SPARQLthon78

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*** ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
*** ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
*** 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
*** 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
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*** ホテルジーハイブ https://gee-haive.jp 南口。新しい
=== スケジュール ===
=== スケジュール ===
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==== 継続中 ====
==== 継続中 ====
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/MicrobeDB.jp%E3%83%9D%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%AB%E9%96%8B%E7%99%BA#SPARQLthon70 メタゲノム関連のBioSampleメタデータの整理] (森, 藤澤, 岡別府)
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** 公開済みのヒトメタゲノム解析データに付随するメタデータのマニュアルキュレーション結果の整理(森、山田、中川)続きは5月のSPARQLthonで
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** BioSampleメタデータから国名および関連情報のキュレーション、まずは属性geo_loc_nameを利用してOpenRefineでバリデーション、キュレーションを試行(ユニーク値15147件中14262済, 残り885)、Wikidata Reconciliation Service API利用(藤澤)
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** メタゲノムのBioSampleメタデータについてMEOでオートアノテーションした結果の間違い辞書作り(森、岡別府)
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** DFAST-MBGD連携のための話し合い(内山、西出、谷澤、森)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
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** LOD Surfer API -> Protein Alignment Annotation (山口)
 
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** Class間Pathの選択と蓄積を現在手作業で行なっているので,  Class間Pathキュレーションとその保存に向けたRDF構造設計とアプリケーション作成中.アプリはまだ出来てないので今後の課題.
 
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
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* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
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** MassBankとリポジトリ構築の年間計画 (有田, 櫻井, 興津, 諏訪, 小林)
 
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** 植物メタボロミクスのメタデータ RDFグラフの検討 (櫻井, 福島, 時松, 小林, 荒)
 
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** Virtuosoのインストール (小林)
 
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** MassBank, Shokuhin-metabolome database (Kazusa), NCBI-Taxonomy, KNApSAcKを利用した、メタボロームデータの進化学的解析手法の開発 (川島武)
 
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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** jPOSTdb 論文書いたり、Figure 作ったり (守屋、五斗)
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** [https://db-dev.jpostdb.org/db-test/ jPOSTdb] インターフェースリニューアル中(田中、守屋、吉沢、五斗)
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** 今日届いたデータに対応するためのスキーマ変更案
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*** peptide の下に peptide-spectrum match (PSM) があったが、peptide の下に同じ PTM, charge を持つ 'PSM group' 的なものが来て、その下に PSM が来る。でも SPARQL 書き直したくないので、今のスキーマにエッジを増やすことで対応
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==== 終了 ====
==== 終了 ====
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon78/SPARQLtemplate テンプレートに関する調査] (千葉、松本)
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* TogoGenome/TogoStanza の全SPARQL集 http://togostanza.org/sparqlist/ (岡別府)
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** → http://dev.togogenome.org/api.html こんな感じで公開しておく? (片山)
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** TogoStanza(えにしテック、守屋、川島、片山)
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*** https://github.com/togostanza/ts でWebComponents非対応だったIE11にも対応
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* SPARQList(えにしテック、守屋、川島、片山)
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** https://github.com/dbcls/sparqlist でプロファイリング(各ステップの実行時間など)、SPARQLエンドポイントの変数化、パラメータを変えたときの実行結果をStanzaをエンベッドして表示する機能を追加
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* SPARQL-proxy(えにしテック、守屋、川島、片山)
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** https://github.com/dbcls/sparql-proxy Service Descriptionを返す機能、トリプルストア固有のクエリも素通しして実行できるオプション、検索結果のURIをDESCRIBEする機能、SPARQL-supportの取り込みを追加
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* TogoID (佐藤・永野・川島・小野・片山)
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** TogoGenomeのID converter, resolver の機能をこちらに移設し、IDおよびIDのリストを入力することで変換後のIDから利用できるDBCLSおよび外部のアプリケーションと連携する機能を追加
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* TogoDB (西澤、永野、片山)
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** D2RQ Mapperのトリプル設定機能の取り込み、デフォルトデザインをマシに、画像など静的ファイルをアップロードしてホスティングする機能を追加
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* D2RQ Mapper (西澤、永野、片山、山本、横山)
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** 複数テーブルをまたぐトリプルのGUIによる設定を可能にするUIの高度化
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon78/togovar TogoVar] (川島)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 国内版BH日程・場所調整 https://densuke.biz/list?cd=BSqYanUBwyD5sxRv
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* ELIXIR BH プロポーザル https://biohackathon-europe.org/
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 川島秀一 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
* 吉沢明康 (京都大学)
* 吉沢明康 (京都大学)
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* 小野浩雅(DBCLS)
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* 坊農秀雅(DBCLS)
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* 仲里猛留(DBCLS)
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* 内藤雄樹(DBCLS)
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* 大田達郎(DBCLS)
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* 千葉啓和(DBCLS)
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* 守屋勇樹 (DBCLS)
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* 岡別府陽子(MSS) 29日は14時まで
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* 五斗進(DBCLS)28日のみ
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* 鎌田真由美(京都大学)29日のみ
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* 多湖真一郎(富士通研)
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* 沖 真弥(九州大学)
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* 永野朗夫(PENQE)29日は昼過ぎまで
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* 森宙史(遺伝研)
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* 佐藤大輔 (Lifematics)
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* 松本翔太 (Lifematics)
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* 中村保一(遺伝研)
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* 内山郁夫(基生研)
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* 西出浩代(基生研)

