SPARQLthon74

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==== 継続中 ====
==== 継続中 ====
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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** メタゲノム解析レコードのサンプル単位および環境(MEO)単位での統計データRDFの検討(藤澤、岡別府)
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** MBGD 2018_01版のRDFからゲノムおよび配列一覧を確認する【Todo】
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** WURCSFrameworkの改良(三浦)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
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** TogoVar との連携を検討(沖・大田・三橋・豊岡・川嶋・川島・片山)
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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** プロテオゲノミクス対応(守屋)
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*** ミューテーションの入ったペプチドのRDFスキーマ考案、RDF化スクリプト作成
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*** [https://db-dev.jpostdb.org/db-copy/protein?id=O75143 可視化テスト](Protein browser のプルダウンメニュー -> "Sequence variant")
==== 終了 ====
==== 終了 ====
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* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* [https://github.com/elixir-europe/BioHackathon/tree/master/_reports The 1st EU ELIXIR BioHackathon 2018 in Paris]の復習(千葉)
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** [http://semlab1.liacs.nl:8080/fair-data-demo/ FAIR Data Demonstrator]等
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* TogoGenome
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** GoogleMapの使用をやめOpenStreetMapに変更
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** SPARQListを使用してStanzaを改変(開始)
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* Med2RDF
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** HGNCパーサを更新して別名を拾うようにした(片山)
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** 新版 ClinVar RDF の SPARQList を作成(佐藤)
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** 文献からの知識抽出の RDF モデル検討(阿部・多胡)
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* [http://2018.biohackathon.org/ BH18] のポスター作成(浅野・片山)
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* 紹介:国立国会図書館 [https://id.ndl.go.jp/auth/ndla Web NDL Authorities] SPARQL endpoint β版の公開
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** [http://id.ndl.go.jp/information/sparql-11/ SPARQL 1.1]
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** [http://id.ndl.go.jp/auth/ndla/sparql SPARQLエンドポイント]
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** [http://id.ndl.go.jp/information/wp-content/uploads/2018/05/api-spec.pdf Web NDL Authorities SPARQL API仕様書]
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* 12/1 [https://pgx.connpass.com/event/107567/ グラフデータベース入門ワークショップ] (山中)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 山本泰智 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
* 岡別府陽子(MSS)
* 岡別府陽子(MSS)
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* 大石直哉(DOGRUN)
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* 坊農秀雅 (DBCLS) (20日のみ)
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* 仲里猛留(DBCLS)
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* 五斗進(DBCLS)
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* 永野朗夫(PENQE)
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* 平原麗夏(PENQE)
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* 浅野由衣(PENQE)
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* 古崎晃司(大阪大学)(19日のみ)
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* 建石由佳 (NBDC)(20日16時ごろまで)
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* 三浦信明(野口研)(20日のみ)
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* 小野浩雅(DBCLS)
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* 大田達郎(DBCLS)
 +
* 内藤雄樹(DBCLS)
 +
* 池田秀也(DBCLS)
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* 佐藤大輔(Lifematics)
 +
* 多湖真一郎(富士通研)(19日のみ)
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* 阿部修也(富士通研)(19日のみ)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
 +
* 田中聡 (Trans-IT) (20日 13時まで)
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* 守屋勇樹 (DBCLS)
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* 山田一作(野口研究所)19日-11:00, 20日
 +
* 千葉啓和 (DBCLS)
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* 畠中秀樹 (NBDC)(19日のみ)
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* 山口敦子 (DBCLS)
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* 藤原豊史 (DBCLS)
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* 櫛田達矢 (NBDC)19日のみ

2018年11月20日 (火) 09:48時点における最新版

第74回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 坊農秀雅 (DBCLS) (20日のみ)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 平原麗夏(PENQE)
  • 浅野由衣(PENQE)
  • 古崎晃司(大阪大学)(19日のみ)
  • 建石由佳 (NBDC)(20日16時ごろまで)
  • 三浦信明(野口研)(20日のみ)
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 内藤雄樹(DBCLS)
  • 池田秀也(DBCLS)
  • 佐藤大輔(Lifematics)
  • 多湖真一郎(富士通研)(19日のみ)
  • 阿部修也(富士通研)(19日のみ)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 田中聡 (Trans-IT) (20日 13時まで)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)19日-11:00, 20日
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 畠中秀樹 (NBDC)(19日のみ)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 櫛田達矢 (NBDC)19日のみ
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