SPARQLthon80

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==== 継続中 ====
==== 継続中 ====
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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** ヒトマイクロバイオームデータのRDFスキーマのプロジェクト間共通化の話し合い
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***ヒトコホートメタデータと系統組成データ
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** MicrobeDB.jpデータ更新のためのサンプル情報JSON/RDFデータモデル再設計
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*** RDF vs JSON-LD の対応を確認し、太田さんモデルで表現されていない部分の確認
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*** ヒトマイクロバイオームデータを考慮したRDFにするための項目
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**** HostとHuman Subjectと等価で表現できるよ良い
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**** メタ16S解析データと配列などのPrimarySourceの表現が必要
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**** ワークフロープロトコルの記述方法
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
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*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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** jPOST - ChIP-Atlas 連携(守屋、大田)
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*** 大田さんがとうとう作業を開始!
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* NIBIOHNの薬物動態DB:[https://drumap.nibiohn.go.jp/ DruMAP] (Drug Metabolism and pharmacokinetics Analysis Platform)のRDF化(樋口、川島(NIBIOHN)、山田、畠中、櫛田)
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各種の公共DBの化合物構造情報の間には、一致しない情報がかなりある。この原因の一つとして、不斉炭素を2つ以上含むラセミ体の化合物が通常の化合物表記法でうまく表せないことがある。対応を協議し、各機関に問題提起や提案を行っていくこととした。
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今回のRDF化の作業範囲を確認した。それに基づき各predicateのURI決定作業を進めた。URI決定方針は定まったので、職場にてRDF化の作業を継続し、国内版バイオハッカソンでのプロトタイプ評価を目指す。
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* [http://sparql-support.dbcls.jp/sparqlist-support.html SPARQList support]:山田一作さんのリクエスト対応(パラメータでクエリ文を渡す。未定義変数を呼んだら警告)(守屋)
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* E-zyme 3 打ち合わせ(守屋、山田拓司)
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** KEGG Reaction -> Rhea の可能性
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* NIBIOHNの[https://ddrare.nibiohn.go.jp/ DDrare]から得られる331指定難病の英和対訳情報のWikidataへの投稿。キュレーションのされた日本語の疾患名を広く再利用な形で公開して広く関連情報の利用につなげる。オンライン照合ツール[https://tools.wmflabs.org/mix-n-match/#/catalog/2432 Mix'n'match]を利用して、エントリーが無いものを優先して登録。(山本)
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* スケーラブルなRDF検索サービス[http://search.datao.net/ search.datao.net]に[http://yummydata.org/ Umaka-Yummy Data]で情報取得対象としているエンドポイントのデータをロードしていただく。不具合の報告などのやり取りを続ける。(山本)
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* [https://scratch.mit.edu/ Scratch]ライクなSPARQLクエリ編集エディタ[https://github.com/miguel76/SparqlBlocks SparqlBlocks]をお試し。(山本)
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* 業界ニュース(山本)
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** [https://www.wikidata.org/ Wikidata]で[https://www.wikidata.org/wiki/Q29377880 Shape Expression]対応開始(5/28~)
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*** [https://lists.wikimedia.org/pipermail/wikidata/2019-May/013058.html 告知ページ]
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*** [https://wikidata-shex.wmflabs.org/wiki/EntitySchema:E2 例:疾患]
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** [https://www.wolfram.com/language/ Wolfram言語]でも[https://www.wolfram.com/language/12/rdf-and-sparql/ SPARQL/RDF]の処理が利用可能に。
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* [https://docs.google.com/document/d/1DZridLUJqy2QgwUcoPZvvdL5Uw0-4CtQKI_RkTF8yrk A list of graph databases]
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 7/8-12 国内版 [[BH19.7]] @ 指宿
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** 参加登録受付中(6/6 〆切)
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* 9/1-7 国際版 [http://2019.biohackathon.org/ BioHackathon2019] @ 福岡
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** 6/1 参加登録開始予定
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* 10/5 トーゴーの日2019
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 池田秀也 (DBCLS)
* 池田秀也 (DBCLS)
* 八谷剛史 (GAJ)(23日午後のみ)
* 八谷剛史 (GAJ)(23日午後のみ)
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* 佐藤大輔 (Lifematics)
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* 森宙史(遺伝研)
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* 永野朗夫(PENQE)
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* 平原麗夏(PENQE)初日のみ
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* 浅野由衣(PENQE)
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* 櫛田達矢(NBDC)
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* 建石由佳(NBDC)(23日全日、24日14時半ごろまで)
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* 多湖真一郎(富士通研)(23午後から or 24のみ)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 横井翔(農研機構)(23日のみ)
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* 大石直哉 (dogrun)
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* 高月照江(DBCLS)
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* 五斗進(DBCLS)
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* 大田達郎(DBCLS)(23日午後から, 24日16時まで)
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* 鐘ケ江弘美 (農研機構)
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* 鎌田真由美(京都大学)
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* 藤野 健(東京大学・新領域創成科学研究科)
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* 千葉啓和 (DBCLS)
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* 川本祥子 (遺伝研・DBCLS)(24日のみ)
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* 山本泰智 (DBCLS)
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* 山田一作(野口研究所)(23日のみ)
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* 山田拓司(東工大)(24日のみ)
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* 中川善一(東工大)(24日のみ)
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* 守屋勇樹(DBCLS)
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* 中津井雅彦(京都大学)(23日午後のみ)
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* 平川英樹(かずさ)(23日のみ)
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* 桂樹哲雄(農研機構)
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* 櫻井望(遺伝研)(23日のみ)
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* 畠中秀樹(DBCLS)
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* 山中遼太(Oracle)
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* 三橋信孝(NBDC)(23日のみ)
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* 藤原豊史(DBCLS)
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* 樋口千洋(NIBIOHN)
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* 川島 和(NIBIOHN)
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* Andrea Ghelfi (KDRI 23日のみ)

