SPARQLthon69

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(SPARQLthon グループ)
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* TogoGenome (片山・佐藤・岡別府)
* TogoGenome (片山・佐藤・岡別府)
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** JBrowse で exon-intron 構造が表示できなかった問題をfix
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*** RefSeq or RDF からの GFF 作成 → RefSeq データ汚く破綻、BioPerlもダメ
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*** SPARQL の超高速化と JBrowse コードの改造、無駄な stats を止める等
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*** CDS/tRNA/rRNAトラック統合
** トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
** トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
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*** http://togogenome.org/ 12,775 生物種 → http://dev.togogenome.org/ 9722 生物種(うち、↑のゲノムを持つのは [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#refseq_category.E3.82.92representative_genome.E4.BB.A5.E4.B8.8A.E3.81.A8.E3.81.97.E3.81.9F.E5.A0.B4.E5.90.88 2196生物種]、7065 配列
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*** http://togogenome.org/ 12,775 生物種 → http://dev.togogenome.org/ 9722 生物種(うち、↑のゲノムを持つのは [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#refseq_category.E3.82.92representative_genome.E4.BB.A5.E4.B8.8A.E3.81.A8.E3.81.97.E3.81.9F.E5.A0.B4.E5.90.88 2196生物種]、7065 配列 → 本番環境にデプロイ中
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** 比較ゲノム機能のバグフィックス(SPARQL に不備があった)
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*** RefSeq と UniProt の対応が idmapping から取れていないものが拾えない問題が懸案
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** CSV, JSON ダウンロード機能の Chrome 対応 https://qiita.com/ledsun/items/93b0965c9720e0baf81c
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* TogoIdentifier 計画(小野・片山・佐藤)
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** TogoGenome の ID converter/resolver を切り出して、DBCLS の各サービスや TogoVar にも対応した Identifiers.org URI (と遺伝子名などのラベルも含む)の変換サービスとして独立?
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* ゲノムグラフ(濱谷・片山・横山)
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** ヒト、チンパンジー、、、マウス等の FOXP2 トランスクリプトで遺伝子グラフを作成、AF467253.1 793塩基目の C→A 変異を Sequence Tube Map で確認
* [https://docs.google.com/document/d/1-mVb_OtFSjpLMOQ2R0IbaeWYlL_nlhF1XKRp4PtadH4/edit# Virtuoso 8の推論機能について](千葉)
* [https://docs.google.com/document/d/1-mVb_OtFSjpLMOQ2R0IbaeWYlL_nlhF1XKRp4PtadH4/edit# Virtuoso 8の推論機能について](千葉)

2018年6月22日 (金) 08:25時点における版

第69回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • TogoGenome (片山・佐藤・岡別府)
    • JBrowse で exon-intron 構造が表示できなかった問題をfix
      • RefSeq or RDF からの GFF 作成 → RefSeq データ汚く破綻、BioPerlもダメ
      • SPARQL の超高速化と JBrowse コードの改造、無駄な stats を止める等
      • CDS/tRNA/rRNAトラック統合
    • トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
    • 比較ゲノム機能のバグフィックス(SPARQL に不備があった)
      • RefSeq と UniProt の対応が idmapping から取れていないものが拾えない問題が懸案
    • CSV, JSON ダウンロード機能の Chrome 対応 https://qiita.com/ledsun/items/93b0965c9720e0baf81c
  • TogoIdentifier 計画(小野・片山・佐藤)
    • TogoGenome の ID converter/resolver を切り出して、DBCLS の各サービスや TogoVar にも対応した Identifiers.org URI (と遺伝子名などのラベルも含む)の変換サービスとして独立?
  • ゲノムグラフ(濱谷・片山・横山)
    • ヒト、チンパンジー、、、マウス等の FOXP2 トランスクリプトで遺伝子グラフを作成、AF467253.1 793塩基目の C→A 変異を Sequence Tube Map で確認

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 永野朗夫(penqe)21日のみ
  • 平原麗華(penqe)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 三浦信明(野口研究所)
  • 佐藤大輔 (レベルファイブ)
  • 建石由佳 (NBDC)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
  • 多湖真一郎(富士通研)
  • 川島武士(遺伝研)
  • 若栗浩幸 (BITS) 21日、22日(午前のみ)
  • 小林紀郎 (理研) 21日のみ←すいませんが欠席します
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 三原基広(dynacom)21日のみ
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 村上勝彦(富士通研)22日のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)22日のみ
  • 信定知江(NBDC)22日のみ
  • 畠中秀樹 (NBDC) 22日のみ
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