SPARQLthon79

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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** WURCSから、糖鎖構造のイメージのRDF化するバッチの開発。base64の文字列を、sparqletでエンドポイントにロード。(青木・新町)
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*** http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQList/glyco
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
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*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/1010276 プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化](石濱)- https://jpostdb.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/1010276 プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化](石濱)- https://jpostdb.org/
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** ChIP-Atlas 連携:jPOST の変動解析から ChIP-Atlas の Enrichemnt 解析につなげる。jPOST 側対応完了(守屋)。ChIP-Atlas 側対応待ち(大田)
==== 終了 ====
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=== SIPグループ ===
=== SIPグループ ===
* [[SIP|CultureCollectionRDF]] (川島)
* [[SIP|CultureCollectionRDF]] (川島)
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* カイコRefEx(坊農、横井)
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*  菌株(NBRC/JCM)RDFのスキーマ調整(川島、高月、市川、波平、岡別府)
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* TOGOVar Rice (仮) (川島、川本、畠中、岡別府、鐘ケ江、稲富、桂樹)
=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* KEGG OC、UniProt 経由で類似配列のアノテーションをまとめて取ってくる(守屋)
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** virtuoso の property path バグに悩ませられる -> [https://is.gd/VdK6lG 例]
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* TogoID https://togoid.dbcls.jp/
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* 技術動向ニュース(山本)
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** 日本では知名度がそれほど高くない[https://www.ebay.co.jp/ eBay]の開発するトリプルストア、[https://github.com/eBay/beam Beam]。現時点でのSPARQL対応は限定的とのこと。
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** SPARQL 1.2 に向けた[https://github.com/w3c/sparql-12/issues 議論の場]が開設された。何かと話題になるフリーテキスト検索機能については[https://github.com/w3c/sparql-12/issues/40 こちら]。
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 7/7-12 国内版バイオハッカソン [[BH19.7]]
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** 5/7-8 BH19.7会場打ち合わせ
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* 9/1-9/7 国際版BioHackathon BH19
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** 4/25-26 BH19会場打ち合わせ
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* 11/18-22 2nd [https://biohackathon-europe.org/ ELIXIR BioHackathon]
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** 5/1 notification / registration open
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 浅野由衣 (PENQE) 初日のみ
* 浅野由衣 (PENQE) 初日のみ
* 吉沢明康 (京都大学)
* 吉沢明康 (京都大学)
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* 山田一作 (公益財団法人野口研究所) <s>初日:10:30まで、</s>二日目:終日
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* 山田一作 (公益財団法人野口研究所) <s>初日:10:30まで、</s>二日目:終日 11時頃〜
* 岡別府陽子 (OKBP)
* 岡別府陽子 (OKBP)
* 藤原豊史 (DBCLS)
* 藤原豊史 (DBCLS)
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* 高月照江(DBCLS)
* 高月照江(DBCLS)
* 畠中秀樹(DBCLS)
* 畠中秀樹(DBCLS)
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* 山本泰智(DBCLS)リモート
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* 山本泰智(DBCLS)22日リモート
* 大石直哉(DOGRUN)
* 大石直哉(DOGRUN)
* 建石由佳(NBDC)22日のみ
* 建石由佳(NBDC)22日のみ

2019年4月23日 (火) 09:27時点における最新版

第79回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SIPグループ

  • CultureCollectionRDF (川島)
  • カイコRefEx(坊農、横井)
  • 菌株(NBRC/JCM)RDFのスキーマ調整(川島、高月、市川、波平、岡別府)
  • TOGOVar Rice (仮) (川島、川本、畠中、岡別府、鐘ケ江、稲富、桂樹)

SPARQLthon グループ

  • KEGG OC、UniProt 経由で類似配列のアノテーションをまとめて取ってくる(守屋)
    • virtuoso の property path バグに悩ませられる ->
  • 技術動向ニュース(山本)
    • 日本では知名度がそれほど高くないeBayの開発するトリプルストア、Beam。現時点でのSPARQL対応は限定的とのこと。
    • SPARQL 1.2 に向けた議論の場が開設された。何かと話題になるフリーテキスト検索機能についてはこちら

今後の予定

  • 7/7-12 国内版バイオハッカソン BH19.7
    • 5/7-8 BH19.7会場打ち合わせ
  • 9/1-9/7 国際版BioHackathon BH19
    • 4/25-26 BH19会場打ち合わせ
  • 11/18-22 2nd ELIXIR BioHackathon
    • 5/1 notification / registration open

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 平原麗夏 (PENQE) 初日のみ
  • 浅野由衣 (PENQE) 初日のみ
  • 吉沢明康 (京都大学)
  • 山田一作 (公益財団法人野口研究所) 初日:10:30まで、二日目:終日 11時頃〜
  • 岡別府陽子 (OKBP)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 多湖真一郎 (富士通研) 22日のみ
  • 横井翔 (農研機構)
  • 市原寿子 (大阪大学) 22日のみ
  • 沖 真弥 (九州大学)
  • 鐘ケ江弘美 (農研機構)
  • 稲富素子 (農研機構)
  • 桂樹哲雄 (農研機構) 初日:終日、二日目:14時過ぎから
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS) 22日のみ
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 五斗進 (DBCLS) 22日は14時頃まで
  • Andrea Ghelfi (かずさDNA研) 23日のみ
  • 川本祥子 (DBCLS/NIG) 23日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研)22日のみ
  • 新町大輔 (SparqLite) 23日のみ
  • 青木信行 (SparqLite) 23日のみ
  • 高月照江(DBCLS)
  • 畠中秀樹(DBCLS)
  • 山本泰智(DBCLS)22日リモート
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 建石由佳(NBDC)22日のみ
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 平川英樹(かずさ)23日のみ
  • 佐藤大輔(Lifematics)
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