SPARQLthon69

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* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
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* 補足
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* 備考
** 6月21日 午前はマグロ解体ショーがあるかも
** 6月21日 午前はマグロ解体ショーがあるかも
** 6月21日 午後は [http://genomegraph.jp/meeting004.html 第4回ゲノムグラフ研究会] と共催(会場は7階)
** 6月21日 午後は [http://genomegraph.jp/meeting004.html 第4回ゲノムグラフ研究会] と共催(会場は7階)
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==== 継続中 ====
==== 継続中 ====
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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** メタゲノムサンプル(BioSample)のメタデータ記述スキーマを検討.BioSampleRDF及びキュレーションデータのRDF化(岡別府、藤澤、川島)
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*** プライベートデータ入力形式Excel2RDFのスキーマを公開BioSampleに寄せる方向で
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*** MEO/MSVのキュレーション/オートアノテーション、Attribute値のキュレーションの持ち方の検討
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*** MEO/MSV/MDBV+新規の各種オントロジーの利用検討、アプリケーションオントロジーで各種OWLをインポート(MSVのプロパティは要クラス化)
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** ホロゲノム解析支援ツールのスタンザ用のSPARQL記述(藤澤)
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*** Host-Symbiont, JBrowse URL、MBGD cluster vs Assembly, MBGD cluster vs SRS
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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**TotalGlycome Database: RDFレビューのお願い, 発現量などのテーブル表示の変更, グラフ表示に着手(三浦・山田)
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**SPARQListのお勉強(山田)
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*** endpointの指定には、Parametersを利用できない(現在の仕様 "message": "Only absolute URLs are supported" )
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
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** ChIP-Seq(MACS)結果ピーク情報のRDFスキーマ作成 (若栗)
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** ChIP-Atlasとの連携機能として、転写因子結合サイトの検索機能の作成・実装 (若栗)
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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** DB の SSL 化(ts, SPARQList 等を SSL で呼ぶ)(守屋)
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*** SPARQList の中の endpoint 指定や fetch リクエストは http のままでも問題ない様子
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*** ts (TogoStanza-JavaScript) の index.js 内の endpoint や api url は https 化しなくてはいけない
==== 終了 ====
==== 終了 ====
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* TogoGenome (片山・佐藤・岡別府)
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** JBrowse で exon-intron 構造が表示できなかった問題をfix
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*** RefSeq or RDF からの GFF 作成 → RefSeq データ汚く破綻、BioPerlもダメ
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*** SPARQL の超高速化と JBrowse コードの改造、無駄な stats を止める等
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*** CDS/tRNA/rRNAトラック統合
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*** TogoVar への適用
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** トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
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*** http://togogenome.org/ 12,775 生物種 → http://dev.togogenome.org/ 9722 生物種(うち、↑のゲノムを持つのは [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#refseq_category.E3.82.92representative_genome.E4.BB.A5.E4.B8.8A.E3.81.A8.E3.81.97.E3.81.9F.E5.A0.B4.E5.90.88 2196生物種]、7065 配列 → 本番環境にデプロイ中
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** 比較ゲノム機能のバグフィックス(SPARQL に不備があった)
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*** RefSeq と UniProt の対応が idmapping から取れていないものが拾えない問題が懸案
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** CSV, JSON ダウンロード機能の Chrome 対応 https://qiita.com/ledsun/items/93b0965c9720e0baf81c
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* TogoVar(佐藤・片山・守屋)
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** JS 版スタンザでデフォルトの jQuery, CSS を消去したため、webcomponents.js をアプリ側で読み込まないと Safari/Firefox でスタンザが表示できない問題
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* TogoIdentifier 計画(小野・片山・佐藤)
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** TogoGenome の ID converter/resolver を切り出して、DBCLS の各サービスや TogoVar にも対応した Identifiers.org URI (と遺伝子名などのラベルも含む)の変換サービスとして独立?
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* ゲノムグラフ(濱谷・片山・横山)
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** ヒト、チンパンジー、、、マウス等の FOXP2 トランスクリプトで遺伝子グラフを作成、AF467253.1 793塩基目の C→A 変異を Sequence Tube Map で確認
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** http://viewer.momig.tokyo/demo3
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* [https://docs.google.com/document/d/1-mVb_OtFSjpLMOQ2R0IbaeWYlL_nlhF1XKRp4PtadH4/edit# SPARQLを用いた推論機能について](千葉)
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* SPARQL support のqueryタブを移動できるように改良(守屋)
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* med2rdf (川島・鎌田・多湖・村上)
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** 完成済みのコンバーターの動作確認 & ttl の確認して修正点の列挙 [CIViC, HINT, INStruct] => DGIdbが未だ
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*** CIViC は、ガンに関する遺伝子変異情報がまとめてあるデータベース。座標の記述にはfaldoを、リファレンス配列としてhcoを利用しているので、TogoVarにすぐ取り込めるはず。
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** JSMO (がん3学会合同ガイダンス)コンバーター作成:治療薬DBのオントロジー調査
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** dbNFSPコンバーター作成:faldoに対応
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** [ICGC, Cosmic] Oracle 上の R2RML Mapping で rr:sqlQuery がエラーになるので開発に問い合わせ(山中)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* [BH18.7] 国内版バイオハッカソン 7/15-20@徳島
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** 参加登録受付中(今月中、なるはやでよろ)
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* ELIXIR版 BioHackathon 11/12-16@パリ郊外
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** http://bh2018paris.info
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** 公募 7/12 まで登録締切を延長
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** DBCLS/NBDCからは5〜10名参加予定、皆さんも是非
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* BH18 国際版バイオハッカソン 12/9-15@松江
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** Rubyの父 まつもとゆきひろさんにもお越しいただけそう
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** ウェブサイト、参加登録フォームこれから作ります
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 五斗進(DBCLS)
* 五斗進(DBCLS)
* 山本泰智(DBCLS)
* 山本泰智(DBCLS)
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* 田中聡 (Trans-IT) 21日のみ
+
* 田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
* 多湖真一郎(富士通研)
* 多湖真一郎(富士通研)
* 川島武士(遺伝研)
* 川島武士(遺伝研)
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* 若栗浩幸 (BITS) 21日、22日(午前のみ)
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* 小林紀郎 (理研) 21日のみ←すいませんが欠席します
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* 大石直哉(DOGRUN)
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* 仲里猛留 (DBCLS)
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* 三原基広(dynacom)21日のみ
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* 藤原豊史 (DBCLS)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 村上勝彦(富士通研)22日のみ
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* 櫛田達矢(NBDC)22日のみ
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* 信定知江(NBDC)22日のみ
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* 畠中秀樹 (NBDC) 22日のみ
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* 山中遼太 (Oracle) 22日のみ

