SPARQLthon73

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* 開催期間:2018年 10月 29(月)- 30日(火)
* 開催期間:2018年 10月 29(月)- 30日(火)
* 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
* 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
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* アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
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* アクセス
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** 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
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** 遺伝研までのアクセス: https://www.nig.ac.jp/nig/ja/about-nig/access_ja
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** [http://charles.genes.nig.ac.jp/access/tokyo-mishima-nig/ 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報]
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** 三島駅 => 遺伝研のバス時刻表: https://www.nig.ac.jp/nig/pdf/access/busJ-misima.pdf
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** 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
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** 遺伝研 => 三島駅のバス時刻表: https://www.nig.ac.jp/nig/pdf/access/busJ-NIG.pdf
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*** 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
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** DBCLSのある建物: http://dbcls.rois.ac.jp/access
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*** 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
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** Tips
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*** 遺伝研行きのシャトルバスの乗り口は北口を出てロータリー向かって左手です。
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*** 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
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**** 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
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**** 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
* お昼について
* お昼について
** 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
** 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
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==== 継続中 ====
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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** MicrobeDB.jp ver. 3更新に向けての作業整理(森・藤澤・岡別府・内山)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
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* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
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** KEGG DISEASE の RDF 化と[https://tinyurl.com/yd7exzkj スキーマ図]作成(五斗)
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
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** [http://metabolites.in/foods 食品メタボロームレポジトリ]のメタデータ整理をした(櫻井)
* [https://research-er.jp/projects/view/1010276 プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化](石濱)- https://jpostdb.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/1010276 プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化](石濱)- https://jpostdb.org/
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** データ更新。81 -> 103 dataset
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* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* [https://yummydata.org/ YummyData] 安定化に向けた対応。(佐藤、山本)
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* [https://togoannotator.dbcls.jp/ TogoAnnotator] 検索高速化とアノテーターヒアリング作業。(藤澤、山本)
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* [http://first.lifesciencedb.jp/ 新着論文レビュー] 関連情報リンク追加について今後の対応を確認。(小野、建石、大石、山本)
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* [https://github.com/LODSurfer/lodsurfer-metadata/wiki LOD Surfer Metadata] に関するSWAT4HCLSでのポスター関連会議。(小林、山本)
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* [https://togovar.biosciencedbc.jp/] TogoVar(三橋・豊岡) - https://togovar.biosciencedbc.jp/
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** 遺伝子ビューのアイデア出し(日本人特異的バリアントの表示)、疾患ビューのアイデア出し(疾患のツリー表示、MedgenのDocker化)
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* Med2RDF (片山・鎌田・多胡・川島)
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** med2rdf.org におけるMed2RDF 共通バリアント情報スキーマのドキュメント化 (Genopackets?)
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** MGeND <-> TogoVar (<-> JVar) でのデータ交換と外部知識ベースとの連携に JSON-LD?
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*** GA4GH の Phenopackets など様々な標準化モデルをサーベイ
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** RDFによる医科学知識ベースの構築と活用、データサイエンティストのリクルート
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** Liftover 情報の RDF 化または API 化
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*** Med2RDF と Liftover の NBDC RDF ポータルでのホスティング
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 次回以降の参加登録をお願いいたします(1週間前くらいに参加人数を見て会議費を算定しています)
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 片山俊明 (DBCLS)
* 片山俊明 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
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* 山本泰智 (DBCLS)
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* 山本泰智 (DBCLS)30日昼まで
* 守屋勇樹 (DBCLS)
* 守屋勇樹 (DBCLS)
* 吉沢明康(京都大学)
* 吉沢明康(京都大学)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
* 藤澤貴智(遺伝研)
* 五斗進(DBCLS)
* 五斗進(DBCLS)
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* 大石直哉(DOGRUN)
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* 森宙史(遺伝研)
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* 岡別府陽子(MSS)
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* 永野朗夫(PENQE)
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* 平原麗夏(PENQE)
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* 三橋信孝(NBDC)29日のみ
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* 豊岡理人(NBDC)29日のみ
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* 佐藤大輔(ライフマティックス)
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* 多湖真一郎(富士通研)30日のみ
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* 田中聡 (Trans-IT)
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* 櫻井望(遺伝研)29日のみ
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* 鎌田真由美(京大)30日のみ
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* 建石由佳(NBDC)30日のみ
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* 内山郁夫(基生研) 30日夕方のみ

2018年10月30日 (火) 08:53時点における最新版

第73回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2018年 10月 29(月)- 30日(火)
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
  • アクセス
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • ホテルについて

スケジュール

  • 10/29 (月)
    • 10:00-17:00 開発
    • 17:00- ラップアップ
    • 18:30- 懇親会 (希望者)
    • 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
  • 10/30 (火)
    • 10:00-17:00 開発
    • 17:00-18:00 ラップアップ
    • 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • YummyData 安定化に向けた対応。(佐藤、山本)
  • TogoAnnotator 検索高速化とアノテーターヒアリング作業。(藤澤、山本)
  • 新着論文レビュー 関連情報リンク追加について今後の対応を確認。(小野、建石、大石、山本)
  • LOD Surfer Metadata に関するSWAT4HCLSでのポスター関連会議。(小林、山本)
  • [1] TogoVar(三橋・豊岡) - https://togovar.biosciencedbc.jp/
    • 遺伝子ビューのアイデア出し(日本人特異的バリアントの表示)、疾患ビューのアイデア出し(疾患のツリー表示、MedgenのDocker化)
  • Med2RDF (片山・鎌田・多胡・川島)
    • med2rdf.org におけるMed2RDF 共通バリアント情報スキーマのドキュメント化 (Genopackets?)
    • MGeND <-> TogoVar (<-> JVar) でのデータ交換と外部知識ベースとの連携に JSON-LD?
      • GA4GH の Phenopackets など様々な標準化モデルをサーベイ
    • RDFによる医科学知識ベースの構築と活用、データサイエンティストのリクルート
    • Liftover 情報の RDF 化または API 化
      • Med2RDF と Liftover の NBDC RDF ポータルでのホスティング

今後の予定

  • 次回以降の参加登録をお願いいたします(1週間前くらいに参加人数を見て会議費を算定しています)

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)30日昼まで
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 吉沢明康(京都大学)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 坊農秀雅(DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 内藤雄樹(DBCLS)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 森宙史(遺伝研)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 平原麗夏(PENQE)
  • 三橋信孝(NBDC)29日のみ
  • 豊岡理人(NBDC)29日のみ
  • 佐藤大輔(ライフマティックス)
  • 多湖真一郎(富士通研)30日のみ
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 櫻井望(遺伝研)29日のみ
  • 鎌田真由美(京大)30日のみ
  • 建石由佳(NBDC)30日のみ
  • 内山郁夫(基生研) 30日夕方のみ
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