SPARQLthon68

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=== TPP グループ全体 ===
=== TPP グループ全体 ===
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==== 継続中 ====
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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**TotalGlycomeデータベース: トリプルの整理(RDFレビューの準備)glytoucanへの糖鎖組成登録のための準備とUI開発(三浦・山田)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
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** LOD Surfer for Protein Viewer  〜ASH Viewer の裏で LOD Surfer を利用する〜 (山口)
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*** GUI: 今回はclass間のpath 選択はユーザにさせず,アプリ開発側が選択しておき,ユーザはメニューから選ぶ感じに.
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*** rdfs:label では情報表示が対応できないクラスに対し,property のリストを提示してアプリ開発側が選択することができるようにするため(ex. http://purl.uniprot.org/core/Taxon に対し,http://purl.uniprot.org/core/scientificName http://purl.uniprot.org/core/commonName ),クラスごとにどのプロパティを情報表示に使うかという定義機能を追加した.
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*** インスタンス受付機能のプロトタイプ実装中
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
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*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
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* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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** RDF portal 用のサンプルクエリ作成(守屋)
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*** UniProtミラーの叩き方を畠中さんと相談 [[TPP-ishihama#SPARQLthon_68]]
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==== 継続中(〜H30) ====
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==== 終了 ====
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* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
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* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
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==== 〜H29 ====
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* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-tokunaga|個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース]] (徳永)
* [[TPP-tokunaga|個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース]] (徳永)
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* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
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* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* 画像メタデータの構築
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**http://metadb.riken.jp/metadb/db/clstMultimodalMicrostruct
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**OMEに準拠したイメージングオントロジーの構築 (OME年会で発表予定 https://www.openmicroscopy.org/events/13th-annual-users-meeting-2018.html)
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* 老化現象の解明に資する、オープンデータを体系的に利用した知識推論基盤の構築(桝屋、山田、小林)
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** GRASE (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18263641) の技術を使って老化関連データを検索する仕組みを構築、このためにRDFデータを収集
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*** PubChemのChEBI から(老化関連)化合物を収集、RDFデータセットを作成した。
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**** carbohydrates and carbohydrate derivatives (9961)
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**** epitope (626)
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**** fatty acid derivative (1243)
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**** inhibitor (2187)
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**** isoprenoid (4005)
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**** lipid (13882)
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**** metabolite (19202)
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**** molecular messenger (987)
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**** pharmaceutical (5168)
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***PubChemのMESH からChEBI IDを収集
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**** Amino-Acids, Peptides and Proteins (1936)
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**** Carbohydrates (1871)
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**** Lipids (1784)
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* SPARQL Endpointメタデータの収集、公開
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** 昨年度定義したメタデータに準拠したクローラを再構築、軽量化。https://github.com/LODSurfer/lodsurfer-metadata/tree/develop
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** LOD Suerferで連合検索を行いたい山口さんからメタデータの追加仕様の依頼
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*** class --property--> literal のような関係は class --property--> classとは分離して定義するなどの細かな仕様変更に対応予定。
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** 公開サイト構築準備
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*** メタデータの閲覧、検索を行うツールとして実装。特に連合検索を行うLOD Surferに特化した機能を優先的に実装。
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* JSON2LD Mapper(藤澤、山本)
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** contextファイルで定義されているオントロジー/語彙情報の参照先について櫛田さん、畠中さんと相談(NBDCのSPARQL endpoint)
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** Open Refine reconciliation service APIの仕様調査
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* [http://sparql-support.dbcls.jp/ SPARQL support] でクエリにアクセスするための短縮 URL を作れるようにした(守屋)
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* TogoGenome (岡別府)
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** TogoGenoemの対象RefSeqデータの見直し [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#.E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E9.87.8F.E3.81.8C.E5.A4.9A.E3.81.99.E3.81.8E.E3.81.A6Gene.E3.81.AE.E3.83.95.E3.82.A1.E3.82.BB.E3.83.83.E3.83.88.E6.A4.9C.E7.B4.A2.E3.81.8C.E8.BF.94.E3.81.A3.E3.81.A6.E3.81.93.E3.81.AA.E3.81.84 詳細]
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** RefSeqのgeneとUniProtIDの対応 [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#RefSeq.E3.81.A8UniProt.E3.83.9E.E3.83.83.E3.83.94.E3.83.B3.E3.82.B0 詳細]
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* 新着論文レビュー機能拡張(大石・建石)
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** サーバー(vs39)の環境構築
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** 追加記事Get⇒形態素解析による用語抽出⇒Map先DBのIDとの関連付け の一連のスクリプトをサーバー上に実装
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 坊農秀雅 (DBCLS)
* 坊農秀雅 (DBCLS)
* 内藤雄樹 (DBCLS)
* 内藤雄樹 (DBCLS)
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* 山田一作 (野口研究所) (25日は検討中)
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* 山田一作 (野口研究所)  
* 三浦信明(野口研究所)
* 三浦信明(野口研究所)
* 山口敦子 (DBCLS)
* 山口敦子 (DBCLS)
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* 藤原豊史(DBCLS)
* 藤原豊史(DBCLS)
* 建石由佳(NBDC) 24日午後&25日
* 建石由佳(NBDC) 24日午後&25日
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* 畠中秀樹 (NBDC) 25日のみ