2019年7月26日 (金) 03:50時点における最新版

第78回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2019年 3月 28(木)- 29日(金)
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • ホテルについて

スケジュール

  • 3/28 (木)
    • 10:00-17:00 開発
    • 17:00- ラップアップ
    • 18:30- 懇親会 (希望者)
    • 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
  • 3/29 (金)
    • 10:00-17:00 開発
    • 17:00-18:00 ラップアップ
    • 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • テンプレートに関する調査 (千葉、松本)
  • TogoGenome/TogoStanza の全SPARQL集 http://togostanza.org/sparqlist/ (岡別府)
  • SPARQList(えにしテック、守屋、川島、片山)
    • https://github.com/dbcls/sparqlist でプロファイリング(各ステップの実行時間など)、SPARQLエンドポイントの変数化、パラメータを変えたときの実行結果をStanzaをエンベッドして表示する機能を追加
  • SPARQL-proxy(えにしテック、守屋、川島、片山)
    • https://github.com/dbcls/sparql-proxy Service Descriptionを返す機能、トリプルストア固有のクエリも素通しして実行できるオプション、検索結果のURIをDESCRIBEする機能、SPARQL-supportの取り込みを追加
  • TogoID (佐藤・永野・川島・小野・片山)
    • TogoGenomeのID converter, resolver の機能をこちらに移設し、IDおよびIDのリストを入力することで変換後のIDから利用できるDBCLSおよび外部のアプリケーションと連携する機能を追加
  • TogoDB (西澤、永野、片山)
    • D2RQ Mapperのトリプル設定機能の取り込み、デフォルトデザインをマシに、画像など静的ファイルをアップロードしてホスティングする機能を追加
  • D2RQ Mapper (西澤、永野、片山、山本、横山)
    • 複数テーブルをまたぐトリプルのGUIによる設定を可能にするUIの高度化
  • TogoVar (川島)

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 吉沢明康 (京都大学)
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 坊農秀雅(DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 内藤雄樹(DBCLS)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS) 29日は14時まで
  • 五斗進(DBCLS)28日のみ
  • 鎌田真由美(京都大学)29日のみ
  • 多湖真一郎(富士通研)
  • 沖 真弥(九州大学)
  • 永野朗夫(PENQE)29日は昼過ぎまで
  • 森宙史(遺伝研)
  • 佐藤大輔 (Lifematics)
  • 松本翔太 (Lifematics)
  • 中村保一(遺伝研)
  • 内山郁夫(基生研)
  • 西出浩代(基生研)
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