SPARQLthon74
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(ページの作成:「第74回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。 == 開催概要 == * 開催期間:2018年 11月 19(月)- 20日(火) * 開催場所:...」) |
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/ | ||
+ | ** メタゲノム解析レコードのサンプル単位および環境(MEO)単位での統計データRDFの検討(藤澤、岡別府) | ||
+ | ** MBGD 2018_01版のRDFからゲノムおよび配列一覧を確認する【Todo】 | ||
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下) | * [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下) | ||
+ | ** WURCSFrameworkの改良(三浦) | ||
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/ | ||
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/ | ||
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/ | ||
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/ | ||
+ | ** TogoVar との連携を検討(沖・大田・三橋・豊岡・川嶋・川島・片山) | ||
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/ | ||
* 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/ | * 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/ | ||
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/ | * プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/ | ||
+ | ** プロテオゲノミクス対応(守屋) | ||
+ | *** ミューテーションの入ったペプチドのRDFスキーマ考案、RDF化スクリプト作成 | ||
+ | *** [https://db-dev.jpostdb.org/db-copy/protein?id=O75143 可視化テスト](Protein browser のプルダウンメニュー -> "Sequence variant") | ||
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* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪) | * [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪) | ||
=== SPARQLthon グループ === | === SPARQLthon グループ === | ||
+ | * [https://github.com/elixir-europe/BioHackathon/tree/master/_reports The 1st EU ELIXIR BioHackathon 2018 in Paris]の復習(千葉) | ||
+ | ** [http://semlab1.liacs.nl:8080/fair-data-demo/ FAIR Data Demonstrator]等 | ||
+ | * TogoGenome | ||
+ | ** GoogleMapの使用をやめOpenStreetMapに変更 | ||
+ | ** SPARQListを使用してStanzaを改変(開始) | ||
+ | * Med2RDF | ||
+ | ** HGNCパーサを更新して別名を拾うようにした(片山) | ||
+ | ** 新版 ClinVar RDF の SPARQList を作成(佐藤) | ||
+ | ** 文献からの知識抽出の RDF モデル検討(阿部・多胡) | ||
+ | * [http://2018.biohackathon.org/ BH18] のポスター作成(浅野・片山) | ||
+ | * 紹介:国立国会図書館 [https://id.ndl.go.jp/auth/ndla Web NDL Authorities] SPARQL endpoint β版の公開 | ||
+ | ** [http://id.ndl.go.jp/information/sparql-11/ SPARQL 1.1] | ||
+ | ** [http://id.ndl.go.jp/auth/ndla/sparql SPARQLエンドポイント] | ||
+ | ** [http://id.ndl.go.jp/information/wp-content/uploads/2018/05/api-spec.pdf Web NDL Authorities SPARQL API仕様書] | ||
+ | * 12/1 [https://pgx.connpass.com/event/107567/ グラフデータベース入門ワークショップ] (山中) | ||
=== 今後の予定 === | === 今後の予定 === | ||
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* 片山俊明 (DBCLS) | * 片山俊明 (DBCLS) | ||
* 川島秀一 (DBCLS) | * 川島秀一 (DBCLS) | ||
+ | * 山本泰智 (DBCLS) | ||
+ | * 岡別府陽子(MSS) | ||
+ | * 大石直哉(DOGRUN) | ||
+ | * 坊農秀雅 (DBCLS) (20日のみ) | ||
+ | * 仲里猛留(DBCLS) | ||
+ | * 五斗進(DBCLS) | ||
+ | * 永野朗夫(PENQE) | ||
+ | * 平原麗夏(PENQE) | ||
+ | * 浅野由衣(PENQE) | ||
+ | * 古崎晃司(大阪大学)(19日のみ) | ||
+ | * 建石由佳 (NBDC)(20日16時ごろまで) | ||
+ | * 三浦信明(野口研)(20日のみ) | ||
+ | * 小野浩雅(DBCLS) | ||
+ | * 大田達郎(DBCLS) | ||
+ | * 内藤雄樹(DBCLS) | ||
+ | * 池田秀也(DBCLS) | ||
+ | * 佐藤大輔(Lifematics) | ||
+ | * 多湖真一郎(富士通研)(19日のみ) | ||
+ | * 阿部修也(富士通研)(19日のみ) | ||
+ | * 藤澤貴智(遺伝研) | ||
+ | * 田中聡 (Trans-IT) (20日 13時まで) | ||
+ | * 守屋勇樹 (DBCLS) | ||
+ | * 山田一作(野口研究所)19日-11:00, 20日 | ||
+ | * 千葉啓和 (DBCLS) | ||
+ | * 畠中秀樹 (NBDC)(19日のみ) | ||
+ | * 山口敦子 (DBCLS) | ||
+ | * 藤原豊史 (DBCLS) | ||
+ | * 櫛田達矢 (NBDC)19日のみ |
2018年11月20日 (火) 09:48時点における最新版
第74回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2018年 11月 19(月)- 20日(火)
- 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- メタゲノム解析レコードのサンプル単位および環境(MEO)単位での統計データRDFの検討(藤澤、岡別府)
- MBGD 2018_01版のRDFからゲノムおよび配列一覧を確認する【Todo】
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- WURCSFrameworkの改良(三浦)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- TogoVar との連携を検討(沖・大田・三橋・豊岡・川嶋・川島・片山)
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
- プロテオゲノミクス対応(守屋)
- ミューテーションの入ったペプチドのRDFスキーマ考案、RDF化スクリプト作成
- 可視化テスト(Protein browser のプルダウンメニュー -> "Sequence variant")
- プロテオゲノミクス対応(守屋)
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース:jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- The 1st EU ELIXIR BioHackathon 2018 in Parisの復習(千葉)
- TogoGenome
- GoogleMapの使用をやめOpenStreetMapに変更
- SPARQListを使用してStanzaを改変(開始)
- Med2RDF
- HGNCパーサを更新して別名を拾うようにした(片山)
- 新版 ClinVar RDF の SPARQList を作成(佐藤)
- 文献からの知識抽出の RDF モデル検討(阿部・多胡)
- BH18 のポスター作成(浅野・片山)
- 紹介:国立国会図書館 Web NDL Authorities SPARQL endpoint β版の公開
- 12/1 グラフデータベース入門ワークショップ (山中)
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 岡別府陽子(MSS)
- 大石直哉(DOGRUN)
- 坊農秀雅 (DBCLS) (20日のみ)
- 仲里猛留(DBCLS)
- 五斗進(DBCLS)
- 永野朗夫(PENQE)
- 平原麗夏(PENQE)
- 浅野由衣(PENQE)
- 古崎晃司(大阪大学)(19日のみ)
- 建石由佳 (NBDC)(20日16時ごろまで)
- 三浦信明(野口研)(20日のみ)
- 小野浩雅(DBCLS)
- 大田達郎(DBCLS)
- 内藤雄樹(DBCLS)
- 池田秀也(DBCLS)
- 佐藤大輔(Lifematics)
- 多湖真一郎(富士通研)(19日のみ)
- 阿部修也(富士通研)(19日のみ)
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 田中聡 (Trans-IT) (20日 13時まで)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 山田一作(野口研究所)19日-11:00, 20日
- 千葉啓和 (DBCLS)
- 畠中秀樹 (NBDC)(19日のみ)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 櫛田達矢 (NBDC)19日のみ