SPARQLthon70

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** XML -> JSON -> データ変換のコードを自動生成
** XML -> JSON -> データ変換のコードを自動生成
*** ruby - active_supportのHash.from_xmlはelementのattributeを落としてしまう場合があり、別のxml parserを使って再度コードの生成中
*** ruby - active_supportのHash.from_xmlはelementのattributeを落としてしまう場合があり、別のxml parserを使って再度コードの生成中
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* D2RQ Mapper フロントエンド実装(永野)
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** トリプル描画ルーチンを再帰的に使えるように書き換え
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===

2018年7月27日 (金) 08:32時点における版

第70回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2018年 7月 26(木)- 27日(金)
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • ホテルについて

スケジュール

  • 7/26 (木)
    • 10:00-17:00 開発
    • 17:00- ラップアップ
    • 18:30- 懇親会 (希望者)
    • 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
  • 7/27 (金)
    • 10:00-17:00 開発
    • 17:00-18:00 ラップアップ
    • 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • IOBC(Interlinking Ontology for Biological Concepts)の利用例の検討(古崎,櫛田,山本,建石) 

  公開サイト https://bioportal.bioontology.org/ontologies/IOBC

  SPARQLエンドポイント http://lod.hozo.jp/repositories/IOBC

   サンプルクエリ1(RTを細分化)[1]        サンプルクエリ2(RTのみ)[2]     

  • 新着論文レビュー係り受けコーパス (山本、建石)
    • 追加分発注作業
    • 形態素見直し基準に関する疑問点の解消
      • 化合物名はひとまとまりにする (例: 27-ヒドロキシコレステロール)
      • 名詞は1段階細分する(サ変動詞になるか、形容動詞語幹になれるか、までは見る)
  • ClinVar RDF化(佐藤)
    • XML -> JSON -> データ変換のコードを自動生成
      • ruby - active_supportのHash.from_xmlはelementのattributeを落としてしまう場合があり、別のxml parserを使って再度コードの生成中
  • D2RQ Mapper フロントエンド実装(永野)
    • トリプル描画ルーチンを再帰的に使えるように書き換え

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 五斗進 (DBCLS) 26日のみ
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 山中遼太 (Oracle)
  • 小林紀郎 (RIKEN)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 大石直哉 (dogrun)
  • 櫛田達矢(NBDC)26日15時から
  • 古崎晃司(大阪大学)26日のみ
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 佐藤大輔(Lifematics)
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 永野朗夫(penqe)
  • 森宙史(遺伝研)
  • 福島敦史(RIKEN)27日のみ
  • 櫻井望(遺伝研)
  • 興津哲也(axiohelix)
  • 諏訪和大(liorect)
  • 建石由佳(NBDC)26日15時から
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 有田正規(遺伝研)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 望月孝子(遺伝研)
  • 川島武士 (遺伝研)
  • 荒武 (京都大学) 27日のみ
  • 時松敏明(DDBJ)
個人用ツール