SPARQLthon68

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=== TPP グループ全体 ===
=== TPP グループ全体 ===
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==== H29〜 ====
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==== 継続中 ====
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
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*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
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* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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==== 継続中(〜H30) ====
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==== 終了 ====
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* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
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* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
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==== 〜H29 ====
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* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-tokunaga|個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース]] (徳永)
* [[TPP-tokunaga|個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース]] (徳永)
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* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
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* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===

2018年5月25日 (金) 06:01時点における版

第68回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2018年 5月 24(木)- 25日(金)
  • 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
  • NBDC RDFポータルでは5/25(金)10:00-13:00にディスクのメンテを行います。高負荷な作業は避けていただけると助かります。

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • 老化現象の解明に資する、オープンデータを体系的に利用した知識推論基盤の構築
    • GRASEの技術を使って老化関連データを検索する仕組みを構築、このためにRDFデータを収集
      • PubChemのChEBI から(老化関連)化合物を収集、RDFデータセットを作成
        • carbohydrates and carbohydrate derivatives (9961)
        • epitope (626)
        • fatty acid derivative (1243)
        • inhibitor (2187)
        • isoprenoid (4005)
        • lipid (13882)
        • metabolite (19202)
        • molecular messenger (987)
        • pharmaceutical (5168)
      • PubChemのMESH からChEBI IDを収集
        • Amino-Acids, Peptides and Proteins (1936)
        • Carbohydrates (1871)
        • Lipids (1784)
  • SPARQL Endpointメタデータの収集、公開
    • 昨年度定義したメタデータに準拠したクローラを再構築、軽量化。https://github.com/LODSurfer/lodsurfer-metadata/tree/develop
    • 公開サイト構築準備
      • メタデータの閲覧、検索を行うツールとして実装。特に連合検索を行うLOD Surferに特化した機能を優先的に実装。
  • JSON2LD Mapper(藤澤、山本)
    • contextファイルで定義されているオントロジー/語彙情報の参照先について櫛田さん、畠中さんと相談(NBDCのSPARQL endpoint)
    • Open Refine reconciliation service APIの仕様調査

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 山田一作 (野口研究所)
  • 三浦信明(野口研究所)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 永野朗夫(penqe)24日のみ
  • 平原麗華(penqe)24日のみ
  • 小林紀郎 (理研)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 桝屋啓志 (理研BRC) 24日のみ
  • 福山翼 (アクシオヘリックス)24日午後のみ:桝屋小林と打ち合わせ
  • 五斗進(DBCLS)
  • 櫛田達矢(NBDC)24日午後&25日
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • Kuoka Thukaa (創価大学) 24日のみ
  • sunmyoung Lee (創価大学) 24日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研) 24日午後&25日
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 建石由佳(NBDC) 24日午後&25日
  • 畠中秀樹 (NBDC) 25日のみ
個人用ツール