2018年5月28日 (月) 01:42時点における最新版

第68回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2018年 5月 24(木)- 25日(金)
  • 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
  • NBDC RDFポータルでは5/25(金)10:00-13:00にディスクのメンテを行います。高負荷な作業は避けていただけると助かります。

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • 老化現象の解明に資する、オープンデータを体系的に利用した知識推論基盤の構築(桝屋、山田、小林)
    • GRASE (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18263641) の技術を使って老化関連データを検索する仕組みを構築、このためにRDFデータを収集
      • PubChemのChEBI から(老化関連)化合物を収集、RDFデータセットを作成した。
        • carbohydrates and carbohydrate derivatives (9961)
        • epitope (626)
        • fatty acid derivative (1243)
        • inhibitor (2187)
        • isoprenoid (4005)
        • lipid (13882)
        • metabolite (19202)
        • molecular messenger (987)
        • pharmaceutical (5168)
      • PubChemのMESH からChEBI IDを収集
        • Amino-Acids, Peptides and Proteins (1936)
        • Carbohydrates (1871)
        • Lipids (1784)
  • SPARQL Endpointメタデータの収集、公開
    • 昨年度定義したメタデータに準拠したクローラを再構築、軽量化。https://github.com/LODSurfer/lodsurfer-metadata/tree/develop
    • LOD Suerferで連合検索を行いたい山口さんからメタデータの追加仕様の依頼
      • class --property--> literal のような関係は class --property--> classとは分離して定義するなどの細かな仕様変更に対応予定。
    • 公開サイト構築準備
      • メタデータの閲覧、検索を行うツールとして実装。特に連合検索を行うLOD Surferに特化した機能を優先的に実装。
  • JSON2LD Mapper(藤澤、山本)
    • contextファイルで定義されているオントロジー/語彙情報の参照先について櫛田さん、畠中さんと相談(NBDCのSPARQL endpoint)
    • Open Refine reconciliation service APIの仕様調査
  • SPARQL support でクエリにアクセスするための短縮 URL を作れるようにした(守屋)
  • TogoGenome (岡別府)
    • TogoGenoemの対象RefSeqデータの見直し 詳細
    • RefSeqのgeneとUniProtIDの対応 詳細
  • 新着論文レビュー機能拡張(大石・建石)
    • サーバー(vs39)の環境構築
    • 追加記事Get⇒形態素解析による用語抽出⇒Map先DBのIDとの関連付け の一連のスクリプトをサーバー上に実装

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 山田一作 (野口研究所)
  • 三浦信明(野口研究所)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 永野朗夫(penqe)24日のみ
  • 平原麗華(penqe)24日のみ
  • 小林紀郎 (理研)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 桝屋啓志 (理研BRC) 24日のみ
  • 福山翼 (アクシオヘリックス)24日午後のみ:桝屋小林と打ち合わせ
  • 五斗進(DBCLS)
  • 櫛田達矢(NBDC)24日午後&25日
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • Kuoka Thukaa (創価大学) 24日のみ
  • sunmyoung Lee (創価大学) 24日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研) 24日午後&25日
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 建石由佳(NBDC) 24日午後&25日
  • 畠中秀樹 (NBDC) 25日のみ
個人用ツール