2018年7月10日 (火) 01:02時点における最新版

第69回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • TogoGenome (片山・佐藤・岡別府)
    • JBrowse で exon-intron 構造が表示できなかった問題をfix
      • RefSeq or RDF からの GFF 作成 → RefSeq データ汚く破綻、BioPerlもダメ
      • SPARQL の超高速化と JBrowse コードの改造、無駄な stats を止める等
      • CDS/tRNA/rRNAトラック統合
      • TogoVar への適用
    • トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
    • 比較ゲノム機能のバグフィックス(SPARQL に不備があった)
      • RefSeq と UniProt の対応が idmapping から取れていないものが拾えない問題が懸案
    • CSV, JSON ダウンロード機能の Chrome 対応 https://qiita.com/ledsun/items/93b0965c9720e0baf81c
  • TogoVar(佐藤・片山・守屋)
    • JS 版スタンザでデフォルトの jQuery, CSS を消去したため、webcomponents.js をアプリ側で読み込まないと Safari/Firefox でスタンザが表示できない問題
  • TogoIdentifier 計画(小野・片山・佐藤)
    • TogoGenome の ID converter/resolver を切り出して、DBCLS の各サービスや TogoVar にも対応した Identifiers.org URI (と遺伝子名などのラベルも含む)の変換サービスとして独立?
  • ゲノムグラフ(濱谷・片山・横山)
    • ヒト、チンパンジー、、、マウス等の FOXP2 トランスクリプトで遺伝子グラフを作成、AF467253.1 793塩基目の C→A 変異を Sequence Tube Map で確認
    • http://viewer.momig.tokyo/demo3
  • SPARQLを用いた推論機能について(千葉)
  • SPARQL support のqueryタブを移動できるように改良(守屋)
  • med2rdf (川島・鎌田・多湖・村上)
    • 完成済みのコンバーターの動作確認 & ttl の確認して修正点の列挙 [CIViC, HINT, INStruct] => DGIdbが未だ
      • CIViC は、ガンに関する遺伝子変異情報がまとめてあるデータベース。座標の記述にはfaldoを、リファレンス配列としてhcoを利用しているので、TogoVarにすぐ取り込めるはず。
    • JSMO (がん3学会合同ガイダンス)コンバーター作成:治療薬DBのオントロジー調査
    • dbNFSPコンバーター作成:faldoに対応
    • [ICGC, Cosmic] Oracle 上の R2RML Mapping で rr:sqlQuery がエラーになるので開発に問い合わせ(山中)

今後の予定

  • [BH18.7] 国内版バイオハッカソン 7/15-20@徳島
    • 参加登録受付中(今月中、なるはやでよろ)
  • ELIXIR版 BioHackathon 11/12-16@パリ郊外
    • http://bh2018paris.info
    • 公募 7/12 まで登録締切を延長
    • DBCLS/NBDCからは5〜10名参加予定、皆さんも是非
  • BH18 国際版バイオハッカソン 12/9-15@松江
    • Rubyの父 まつもとゆきひろさんにもお越しいただけそう
    • ウェブサイト、参加登録フォームこれから作ります

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 永野朗夫(penqe)21日のみ
  • 平原麗華(penqe)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 三浦信明(野口研究所)
  • 佐藤大輔 (レベルファイブ)
  • 建石由佳 (NBDC)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
  • 多湖真一郎(富士通研)
  • 川島武士(遺伝研)
  • 若栗浩幸 (BITS) 21日、22日(午前のみ)
  • 小林紀郎 (理研) 21日のみ←すいませんが欠席します
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 三原基広(dynacom)21日のみ
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 村上勝彦(富士通研)22日のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)22日のみ
  • 信定知江(NBDC)22日のみ
  • 畠中秀樹 (NBDC) 22日のみ
  • 山中遼太 (Oracle) 22日のみ
個人用ツール