2019年6月24日 (月) 08:20時点における最新版

第80回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

  • データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
    • ヒトマイクロバイオームデータのRDFスキーマのプロジェクト間共通化の話し合い
      • ヒトコホートメタデータと系統組成データ
    • MicrobeDB.jpデータ更新のためのサンプル情報JSON/RDFデータモデル再設計
      • RDF vs JSON-LD の対応を確認し、太田さんモデルで表現されていない部分の確認
      • ヒトマイクロバイオームデータを考慮したRDFにするための項目
        • HostとHuman Subjectと等価で表現できるよ良い
        • メタ16S解析データと配列などのPrimarySourceの表現が必要
        • ワークフロープロトコルの記述方法

終了

SPARQLthon グループ

  • NIBIOHNの薬物動態DB:DruMAP (Drug Metabolism and pharmacokinetics Analysis Platform)のRDF化(樋口、川島(NIBIOHN)、山田、畠中、櫛田)

各種の公共DBの化合物構造情報の間には、一致しない情報がかなりある。この原因の一つとして、不斉炭素を2つ以上含むラセミ体の化合物が通常の化合物表記法でうまく表せないことがある。対応を協議し、各機関に問題提起や提案を行っていくこととした。

今回のRDF化の作業範囲を確認した。それに基づき各predicateのURI決定作業を進めた。URI決定方針は定まったので、職場にてRDF化の作業を継続し、国内版バイオハッカソンでのプロトタイプ評価を目指す。

  • SPARQList support:山田一作さんのリクエスト対応(パラメータでクエリ文を渡す。未定義変数を呼んだら警告)(守屋)
  • E-zyme 3 打ち合わせ(守屋、山田拓司)
    • KEGG Reaction -> Rhea の可能性
  • NIBIOHNのDDrareから得られる331指定難病の英和対訳情報のWikidataへの投稿。キュレーションのされた日本語の疾患名を広く再利用な形で公開して広く関連情報の利用につなげる。オンライン照合ツールMix'n'matchを利用して、エントリーが無いものを優先して登録。(山本)
  • スケーラブルなRDF検索サービスsearch.datao.netUmaka-Yummy Dataで情報取得対象としているエンドポイントのデータをロードしていただく。不具合の報告などのやり取りを続ける。(山本)

今後の予定

  • 7/8-12 国内版 BH19.7 @ 指宿
    • 参加登録受付中(6/6 〆切)
  • 9/1-7 国際版 BioHackathon2019 @ 福岡
    • 6/1 参加登録開始予定
  • 10/5 トーゴーの日2019

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 岡本忍(DBCLS)(24日のみ)
  • 岡別府陽子(OKBP)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 八谷剛史 (GAJ)(23日午後のみ)
  • 佐藤大輔 (Lifematics)
  • 森宙史(遺伝研)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 平原麗夏(PENQE)初日のみ
  • 浅野由衣(PENQE)
  • 櫛田達矢(NBDC)
  • 建石由佳(NBDC)(23日全日、24日14時半ごろまで)
  • 多湖真一郎(富士通研)(23午後から or 24のみ)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 横井翔(農研機構)(23日のみ)
  • 大石直哉 (dogrun)
  • 高月照江(DBCLS)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 大田達郎(DBCLS)(23日午後から, 24日16時まで)
  • 鐘ケ江弘美 (農研機構)
  • 鎌田真由美(京都大学)
  • 藤野 健(東京大学・新領域創成科学研究科)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 川本祥子 (遺伝研・DBCLS)(24日のみ)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)(23日のみ)
  • 山田拓司(東工大)(24日のみ)
  • 中川善一(東工大)(24日のみ)
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 中津井雅彦(京都大学)(23日午後のみ)
  • 平川英樹(かずさ)(23日のみ)
  • 桂樹哲雄(農研機構)
  • 櫻井望(遺伝研)(23日のみ)
  • 畠中秀樹(DBCLS)
  • 山中遼太(Oracle)
  • 三橋信孝(NBDC)(23日のみ)
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 樋口千洋(NIBIOHN)
  • 川島 和(NIBIOHN)
  • Andrea Ghelfi (KDRI 23日のみ)
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