SPARQLthon69

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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
**TotalGlycome Database: RDFレビューのお願い, 発現量などのテーブル表示の変更, グラフ表示に着手(三浦・山田)
**TotalGlycome Database: RDFレビューのお願い, 発現量などのテーブル表示の変更, グラフ表示に着手(三浦・山田)
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**SPARQListのお勉強(山田)
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*** endpointの指定には、Parametersを利用できない(現在の仕様 "message": "Only absolute URLs are supported" )
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/

2018年6月22日 (金) 08:32時点における版

第69回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • TogoGenome (片山・佐藤・岡別府)
    • JBrowse で exon-intron 構造が表示できなかった問題をfix
      • RefSeq or RDF からの GFF 作成 → RefSeq データ汚く破綻、BioPerlもダメ
      • SPARQL の超高速化と JBrowse コードの改造、無駄な stats を止める等
      • CDS/tRNA/rRNAトラック統合
      • TogoVar への適用
    • トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
    • 比較ゲノム機能のバグフィックス(SPARQL に不備があった)
      • RefSeq と UniProt の対応が idmapping から取れていないものが拾えない問題が懸案
    • CSV, JSON ダウンロード機能の Chrome 対応 https://qiita.com/ledsun/items/93b0965c9720e0baf81c
  • TogoVar(佐藤・片山・守屋)
    • JS 版スタンザでデフォルトの jQuery, CSS を消去したため、webcomponents.js をアプリ側で読み込まないと Safari/Firefox でスタンザが表示できない問題
  • TogoIdentifier 計画(小野・片山・佐藤)
    • TogoGenome の ID converter/resolver を切り出して、DBCLS の各サービスや TogoVar にも対応した Identifiers.org URI (と遺伝子名などのラベルも含む)の変換サービスとして独立?
  • ゲノムグラフ(濱谷・片山・横山)
    • ヒト、チンパンジー、、、マウス等の FOXP2 トランスクリプトで遺伝子グラフを作成、AF467253.1 793塩基目の C→A 変異を Sequence Tube Map で確認

今後の予定

  • [BH18.7] 国内版バイオハッカソン 7/15-20@徳島
    • 参加登録受付中(今月中、なるはやでよろ)
  • ELIXIR版 BioHackathon 11/12-16@パリ郊外
    • http://bh2018paris.info
    • 公募 7/12 まで登録締切を延長
    • DBCLS/NBDCからは5〜10名参加予定、皆さんも是非
  • BH18 国際版バイオハッカソン 12/9-15@松江
    • Rubyの父 まつもとゆきひろさんにもお越しいただけそう
    • ウェブサイト、参加登録フォームこれから作ります

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 永野朗夫(penqe)21日のみ
  • 平原麗華(penqe)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 三浦信明(野口研究所)
  • 佐藤大輔 (レベルファイブ)
  • 建石由佳 (NBDC)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
  • 多湖真一郎(富士通研)
  • 川島武士(遺伝研)
  • 若栗浩幸 (BITS) 21日、22日(午前のみ)
  • 小林紀郎 (理研) 21日のみ←すいませんが欠席します
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 三原基広(dynacom)21日のみ
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 村上勝彦(富士通研)22日のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)22日のみ
  • 信定知江(NBDC)22日のみ
  • 畠中秀樹 (NBDC) 22日のみ
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