証、不具合があるサービスはep1を指すようにする手も
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** 目標としては国内版バイオハッカソン期間中に移行を完了する
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* SPARQL support 更新(守屋)
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** [https://github.com/ldodds/sparql-doc sparql-doc] (SPANG拡張?) に対応。リンクからの自動実行機能。(守屋)[https://is.gd/O2u1OS サンプルクエリ]
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*** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon78/SPARQLtemplate 関連情報] (SPARQLthon78): SPARQLテンプレートについての調査と、それらの間のinteroperabilityについて
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* [http://microbiome2rdf.org microbiome2rdf.org]
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 7/8-12 国内版 [[BH19.7]] @ 指宿
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* 9/1-7 国際版 [http://2019.biohackathon.org/ BioHackathon2019] @ 福岡
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** 参加登録受付中(7/31〆切)
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** シンポジウムの前日、当日夜のホテルはオーガナイザー側で手配しません。なおシンポジウム前日、当日は福岡でドリカムのコンサートがあるのでホテルが混み合うことが予想されます。早めに予約しましょう。
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* 10/5 トーゴーの日2019
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 川島秀一 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
* 岡別府陽子 (OKBP)
* 岡別府陽子 (OKBP)
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* 多湖真一郎(富士通研)25日のみ
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* 多湖真一郎(富士通研)
* 櫛田達矢(NBDC)
* 櫛田達矢(NBDC)
* 永野朗夫(PENQE)
* 永野朗夫(PENQE)
* 坊農秀雅 (DBCLS)
* 坊農秀雅 (DBCLS)
* 小野浩雅 (DBCLS)
* 小野浩雅 (DBCLS)
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* 仲里猛留 (DBCLS)
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* 仲里猛留 (DBCLS) 24日のみ
* 内藤雄樹 (DBCLS)
* 内藤雄樹 (DBCLS)
* 池田秀也 (DBCLS)
* 池田秀也 (DBCLS)
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* 田中聡 (Trans-IT)
* 田中聡 (Trans-IT)
* 高月照江(DBCLS)
* 高月照江(DBCLS)
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* 鐘ケ江弘美(NARO)24日午前
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* 平原麗夏(PENQE)
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* 浅野由衣(PENQE)
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* 建石由佳(NBDC)25日は不参加
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* 小林紀郎 (RIKEN)
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* 沖 真弥 (九大)
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* 山口敦子(DBCLS)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 森 宙史(遺伝研)
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* 守屋勇樹 (DBCLS)
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* 鎌田真由美(京都大学)
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* 川本祥子(遺伝研)24日のみ
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* 平木愛子(DBCLS)25日午前まで
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* 山本泰智(DBCLS)25日予定
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* 桂樹哲雄(NARO)24日午前、25日午前
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* 平川英樹(かずさ)24日のみ
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* 藤原豊史(DBCLS)
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* 畠中秀樹(DBCLS)
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* Andrea Ghelfi (KDRI)
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* 三橋信孝(NBDC) 25日のみ
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* 豊岡理人(NBDC) 25日午後
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* 佐藤大輔 (Lifematics)

2019年7月26日 (金) 07:17時点における最新版

第81回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • TODO: DDBJ RDFの更新と、そのDDBJスパコン→NBDC RDFポータルへの反映について相談(川島→藤沢)
  • TODO: GlyTouCan, Total Glycome の NBDC RDF ポータルへの更新と新規収載について相談(川島→新町)
  • TODO: DBCLS ep1 サーバ → ep6 サーバへの移行(片山→岡別府・佐藤・西澤 etc.)
    • ep2サーバのディスクをep1に換装する手順も検討(片山→渡辺)
    • ep6に外向けのIPを設定(渡辺)
    • ep1のIPアドレスをep6に振ってしまえば一気に移行できるが不具合がある場合にサービス毎にep1に戻すとかが時間がかかりそう
    • ep1のnginxで内部的にサービス毎にep6を指せるタイプのものについては現状でもテスト可能
      • ソケットファイルを使っているサービス、内部で localhost のポートを直指ししているアプリなどが検証できない
    • 逆にep6の外向けIPに対して各サービスドメインのDNSを振り変え、ep6のnginxで検証、不具合があるサービスはep1を指すようにする手も
    • 目標としては国内版バイオハッカソン期間中に移行を完了する
  • SPARQL support 更新(守屋)
    • sparql-doc (SPANG拡張?) に対応。リンクからの自動実行機能。(守屋)サンプルクエリ
      • 関連情報 (SPARQLthon78): SPARQLテンプレートについての調査と、それらの間のinteroperabilityについて
  • microbiome2rdf.org

今後の予定

  • 7/8-12 国内版 BH19.7 @ 指宿
  • 9/1-7 国際版 BioHackathon2019 @ 福岡
    • 参加登録受付中(7/31〆切)
    • シンポジウムの前日、当日夜のホテルはオーガナイザー側で手配しません。なおシンポジウム前日、当日は福岡でドリカムのコンサートがあるのでホテルが混み合うことが予想されます。早めに予約しましょう。
  • 10/5 トーゴーの日2019

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (OKBP)
  • 多湖真一郎(富士通研)
  • 櫛田達矢(NBDC)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS) 24日のみ
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 高月照江(DBCLS)
  • 鐘ケ江弘美(NARO)24日午前
  • 平原麗夏(PENQE)
  • 浅野由衣(PENQE)
  • 建石由佳(NBDC)25日は不参加
  • 小林紀郎 (RIKEN)
  • 沖 真弥 (九大)
  • 山口敦子(DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 森 宙史(遺伝研)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 鎌田真由美(京都大学)
  • 川本祥子(遺伝研)24日のみ
  • 平木愛子(DBCLS)25日午前まで
  • 山本泰智(DBCLS)25日予定
  • 桂樹哲雄(NARO)24日午前、25日午前
  • 平川英樹(かずさ)24日のみ
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 畠中秀樹(DBCLS)
  • Andrea Ghelfi (KDRI)
  • 三橋信孝(NBDC) 25日のみ
  • 豊岡理人(NBDC) 25日午後
  • 佐藤大輔 (Lifematics)
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